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万見
- PDB-5y2j: Crystal structure of the oligomerization domain of NSP4 from rota... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y2j
タイトルCrystal structure of the oligomerization domain of NSP4 from rotavirus strain MF66
要素Nonstructural protein 4
キーワードVIRAL PROTEIN / Antiparallel / tetramer / Coiled-coil
機能・相同性
機能・相同性情報


host caveola / host cell rough endoplasmic reticulum membrane / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / toxin activity / induction by virus of host autophagy / extracellular region / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rotavirus non-structural protein 4 / Rotavirus non structural protein / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #430 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Non-structural glycoprotein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Bovine rotavirus G10 (ウイルス)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Suguna, K. / Kumar, S.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT), Indian Institute of Science, (IISc) Partnership Program for Advanced Research in Biological Sciences and Bioengineering インド
引用ジャーナル: Arch. Virol. / 年: 2018
タイトル: New tetrameric forms of the rotavirus NSP4 with antiparallel helices.
著者: Kumar, S. / Ramappa, R. / Pamidimukkala, K. / Rao, C.D. / Suguna, K.
履歴
登録2017年7月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nonstructural protein 4
B: Nonstructural protein 4
C: Nonstructural protein 4
D: Nonstructural protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0069
ポリマ－25,7034
非ポリマー3045
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6780 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area10240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.610, 69.570, 69.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Nonstructural protein 4


分子量: 6425.627 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 95-146 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bovine rotavirus G10 (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6QT01
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.26 %
結晶化温度: 299 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M sodium acetate trihydrate, 24% PEG 2000, 10mM magnesium chloride, 10mM nickel chloride, 10mM cadmium chloride, 20% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 2.2898 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.2898 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→42.465 Å / Num. obs: 16353 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 27 % / Biso Wilson estimate: 61.35 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 10.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1-2575)精密化
iMOSFLMdata processing
Aimlessデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.55→42.465 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.95
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2582 428 4.87 %
Rwork0.2221 --
obs0.2239 16353 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→42.465 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1331 0 14 27 1372
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091340
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0731786
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.142867
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056225
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006224
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5503-2.710.36011360.33472546X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.91920.32821200.2792644X-RAY DIFFRACTION100
2.9192-3.21290.32861500.28192558X-RAY DIFFRACTION100
3.2129-3.67760.25231310.21912602X-RAY DIFFRACTION100
3.6776-4.63250.22861220.18352629X-RAY DIFFRACTION100
4.6325-42.47040.22891380.20982577X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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