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- PDB-5y2f: Human SIRT6 in complex with allosteric activator MDL-801 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y2f
タイトルHuman SIRT6 in complex with allosteric activator MDL-801
要素
  • 9-mer peptide QTARKSTGG
  • NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-6
キーワードHYDROLASE/PEPTIDE / agnonist / complex / sirt6 / HYDROLASE-PEPTIDE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD-dependent histone H3K56 deacetylase activity / NAD-dependent histone H3K18 deacetylase activity / NAD-dependent histone H3K9 deacetylase activity / protein delipidation / ketone biosynthetic process / regulation of lipid catabolic process / NAD+-protein-lysine ADP-ribosyltransferase activity / chromosome, subtelomeric region / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity ...NAD-dependent histone H3K56 deacetylase activity / NAD-dependent histone H3K18 deacetylase activity / NAD-dependent histone H3K9 deacetylase activity / protein delipidation / ketone biosynthetic process / regulation of lipid catabolic process / NAD+-protein-lysine ADP-ribosyltransferase activity / chromosome, subtelomeric region / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of protein localization to chromatin / DNA damage sensor activity / positive regulation of stem cell differentiation / positive regulation of blood vessel branching / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / retrotransposon silencing / protein acetyllysine N-acetyltransferase / cardiac muscle cell differentiation / positive regulation of chondrocyte proliferation / pericentric heterochromatin formation / positive regulation of telomere maintenance / protein deacetylation / negative regulation of glucose import / protein localization to site of double-strand break / NAD-dependent histone deacetylase activity / TORC2 complex binding / lncRNA binding / negative regulation of glycolytic process / negative regulation of protein localization to chromatin / positive regulation of double-strand break repair / DNA repair-dependent chromatin remodeling / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of protein import into nucleus / negative regulation of gene expression, epigenetic / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of stem cell population maintenance / positive regulation of stem cell proliferation / regulation of protein secretion / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / negative regulation of cellular senescence / site of DNA damage / regulation of lipid metabolic process / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ binding / subtelomeric heterochromatin formation / positive regulation of fat cell differentiation / regulation of protein localization to plasma membrane / Chromatin modifying enzymes / pericentric heterochromatin / negative regulation of gluconeogenesis / epigenetic regulation of gene expression / response to UV / nucleosome binding / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / nucleotidyltransferase activity / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / positive regulation of protein export from nucleus / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / determination of adult lifespan / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / circadian regulation of gene expression / protein destabilization / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / base-excision repair / HDMs demethylate histones / regulation of circadian rhythm / positive regulation of insulin secretion / chromatin DNA binding / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / RMTs methylate histone arginines / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / transcription corepressor activity / nucleosome / positive regulation of fibroblast proliferation / double-strand break repair / nucleosome assembly
類似検索 - 分子機能
Rubrerythrin, domain 2 - #200 / Sirtuin family / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / Rubrerythrin, domain 2 / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Single Sheet / Histone H3 signature 1. ...Rubrerythrin, domain 2 - #200 / Sirtuin family / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / Rubrerythrin, domain 2 / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Single Sheet / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8L9 / Chem-AR6 / HEXADECANE-1-SULFINIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Histone H3.1 / NAD-dependent protein deacylase sirtuin-6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Zhang, J. / Huang, Z. / Song, K.
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Identification of a cellularly active SIRT6 allosteric activator.
著者: Huang, Z. / Zhao, J. / Deng, W. / Chen, Y. / Shang, J. / Song, K. / Zhang, L. / Wang, C. / Lu, S. / Yang, X. / He, B. / Min, J. / Hu, H. / Tan, M. / Xu, J. / Zhang, Q. / Zhong, J. / Sun, X. / ...著者: Huang, Z. / Zhao, J. / Deng, W. / Chen, Y. / Shang, J. / Song, K. / Zhang, L. / Wang, C. / Lu, S. / Yang, X. / He, B. / Min, J. / Hu, H. / Tan, M. / Xu, J. / Zhang, Q. / Zhong, J. / Sun, X. / Mao, Z. / Lin, H. / Xiao, M. / Chin, Y.E. / Jiang, H. / Xu, Y. / Chen, G. / Zhang, J.
履歴
登録2017年7月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-6
C: 9-mer peptide QTARKSTGG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,67719
ポリマ－35,9102
非ポリマー2,76717
水2,378132
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area14750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.422, 162.422, 162.422
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-6 / Regulatory protein SIR2 homolog 6 / SIR2-like protein 6


分子量: 35003.105 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 3-318 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT6, SIR2L6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8N6T7, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: タンパク質・ペプチド 9-mer peptide QTARKSTGG


分子量: 906.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68431*PLUS

-
非ポリマー , 8種, 149分子

#3: 化合物 ChemComp-AR6 / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE


分子量: 559.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2
#4: 化合物 ChemComp-8L9 / 5-[[3,5-bis(chloranyl)phenyl]sulfonylamino]-2-[(5-bromanyl-4-fluoranyl-2-methyl-phenyl)sulfamoyl]benzoic acid


分子量: 612.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H14BrCl2FN2O6S2
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#9: 化合物 ChemComp-HDR / HEXADECANE-1-SULFINIC ACID / ヘキサデカン-1-スルフィン酸


分子量: 290.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O2S
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.47 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Mes pH 6.5, 20% W/v PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→114.85 Å / Num. obs: 24828 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 42.7 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 30.8
反射 シェル解像度: 2.53→2.66 Å / 冗長度: 41.9 % / Num. unique obs: 3578 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-3000data processing
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.53→114.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 6.575 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21664 1261 5.1 %RANDOM
Rwork0.17505 ---
obs0.17724 23520 98.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 69.863 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.53→115.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2368 0 158 132 2658
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192584
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022473
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5762.0383502
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.993.0015689
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8465305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.34722105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.92415417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6811529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2387
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212771
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02563
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.4016.4921223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.4016.4861222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.9589.711527
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.9589.7161528
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2177.5441359
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.2127.5451359
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.34411.0781976
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.94153.9052769
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other13.00553.8952738
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.528→2.593 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 83 -
Rwork0.325 1734 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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