PDB-5y13: Crystal structure of human FABP4 complexed with ligand 5-((4-brom...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5y13

タイトル

Crystal structure of human FABP4 complexed with ligand 5-((4-bromonaphthalene)-1-sulfonamido)pentanoic acid

要素

Fatty acid-binding protein, adipocyte

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN /

FABP4 /

inhibitor (酵素阻害剤)

機能・相同性

機能・相同性情報

hormone receptor binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / cellular response to lithium ion /

long-chain fatty acid binding / Triglyceride catabolism / white fat cell differentiation / fatty acid transport / long-chain fatty acid transport / brown fat cell differentiation /

lipid droplet ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Su, H.X. / Liu, Q.F. / Xu, Y.C.

引用

ジャーナル: Eur J Med Chem / 年: 2018
タイトル: From hit to lead: Structure-based discovery of naphthalene-1-sulfonamide derivatives as potent and selective inhibitors of fatty acid binding protein 4
著者: Gao, D.D. / Dou, H.X. / Su, H.X. / Zhang, M.M. / Wang, T. / Liu, Q.F. / Cai, H.Y. / Ding, H.P. / Yang, Z. / Zhu, W.L. / Xu, Y.C. / Wang, H.Y. / Li, Y.X.

履歴

登録	2017年7月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5y13.cif.gz	45.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5y13.ent.gz	29 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5y13.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/5y13 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/5y13	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5y0fC 5y0gC 5y0xC 5y12C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5y0f-d 2y1r-8 4p15-d 1r9w-d 3p7f-4 3vww-2 4a8z-d 6bs9-3 2y1r-1 5y0g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (3) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fatty acid-binding protein, adipocyte

ヘテロ分子

17.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.690, 53.640, 75.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Fatty acid-binding protein, adipocyte / Adipocyte lipid-binding protein / ALBP / Adipocyte-type fatty acid-binding protein / AFABP / Fatty ...Adipocyte lipid-binding protein / ALBP / Adipocyte-type fatty acid-binding protein / AFABP / Fatty acid-binding protein 4 分子量: 16911.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P15090
#2: 化合物	ChemComp-8K0 / 5-[(4-bromanylnaphthalen-1-yl)sulfonylamino]pentanoic acid 分子量: 386.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₆BrNO₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.04 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.6M trisodium citrate, PH 6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→29.99 Å / Num. obs: 25254 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.655 % / B_iso Wilson estimate: 14.76 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.033 / R_rim(I) all: 0.039 / Χ²: 1.012 / Net I/σ(I): 27.22 / Num. measured all: 92294 / Scaling rejects: 0

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.75-1.8	3.483	0.073	13.64	6399	1915	1837	0.996	0.086	95.9
1.8-1.84	3.782	0.06	17.08	6924	1833	1831	0.996	0.071	99.9
1.84-1.9	3.755	0.053	18.98	6815	1818	1815	0.997	0.062	99.8
1.9-1.96	3.76	0.046	21.44	6685	1779	1778	0.998	0.053	99.9
1.96-2.02	3.742	0.043	23.39	6324	1690	1690	0.998	0.05	100
2.02-2.09	3.729	0.039	25.49	6093	1635	1634	0.998	0.046	99.9
2.09-2.17	3.708	0.038	27.13	5959	1609	1607	0.998	0.044	99.9
2.17-2.26	3.724	0.036	28.25	5608	1506	1506	0.998	0.042	100
2.26-2.36	3.732	0.035	29.24	5482	1470	1469	0.998	0.04	99.9
2.36-2.47	3.718	0.033	30.94	5231	1409	1407	0.998	0.039	99.9
2.47-2.61	3.73	0.032	32.38	4920	1322	1319	0.998	0.037	99.8
2.61-2.77	3.647	0.032	33.14	4621	1268	1267	0.998	0.037	99.9
2.77-2.96	3.645	0.031	34.48	4319	1186	1185	0.998	0.036	99.9
2.96-3.2	3.629	0.031	35.89	3995	1104	1101	0.998	0.037	99.7
3.2-3.5	3.556	0.03	37.18	3567	1020	1003	0.998	0.035	98.3
3.5-3.91	3.485	0.03	37.4	3077	917	883	0.997	0.035	96.3
3.91-4.52	3.298	0.029	36.06	2424	818	735	0.997	0.035	89.9
4.52-5.53	3.269	0.029	36.48	1847	672	565	0.997	0.034	84.1
5.53-7.83	3.318	0.03	36.09	1609	533	485	0.997	0.035	91
7.83-29.99	2.883	0.029	33.87	395	286	137	0.997	0.035	47.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.75→29.99 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 20.37

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2191	2530	10.02 %
R_work	0.1757	-	-
obs	0.1801	25251	97.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 52.95 Å² / B_iso mean: 18.39 Å² / B_iso min: 6.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.75→29.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1049	0	22	90	1161
B_iso mean	-	-	25.45	24.3	-
残基数	-	-	-	-	136

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1094
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.075	1473
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	168
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	184
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.742	412

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7501-1.7837	0.225	137	0.1693	1179	1316	95
1.7837-1.8201	0.251	146	0.1689	1319	1465	100
1.8201-1.8597	0.2374	139	0.1678	1271	1410	100
1.8597-1.903	0.2172	145	0.1749	1307	1452	100
1.903-1.9505	0.212	144	0.1695	1259	1403	100
1.9505-2.0033	0.2141	145	0.167	1299	1444	100
2.0033-2.0622	0.2515	144	0.1634	1294	1438	100
2.0622-2.1288	0.2254	139	0.1696	1274	1413	100
2.1288-2.2048	0.2272	146	0.1706	1303	1449	100
2.2048-2.2931	0.2182	147	0.1751	1273	1420	100
2.2931-2.3974	0.2297	143	0.1767	1296	1439	100
2.3974-2.5237	0.2047	146	0.1818	1304	1450	100
2.5237-2.6817	0.2364	140	0.199	1272	1412	100
2.6817-2.8887	0.2768	147	0.2099	1287	1434	100
2.8887-3.1791	0.2362	138	0.1818	1300	1438	100
3.1791-3.6384	0.1877	142	0.1587	1283	1425	98
3.6384-4.5814	0.1554	128	0.1582	1170	1298	92
4.5814-29.9943	0.2477	114	0.1911	1031	1145	80

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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