PDB-5y0t: Crystal structure of Thermotoga maritima TmcAL bound with alpha-t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5y0t

タイトル

Crystal structure of Thermotoga maritima TmcAL bound with alpha-thio ATP(Form II)

要素

Thermotoga maritima TmcAL

キーワード

LIGASE / acetate ligase

機能・相同性

機能・相同性情報

合成酵素; C-N結合を形成; その他のC-N結合を形成 / ligase activity, forming carbon-nitrogen bonds / tRNA modification / tRNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Yamashita, S. / Tomita, K.

引用

ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Acetate-dependent tRNA acetylation required for decoding fidelity in protein synthesis.
著者: Taniguchi, T. / Miyauchi, K. / Sakaguchi, Y. / Yamashita, S. / Soma, A. / Tomita, K. / Suzuki, T.

履歴

登録	2017年7月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年7月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月26日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / struct_keywords Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5y0t.cif.gz	691.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5y0t.ent.gz	573.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5y0t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5y0t_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5y0t_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	5y0t_validation.xml.gz	63.7 KB	表示
CIF形式データ	5y0t_validation.cif.gz	89.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/5y0t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/5y0t	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5y0nC 5y0oC 5y0pC 5y0qC 5y0rSC 5y0sC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5y0s-1 5y0r-1 5y0s-2 5y0o-d 2g7p-d 6nv6-d 3iuc-d 2qzu-1 6s65-d 6e9o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thermotoga maritima TmcAL

B: Thermotoga maritima TmcAL

C: Thermotoga maritima TmcAL

D: Thermotoga maritima TmcAL

ヘテロ分子

201 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thermotoga maritima TmcAL

B: Thermotoga maritima TmcAL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
100 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Thermotoga maritima TmcAL

D: Thermotoga maritima TmcAL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
100 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	80.618, 97.813, 144.605
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.280, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Thermotoga maritima TmcAL 分子量: 49466.934 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1K1*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-TAT / ADENOSINE-5'-RP-ALPHA-THIO-TRIPHOSPHATE 分子量: 523.247 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₂P₃S
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 715 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	Our sequence is based on WP_024103782.1.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tris, PEG8000, NaCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 95 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 170997 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 26.84 Å² / R_merge(I) obs: 0.113 / R_rim(I) all: 0.122 / Χ²: 0.942 / Net I/σ(I): 14.32

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.9-1.95		1.415	1.34	12435	1.532	96.6
1.95-2		1.127	1.77	12153	1.214	97.2
2-2.06		0.872	2.33	11810	0.94	97.3
2.06-2.12		0.665	2.99	11608	0.72	97.5
2.12-2.19		0.526	3.81	11182	0.567	97.6
2.19-2.27		0.408	4.83	10841	0.44	97.9
2.27-2.36		0.324	5.89	10477	0.351	97.9
2.36-2.45		0.264	7.41	10122	0.284	97.9
2.45-2.56		0.225	8.59	9697	0.243	98.3
2.56-2.69		0.189	9.99	9339	0.204	98.3
2.69-2.83		0.139	13.53	8828	0.15	98.5
2.83-3		0.115	15.83	8445	0.124	98.7
3-3.21		0.088	20.63	7900	0.095	98.8
3.21-3.47		0.067	26.09	7385	0.073	99
3.47-3.8		0.048	35.38	6822	0.052	99.1
3.8-4.25		0.038	43.35	6215	0.041	99.2
4.25-4.91		0.032	51.74	5450	0.034	99.4
4.91-6.01		0.035	45.63	4640	0.038	99.5
6.01-8.5		0.031	50.87	3629	0.033	99.4
	8.5	0.021	70.69	2019	0.023	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5Y0R

5y0r

解像度: 1.9→47.571 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.23

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2033	8549	5 %
R_work	0.1704	-	-
obs	0.1721	170978	98.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 170.5 Å² / B_iso mean: 36.97 Å² / B_iso min: 13.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→47.571 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13541	0	176	715	14432
B_iso mean	-	-	37.63	35.56	-
残基数	-	-	-	-	1654

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	14007
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.096	18812
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	2009
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2394
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.605	5296

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9001-1.9217	0.3391	281	0.3093	5352	5633	96
1.9217-1.9443	0.3304	278	0.2835	5282	5560	97
1.9443-1.968	0.3146	279	0.2704	5300	5579	97
1.968-1.9929	0.2648	282	0.2497	5353	5635	97
1.9929-2.0191	0.2831	282	0.2371	5360	5642	97
2.0191-2.0468	0.2576	282	0.2247	5358	5640	97
2.0468-2.076	0.2559	282	0.2132	5360	5642	98
2.076-2.107	0.2401	281	0.2084	5335	5616	97
2.107-2.1399	0.2372	283	0.2072	5370	5653	97
2.1399-2.175	0.2608	283	0.2035	5386	5669	98
2.175-2.2125	0.2528	282	0.1899	5353	5635	98
2.2125-2.2527	0.2275	282	0.1839	5364	5646	98
2.2527-2.2961	0.2137	286	0.1753	5419	5705	98
2.2961-2.3429	0.2266	281	0.1767	5353	5634	98
2.3429-2.3939	0.2245	287	0.1645	5438	5725	98
2.3939-2.4496	0.2014	283	0.165	5382	5665	98
2.4496-2.5108	0.2268	286	0.1684	5431	5717	98
2.5108-2.5787	0.2167	283	0.1661	5390	5673	98
2.5787-2.6546	0.2026	287	0.1691	5435	5722	99
2.6546-2.7403	0.2038	283	0.1667	5395	5678	98
2.7403-2.8382	0.2103	288	0.1632	5460	5748	99
2.8382-2.9518	0.2113	286	0.1705	5440	5726	99
2.9518-3.0861	0.2216	288	0.1808	5464	5752	99
3.0861-3.2488	0.2146	288	0.1761	5487	5775	99
3.2488-3.4523	0.2018	286	0.1779	5433	5719	99
3.4523-3.7187	0.1834	291	0.1656	5521	5812	99
3.7187-4.0928	0.1756	289	0.1453	5497	5786	99
4.0928-4.6846	0.1491	292	0.1276	5535	5827	99
4.6846-5.9003	0.1616	291	0.1409	5527	5818	99
5.9003-47.5864	0.1597	297	0.1474	5649	5946	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0727	-0.1683	0.4428	0.911	0.0569	1.6006	-0.0124	0.0137	0.0496	0.0007	0.0223	-0.0518	-0.0674	0.1676	-0.0083	0.0999	-0.0153	-0.0067	0.1763	-0.0002	0.1728	54.9333	77.4502	126.4656
2	2.4682	-0.4041	0.4667	4.7522	-0.3799	1.7847	0.0194	0.1734	0.6176	-0.0413	0.0057	-0.0249	-0.4387	0.1908	-0.0651	0.2698	-0.0468	-0.0063	0.2221	0.0145	0.31	50.923	98.7897	132.7749
3	0.4375	0.117	0.0921	0.8085	-0.1177	1.4018	-0.0057	0.0268	0.0597	-0.0742	-0.0152	0.0355	-0.1527	0.0897	0.0107	0.1406	-0.0166	-0.0128	0.1605	0.0099	0.1758	48.266	78.3682	113.1998
4	2.1419	-0.2114	0.3362	0.4172	0.3061	1.4381	0.0571	0.1407	-0.0155	-0.3107	-0.0622	0.0471	0.0377	-0.0386	0.0072	0.3805	0.0432	-0.0401	0.1902	0.029	0.1972	31.3538	83.8089	69.7985
5	4.8943	0.6336	-2.6372	6.1869	-0.7407	2.6687	-0.4684	0.0694	-0.7592	0.1603	0.0337	0.467	0.6155	-0.1353	0.4088	0.5321	0.0113	-0.0621	0.2967	-0.0466	0.4216	14.7192	68.8381	73.0667
6	0.6585	-0.1887	0.5672	1.2948	-0.3948	1.6539	0.091	-0.0096	0.0238	-0.1995	-0.0509	0.0216	-0.0781	0.0019	-0.0263	0.2449	0.0036	-0.0335	0.1836	0.0286	0.1792	36.5116	83.346	83.6342
7	2.2828	-0.1684	-0.4935	0.5598	0.1577	1.28	-0.0869	-0.1706	0.0033	0.04	0.0367	0.0637	0.0319	0.0545	0.051	0.1595	0.006	-0.0021	0.1934	0.0277	0.2414	21.5124	33.8739	145.8415
8	1.6666	-1.9573	1.322	3.6905	-1.5259	3.1313	0.02	-0.0372	0.2181	-0.0417	0.0022	-0.1137	-0.3136	0.0687	-0.0062	0.1557	-0.0289	0.0428	0.1981	0.0065	0.3461	5.2258	47.6946	137.5219
9	1.0421	0.1926	-0.6472	1.2572	-0.3724	0.9057	-0.0911	0.0027	-0.0654	-0.0154	0.0522	0.0834	0.088	-0.0076	0.0368	0.1421	0.0033	-0.0126	0.1662	0.0127	0.1963	30.6234	34.4985	134.1159
10	1.1919	0.0413	-0.168	0.9602	0.3903	1.6988	-0.0691	0.0936	-0.1011	-0.3701	0.0222	-0.2275	0.2991	0.2806	0.0346	0.3422	0.0614	0.0769	0.2304	-0.0022	0.191	62.3197	42.5593	100.0895
11	3.5132	0.5734	1.2339	0.5024	0.0487	0.9729	0.2798	0.0452	-1.6118	-0.1893	0.0807	-0.4549	1.1051	0.4131	-0.1014	1.2123	0.1751	0.1532	0.387	-0.096	0.885	62.9811	21.0852	93.7985
12	0.5081	0.1209	-0.3458	0.9561	-0.5519	0.9128	-0.0665	0.0235	-0.0836	-0.2934	0.0115	-0.0269	0.2475	0.017	0.0375	0.2573	0.017	-0.0045	0.1712	-0.0119	0.1696	51.2834	40.7509	109.9771

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:107)	A	1 - 107
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 108:196)	A	108 - 196
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 206:423)	A	206 - 423
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 1:107)	B	1 - 107
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 108:195)	B	108 - 195
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 205:423)	B	205 - 423
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain C and resid 1:107)	C	1 - 107
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain C and resid 108:194)	C	108 - 194
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 206:423)	C	206 - 423
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain D and resid 1:107)	D	1 - 107
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain D and resid 108:195)	D	108 - 195
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain D and resid 205:423)	D	205 - 423

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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