PDB-5y0r: Crystal structure of Thermotoga maritima TmcAL (apo, form I)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5y0r

タイトル

Crystal structure of Thermotoga maritima TmcAL (apo, form I)

要素

TmTmcAL(SeMet)

キーワード

LIGASE / acetate ligase

機能・相同性

機能・相同性情報

合成酵素; C-N結合を形成; その他のC-N結合を形成 / ligase activity, forming carbon-nitrogen bonds / tRNA modification / tRNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.11 Å

データ登録者

Yamashita, S. / Tomita, K.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Acetate-dependent tRNA acetylation required for decoding fidelity in protein synthesis.
著者: Taniguchi, T. / Miyauchi, K. / Sakaguchi, Y. / Yamashita, S. / Soma, A. / Tomita, K. / Suzuki, T.

履歴

登録	2017年7月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年7月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月26日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / struct_keywords Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5y0r.cif.gz	188.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5y0r.ent.gz	156.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5y0r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5y0r_validation.pdf.gz	421.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5y0r_full_validation.pdf.gz	425.1 KB	表示
XML形式データ	5y0r_validation.xml.gz	16 KB	表示
CIF形式データ	5y0r_validation.cif.gz	20.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/5y0r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/5y0r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5y0nC 5y0oC 5y0pC 5y0qC 5y0sC 5y0tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5y0t-1 5y0t-2 5y0s-2 5y0s-1 2qzu-1 5y0o-d 3t20-2 4mmf-d 2oaj-d 3ln6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TmTmcAL(SeMet)

50 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TmTmcAL(SeMet)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
99.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.448, 77.448, 183.076
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	TmTmcAL(SeMet) 分子量: 49968.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The CDS of Tm TmcAL (and stop codon) is cloned into pET22b with NdeI and XhoI sites. His-tag is not included in the expressed sequence. 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1K1*PLUS
配列の詳細	Our sequence is based on WP_024103782.1.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tris, isopropanol, MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 95 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-17A / 波長: 0.97884 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97884 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.11→50 Å / Num. obs: 19083 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 25 % / B_iso Wilson estimate: 94.61 Å² / R_merge(I) obs: 0.177 / R_rim(I) all: 0.183 / Χ²: 1.404 / Net I/σ(I): 14.14

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
3.11-3.19		1.874	1.72	1379	1.948	98.6
3.19-3.28		1.523	2.24	1374	1.582	100
3.28-3.37		1.202	2.96	1361	1.247	100
3.37-3.48		0.863	4.25	1290	0.895	100
3.48-3.59		0.639	5.52	1252	0.664	100
3.59-3.72		0.556	6.73	1229	0.577	100
3.72-3.86		0.425	8.7	1185	0.441	100
3.86-4.02		0.357	10.45	1114	0.37	100
4.02-4.19		0.272	12.7	1091	0.283	100
4.19-4.4		0.197	17.12	1049	0.204	100
4.4-4.64		0.161	20.2	985	0.168	100
4.64-4.92		0.146	21.6	934	0.151	100
4.92-5.26		0.138	23.12	875	0.143	100
5.26-5.68		0.136	21.95	816	0.141	100
5.68-6.22		0.126	23.6	756	0.132	100
6.22-6.96		0.101	26.93	685	0.105	100
6.96-8.03		0.075	34.62	596	0.078	100
8.03-9.84		0.053	43.27	509	0.055	100
9.84-13.91		0.048	47.14	391	0.049	100
	13.91	0.041	48.35	212	0.043	98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.11→47.933 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.38

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2739	954	5 %
R_work	0.2147	-	-
obs	0.2178	19078	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 257.44 Å² / B_iso mean: 113.56 Å² / B_iso min: 43.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.11→47.933 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3456	0	0	0	3456
残基数	-	-	-	-	423

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	3531
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.595	4742
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.022	508
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	613
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.252	1336

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.1104-3.2744	0.3566	135	0.3115	2574	2709	99
3.2744-3.4795	0.3417	141	0.2898	2583	2724	100
3.4795-3.748	0.3447	135	0.2591	2588	2723	100
3.748-4.125	0.2776	134	0.2321	2594	2728	100
4.125-4.7215	0.2671	134	0.1909	2591	2725	100
4.7215-5.9468	0.2246	138	0.2037	2610	2748	100
5.9468-47.9388	0.2564	137	0.1819	2584	2721	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.647	-0.4262	0.9801	1.9159	-0.9676	1.8134	0.3063	-0.6859	-0.4601	-0.1146	-0.0032	0.0539	0.8479	2.1882	-0.195	0.6614	0.3353	-0.0329	1.6302	-0.1171	0.6849	-31.6757	7.5255	15.5817
2	0.531	0.0709	1.1507	3.372	-2.2139	4.1387	-0.2083	-1.0138	-0.0524	-0.5469	0.1374	-1.0311	0.7149	2.4471	0.0887	0.7442	0.2075	0.02	2.5336	-0.449	1.0695	-15.5492	7.8403	-1.2033
3	0.0039	0.0053	0.0078	0.0066	0.0089	0.0166	0.1337	-0.7697	0.3007	-0.8727	0.0457	0.3081	0.1488	0.2389	-0.0685	1.8926	0.4061	-0.409	1.867	-0.5247	1.7978	-38.6839	-4.275	1.8143
4	2.4238	-0.9589	1.2058	1.4083	-1.2759	5.9144	0.3286	-0.0608	-0.1316	0.2053	0.0413	-0.007	-0.1493	1.5628	-0.2957	0.4493	-0.1927	0.0267	0.8758	-0.1608	0.6958	-40.1546	18.311	8.9044

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:107)	A	1 - 107
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 108:193)	A	108 - 193
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 194:206)	A	194 - 206
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 207:423)	A	207 - 423

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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