+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5y0r | ||||||
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Title | Crystal structure of Thermotoga maritima TmcAL (apo, form I) | ||||||
Components | TmTmcAL(SeMet) | ||||||
Keywords | LIGASE / acetate ligase | ||||||
Function / homology | Function and homology information Ligases; Forming carbon-nitrogen bonds; Other carbon-nitrogen ligases / ligase activity, forming carbon-nitrogen bonds / tRNA modification / tRNA binding / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermotoga maritima (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 3.11 Å | ||||||
Authors | Yamashita, S. / Tomita, K. | ||||||
Funding support | Japan, 1items
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Citation | Journal: Nat. Chem. Biol. / Year: 2018 Title: Acetate-dependent tRNA acetylation required for decoding fidelity in protein synthesis. Authors: Taniguchi, T. / Miyauchi, K. / Sakaguchi, Y. / Yamashita, S. / Soma, A. / Tomita, K. / Suzuki, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5y0r.cif.gz | 188.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5y0r.ent.gz | 156.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5y0r.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5y0r_validation.pdf.gz | 421.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5y0r_full_validation.pdf.gz | 425.1 KB | Display | |
Data in XML | 5y0r_validation.xml.gz | 16 KB | Display | |
Data in CIF | 5y0r_validation.cif.gz | 20.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/5y0r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/5y0r | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5y0nC 5y0oC 5y0pC 5y0qC 5y0sC 5y0tC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 49968.441 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The CDS of Tm TmcAL (and stop codon) is cloned into pET22b with NdeI and XhoI sites. His-tag is not included in the expressed sequence. Source: (gene. exp.) Thermotoga maritima (bacteria) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9X1K1*PLUS |
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Sequence details | Our sequence is based on WP_024103782.1. |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.75 Å3/Da / Density % sol: 55.27 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: Tris, isopropanol, MgCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-17A / Wavelength: 0.97884 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 2, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97884 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.11→50 Å / Num. obs: 19083 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 25 % / Biso Wilson estimate: 94.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.177 / Rrim(I) all: 0.183 / Χ2: 1.404 / Net I/σ(I): 14.14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 3.11→47.933 Å / SU ML: 0.46 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 31.38
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 257.44 Å2 / Biso mean: 113.56 Å2 / Biso min: 43.76 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.11→47.933 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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