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万見
- PDB-5y0b: PIG GASTRIC H+,K+ - ATPASE IN COMPLEX with BYK99 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y0b
タイトルPIG GASTRIC H+,K+ - ATPASE IN COMPLEX with BYK99
要素
  • Potassium-transporting ATPase alpha chain 1
  • Potassium-transporting ATPase subunit beta
キーワードHYDROLASE / ion pump / h+ / k+-atpase / p-type atpase / membrane protein / e2 / aluminium fluoride / ATP-binding / hydrogen ion transport / ion transport / magnesium / membrane / metal-binding / nucleotide-binding / phosphoprotein / potassium / potassium transport / transmembrane / transport / disulfide bond / glycoprotein / signal-anchor
機能・相同性
機能・相同性情報


H+/K+-exchanging ATPase / potassium:proton exchanging ATPase complex / P-type potassium:proton transporter activity / Ion transport by P-type ATPases / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / sodium:potassium-exchanging ATPase complex / sodium ion export across plasma membrane / intracellular potassium ion homeostasis / intracellular sodium ion homeostasis / potassium ion import across plasma membrane ...H+/K+-exchanging ATPase / potassium:proton exchanging ATPase complex / P-type potassium:proton transporter activity / Ion transport by P-type ATPases / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / sodium:potassium-exchanging ATPase complex / sodium ion export across plasma membrane / intracellular potassium ion homeostasis / intracellular sodium ion homeostasis / potassium ion import across plasma membrane / potassium ion binding / ATPase activator activity / potassium ion transmembrane transport / proton transmembrane transport / cell adhesion / apical plasma membrane / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gastric H+/K+-transporter P-type ATPase, N-terminal / Gastric H+/K+-ATPase, N terminal domain / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta superfamily / Sodium / potassium ATPase beta chain / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 1. / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 2. / P-type ATPase subfamily IIC, subunit alpha / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal ...Gastric H+/K+-transporter P-type ATPase, N-terminal / Gastric H+/K+-ATPase, N terminal domain / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta superfamily / Sodium / potassium ATPase beta chain / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 1. / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 2. / P-type ATPase subfamily IIC, subunit alpha / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Potassium-transporting ATPase subunit beta / Potassium-transporting ATPase alpha chain 1
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å
データ登録者Abe, K. / Shimokawa, J. / Natio, M. / Munson, K. / Vagin, O. / Sachs, G. / Suzuki, H. / Tani, K. / Fujiyoshi, Y.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
日本
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: The cryo-EM structure of gastric H,K-ATPase with bound BYK99, a high-affinity member of K-competitive, imidazo[1,2-a]pyridine inhibitors.
著者: Kazuhiro Abe / Jun Shimokawa / Mao Naito / Keith Munson / Olga Vagin / George Sachs / Hiroshi Suzuki / Kazutoshi Tani / Yoshinori Fujiyoshi /
要旨: The gastric proton pump H,K-ATPase acidifies the gastric lumen, and thus its inhibitors, including the imidazo[1,2-a]pyridine class of K-competitive acid blockers (P-CABs), have potential application ...The gastric proton pump H,K-ATPase acidifies the gastric lumen, and thus its inhibitors, including the imidazo[1,2-a]pyridine class of K-competitive acid blockers (P-CABs), have potential application as acid-suppressing drugs. We determined the electron crystallographic structure of H,K-ATPase at 6.5 Å resolution in the E2P state with bound BYK99, a potent P-CAB with a restricted ring structure. The BYK99 bound structure has an almost identical profile to that of a previously determined structure with bound SCH28080, the original P-CAB prototype, but is significantly different from the previously reported P-CAB-free form, illustrating a common conformational change is required for P-CAB binding. The shared conformational changes include a distinct movement of transmembrane helix 2 (M2), from its position in the previously reported P-CAB-free form, to a location proximal to the P-CAB binding site in the present BYK99-bound structure. Site-specific mutagenesis within M2 revealed that D137 and N138, which face the P-CAB binding site in our model, significantly affect the inhibition constant (K ) of P-CABs. We also found that A335 is likely to be near the bridging nitrogen at the restricted ring structure of the BYK99 inhibitor. These provide clues to elucidate the binding site parameters and mechanism of P-CAB inhibition of gastric acid secretion.
履歴
登録2017年7月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-6799
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6799
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium-transporting ATPase alpha chain 1
B: Potassium-transporting ATPase subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,5142
ポリマ－147,5142
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4060 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area54910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.600, 112.000, 320.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Potassium-transporting ATPase alpha chain 1 / Gastric H+/K+ ATPase subunit alpha / Proton pump


分子量: 114399.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 組織: STOMACH / 参照: UniProt: P19156, H+/K+-exchanging ATPase
#2: タンパク質 Potassium-transporting ATPase subunit beta / Gastric H+/K+ ATPase subunit beta / Proton pump beta chain / gp60-90


分子量: 33113.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 組織: stomach / 参照: UniProt: P18434

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 2D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学
結晶の対称性∠γ: 90 ° / C sampling length: 320 Å / A: 142.6 Å / B: 112 Å / C: 320 Å / Space group name H-M: P22121

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試料調製

構成要素名称: PIG GASTRIC H+/ K+ - ATPASE IN COMPLEX WITH BYK99 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 組織: stomach
緩衝液pH: 4.8
試料濃度: 6.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample is 2D crystal.
急速凍結装置: LEICA KF80 / 凍結剤: NITROGEN
結晶化pH: 4.87

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データ収集

顕微鏡モデル: JEOL KYOTO-3000SFF
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 8 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
EM回折カメラ長: 1500 mm
EM回折 シェル解像度: 6.5→200 Å / フーリエ空間範囲: 47.1 % / 多重度: 11.9 / 構造因子数: 4974 / 位相残差: 33.1 °
EM回折 統計フーリエ空間範囲: 47.1 % / 再高解像度: 6.5 Å / 測定した強度の数: 59212 / 構造因子数: 4974 / 位相誤差: 33.1 ° / 位相残差: 33.1 ° / 位相誤差の除外基準: 0 / Rmerge: 0.469 / Rsym: 0.469

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1MRC画像取得
3MRCCTF補正
6SITUSモデルフィッティング
12MRC３次元再構成
13COOTモデル精密化
結晶の対称性∠γ: 90 ° / C sampling length: 320 Å / A: 142.6 Å / B: 112 Å / C: 320 Å / Space group name H-M: P22121
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 6.5 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 2D CRYSTAL
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient
精密化解像度: 6.7→200 Å / 交差検証法: THROUGHOUT /
反射数%反射
obs4974 50.1 %
精密化ステップサイクル: 1 /
タンパク質核酸リガンド溶媒
原子数1044 0 0 0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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