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- PDB-5y04: Crystal Structure of the complex between the vinculin D1 domain a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y04
タイトルCrystal Structure of the complex between the vinculin D1 domain and alphaE-catenin
要素
  • Catenin alpha-1
  • Vinculin
キーワードCELL ADHESION / ADHERENS JUNCTION / CYTOSKELETON
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of integrin-mediated signaling pathway / regulation of protein localization to adherens junction / outer dense plaque of desmosome / inner dense plaque of desmosome / podosome ring / VEGFR2 mediated vascular permeability / terminal web / Adherens junctions interactions / MAP2K and MAPK activation / RHO GTPases activate IQGAPs ...negative regulation of integrin-mediated signaling pathway / regulation of protein localization to adherens junction / outer dense plaque of desmosome / inner dense plaque of desmosome / podosome ring / VEGFR2 mediated vascular permeability / terminal web / Adherens junctions interactions / MAP2K and MAPK activation / RHO GTPases activate IQGAPs / gamma-catenin binding / epithelial cell-cell adhesion / zonula adherens / gap junction assembly / Smooth Muscle Contraction / fascia adherens / cellular response to indole-3-methanol / dystroglycan binding / Platelet degranulation / alpha-catenin binding / flotillin complex / vinculin binding / cell-cell contact zone / Myogenesis / negative regulation of cell motility / catenin complex / apical junction assembly / costamere / regulation of establishment of endothelial barrier / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of smoothened signaling pathway / adherens junction assembly / axon extension / negative regulation of protein localization to nucleus / protein localization to cell surface / axon regeneration / podosome / lamellipodium assembly / regulation of focal adhesion assembly / negative regulation of neuroblast proliferation / smoothened signaling pathway / establishment or maintenance of cell polarity / odontogenesis of dentin-containing tooth / brush border / intercalated disc / neuroblast proliferation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Neutrophil degranulation / acrosomal vesicle / regulation of cell migration / morphogenesis of an epithelium / integrin-mediated signaling pathway / cell projection / adherens junction / cell motility / sarcolemma / beta-catenin binding / small GTPase binding / response to estrogen / Z disc / male gonad development / actin filament binding / intracellular protein localization / cell-cell junction / actin cytoskeleton / lamellipodium / regulation of cell population proliferation / cytoskeleton / cell adhesion / cadherin binding / focal adhesion / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein-containing complex / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-catenin / Vinculin repeated domain signature. / Vinculin / Alpha-catenin/vinculin-like / Vinculin, conserved site / Vinculin family talin-binding region signature. / Vinculin/alpha-catenin / Vinculin family / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...Alpha-catenin / Vinculin repeated domain signature. / Vinculin / Alpha-catenin/vinculin-like / Vinculin, conserved site / Vinculin family talin-binding region signature. / Vinculin/alpha-catenin / Vinculin family / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Catenin alpha-1 / Vinculin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Hirano, Y. / Hakoshima, T.
引用ジャーナル: Genes Cells / 年: 2018
タイトル: The force-sensing device region of alpha-catenin is an intrinsically disordered segment in the absence of intramolecular stabilization of the autoinhibitory form
著者: Hirano, Y. / Amano, Y. / Yonemura, S. / Hakoshima, T.
履歴
登録2017年7月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vinculin
B: Catenin alpha-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5112
ポリマ－39,5112
非ポリマー00
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area16270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.807, 73.825, 111.485
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Vinculin / Metavinculin


分子量: 28100.598 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1-250 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Vcl / プラスミド: PET49B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 STAR (DE3) / 参照: UniProt: Q64727
#2: タンパク質 Catenin alpha-1 / 102 kDa cadherin-associated protein / Alpha E-catenin / CAP102


分子量: 11410.797 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 276-375 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ctnna1, Catna1 / プラスミド: PET49B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 STAR (DE3) / 参照: UniProt: P26231
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 100MM IMIDAZOLE, 0.5-0.7M POTASSIUM TARTRATE, 0.35M SODIUM FORMATE
PH範囲: 8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9785, 0.9788, 0.9946
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月19日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: ROTATED-INCLINED DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR , SI (111)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97851
20.97881
30.99461
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 10287 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 41.4
反射 シェル解像度: 2.85→2.95 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.425 / % possible all: 73.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.85→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 34.624 / SU ML: 0.293 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.053 / ESU R Free: 0.392 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 501 4.8 %RANDOM
Rwork0.247 ---
obs0.248 10000 94.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.28 Å2-0 Å20 Å2
2--1.03 Å2-0 Å2
3----5.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2227 0 0 6 2233
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0192245
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.271.9853043
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.6755297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.86225.06281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.82815390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6731513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0211612
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.92 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.419 19 -
Rwork0.336 443 -
obs--61.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.37520.5753-0.82371.4917-1.68342.8440.1198-0.02180.13380.16190.00510.0874-0.0716-0.0066-0.12490.1808-0.03620.0140.2318-0.00650.10910.64819.742317.1073
20.45270.0254-0.07710.7985-0.03250.01590.13290.19650.40510.1201-0.06830.1648-0.0202-0.0556-0.06450.3303-0.08380.11270.46690.08960.41113.280127.48089.2323
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 250
2X-RAY DIFFRACTION2B306 - 373

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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