[日本語] English
万見
- PDB-5xzd: Structure of acryloyl-CoA hydratase AcuH from Roseovarius nubinhi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xzd
タイトルStructure of acryloyl-CoA hydratase AcuH from Roseovarius nubinhibens ISM
要素Enoyl-CoA hydratase
キーワードLYASE / acryloyl-CoA / hydratase / acrylate
機能・相同性
機能・相同性情報


hydro-lyase activity
類似検索 - 分子機能
Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Enoyl-CoA hydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Roseovarius nubinhibens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zhang, Y.Z. / Wang, P. / Cao, H.Y.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Science Foundation of China31630012, 31290230, 31290231 中国
National Key R&D Program of China2016YFA0601303 中国
Program of Shandong for Taishan ScholarsTS20090803 中国
ational Postdoctoral Program for Innovative TalentsBX201600095, BX201700145 中国
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2017
タイトル: Molecular Insight into the Acryloyl-CoA Hydration by AcuH for Acrylate Detoxification in Dimethylsulfoniopropionate-Catabolizing Bacteria
著者: Cao, H.Y. / Wang, P. / Xu, F. / Li, P.Y. / Xie, B.B. / Qin, Q.L. / Zhang, Y.Z. / Li, C.Y. / Chen, X.L.
履歴
登録2017年7月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Enoyl-CoA hydratase
B: Enoyl-CoA hydratase
C: Enoyl-CoA hydratase
D: Enoyl-CoA hydratase
E: Enoyl-CoA hydratase
F: Enoyl-CoA hydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,32712
ポリマ－169,9676
非ポリマー3606
水16,141896
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28270 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area42180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.810, 119.453, 120.276
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.77, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Enoyl-CoA hydratase


分子量: 28327.758 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The densities of residues 236-258 are missing.
由来: (組換発現) Roseovarius nubinhibens (strain ATCC BAA-591 / DSM 15170 / ISM) (バクテリア)
株: ATCC BAA-591 / DSM 15170 / ISM / 遺伝子: ISM_05820 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A3SKA6
#2: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 896 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium acetate (pH 5.2), 15% (v/v) 2-methyl-1,3-propanediol and 2.2% (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 137287 / % possible obs: 99.34 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 41.37
反射 シェル解像度: 1.9→1.968 Å / 冗長度: 3.5 % / Num. unique obs: 13424 / % possible all: 97.97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-3000データ収集
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3H81

3h81


解像度: 1.9→48.381 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1985 6924 5.04 %
Rwork0.1728 --
obs0.1741 137248 99.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.381 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10141 0 24 896 11061
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00710327
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77213866
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2766389
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561600
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051814
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9004-1.9220.24892240.22124084X-RAY DIFFRACTION95
1.922-1.94470.26782220.21994335X-RAY DIFFRACTION99
1.9447-1.96840.24232400.20214315X-RAY DIFFRACTION99
1.9684-1.99330.21942280.20194385X-RAY DIFFRACTION99
1.9933-2.01950.22792340.1954304X-RAY DIFFRACTION99
2.0195-2.04720.24662090.19884356X-RAY DIFFRACTION99
2.0472-2.07640.21362100.19694372X-RAY DIFFRACTION100
2.0764-2.10740.23342100.18844327X-RAY DIFFRACTION99
2.1074-2.14030.2342540.19184357X-RAY DIFFRACTION100
2.1403-2.17540.21642230.18864333X-RAY DIFFRACTION100
2.1754-2.2130.25072200.18914363X-RAY DIFFRACTION100
2.213-2.25320.20892500.18314327X-RAY DIFFRACTION99
2.2532-2.29650.21182440.18344372X-RAY DIFFRACTION100
2.2965-2.34340.21932430.18574284X-RAY DIFFRACTION100
2.3434-2.39440.20662400.18184347X-RAY DIFFRACTION100
2.3944-2.45010.19642110.17144368X-RAY DIFFRACTION100
2.4501-2.51130.20782260.17594367X-RAY DIFFRACTION100
2.5113-2.57920.20282260.17474380X-RAY DIFFRACTION100
2.5792-2.65510.19792330.16954354X-RAY DIFFRACTION100
2.6551-2.74080.20732310.18364345X-RAY DIFFRACTION100
2.7408-2.83870.22692510.17854335X-RAY DIFFRACTION100
2.8387-2.95240.19042310.1774340X-RAY DIFFRACTION100
2.9524-3.08670.19882190.17354391X-RAY DIFFRACTION100
3.0867-3.24940.18852440.1654369X-RAY DIFFRACTION100
3.2494-3.4530.17592480.15724342X-RAY DIFFRACTION100
3.453-3.71950.16452420.1574353X-RAY DIFFRACTION100
3.7195-4.09360.19652250.15364371X-RAY DIFFRACTION99
4.0936-4.68560.16122140.14444405X-RAY DIFFRACTION99
4.6856-5.90170.18572320.1674428X-RAY DIFFRACTION100
5.9017-48.39660.20372400.19084315X-RAY DIFFRACTION96

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る