PDB-5xxz: Crystal structure of a serine protease from Streptococcus species

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xxz

タイトル

Crystal structure of a serine protease from Streptococcus species

要素

Chemokine protease C

キーワード

LYASE / Subtilisin like / Cell adhesion / Protease

機能・相同性

機能・相同性情報

C5a peptidase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.085 Å

データ登録者

Jobichen, C. / Sivaraman, J.

引用

ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2018
タイトル: Structure of ScpC, a virulence protease fromStreptococcus pyogenes, reveals the functional domains and maturation mechanism.
著者: Jobichen, C. / Tan, Y.C. / Prabhakar, M.T. / Nayak, D. / Biswas, D. / Pannu, N.S. / Hanski, E. / Sivaraman, J.

履歴

登録	2017年7月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xxz.cif.gz	997.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xxz.ent.gz	840.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xxz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xxz_validation.pdf.gz	468 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xxz_full_validation.pdf.gz	511.8 KB	表示
XML形式データ	5xxz_validation.xml.gz	89.9 KB	表示
CIF形式データ	5xxz_validation.cif.gz	122.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/5xxz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/5xxz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xyaC 5xyrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	20513 6syt-d 4288 2479 6l54-d 22424 5wbu-d 6r25-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (11) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (2) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (11)

登録構造単位

A: Chemokine protease C

B: Chemokine protease C

ヘテロ分子

341 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	182.134, 132.847, 151.989
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.69, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Chemokine protease C 分子量: 170287.469 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 115-1647 / 変異: H279A, S617A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) 遺伝子: scpC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3HV58
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.62 % 解説: The entry contains friedel pairs in I_plus/minus columns
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.65 詳細: 0.2 M MgCl hexahydrate, 0.1 M Tris, pH 8.65, 28% PEG 3500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.08→50 Å / Num. obs: 126754 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 3.08→3.12 Å / R_merge(I) obs: 0.72

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2733: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.085→19.979 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.93
詳細: The entry contains friedel pairs in I_plus/minus columns

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.263	3891	3.07 %
R_work	0.2055	-	-
obs	0.2073	126754	98.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.085→19.979 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19898	0	17	0	19915

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	20278
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.362	27463
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.646	12100
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	3074
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	3596

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0853-3.1228	0.3106	117	0.2964	3823	X-RAY DIFFRACTION	86
3.1228-3.1621	0.3785	134	0.2928	4237	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1621-3.2036	0.3452	138	0.2897	4332	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2036-3.2473	0.3755	140	0.2846	4347	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2473-3.2935	0.3183	140	0.2704	4343	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2935-3.3424	0.3204	141	0.2657	4380	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3424-3.3944	0.3179	142	0.2509	4389	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3944-3.4498	0.2974	139	0.2443	4421	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4498-3.509	0.3188	141	0.2442	4451	X-RAY DIFFRACTION	99
3.509-3.5724	0.2587	136	0.224	4398	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5724-3.6407	0.2544	143	0.2183	4471	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6407-3.7146	0.2243	140	0.2089	4385	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7146-3.7948	0.2716	138	0.2107	4446	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7948-3.8825	0.2708	145	0.2095	4461	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8825-3.9788	0.301	138	0.2043	4385	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9788-4.0855	0.2767	138	0.1938	4403	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0855-4.2046	0.2683	141	0.1943	4501	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2046-4.339	0.2656	138	0.1739	4406	X-RAY DIFFRACTION	100
4.339-4.4924	0.2108	140	0.1664	4435	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4924-4.6701	0.1945	141	0.1584	4458	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6701-4.8797	0.2086	142	0.158	4410	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8797-5.1328	0.2215	140	0.1681	4440	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1328-5.4483	0.1985	140	0.1762	4425	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4483-5.8591	0.2443	139	0.1826	4427	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8591-6.4308	0.2268	141	0.1962	4406	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4308-7.321	0.2453	140	0.2008	4440	X-RAY DIFFRACTION	100
7.321-9.0773	0.2874	139	0.1944	4392	X-RAY DIFFRACTION	99
9.0773-19.979	0.2773	140	0.2155	4451	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 5.011 Å / Origin y: 100.8158 Å / Origin z: 107.9248 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.324 Å²	0.0122 Å²	-0.0693 Å²	-	0.4949 Å²	-0.059 Å²	-	-	0.3196 Å²
L	0.1533 °²	0.0192 °²	0.0561 °²	-	0.2798 °²	0.0304 °²	-	-	0.1025 °²
S	0.0037 Å °	-0.0456 Å °	0.0416 Å °	0.0053 Å °	-0.0147 Å °	0.018 Å °	-0.018 Å °	-0.029 Å °	0.012 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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