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万見
- PDB-5xxp: Crystal structure of CbnR_DBD-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xxp
タイトルCrystal structure of CbnR_DBD-DNA complex
要素
  • (DNA (25-MER)) x 2
  • LysR-type regulatory protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA complex / DNA binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-DNA complex / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / LysR-type regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Cupriavidus necator (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Senda, T. / Senda, M.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Kakenhi 日本
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of the DNA-binding domain of the LysR-type transcriptional regulator CbnR in complex with a DNA fragment of the recognition-binding site in the promoter region
著者: Koentjoro, M.P. / Adachi, N. / Senda, M. / Ogawa, N. / Senda, T.
履歴
登録2017年7月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年4月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LysR-type regulatory protein
B: LysR-type regulatory protein
E: DNA (25-MER)
F: DNA (25-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9994
ポリマ－37,9994
非ポリマー00
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7410 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area14990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)186.457, 28.719, 73.153
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.65, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

HOH

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要素

#1: タンパク質 LysR-type regulatory protein


分子量: 11321.880 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-87 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cupriavidus necator (バクテリア)
遺伝子: cbnR, BJN34_37375 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9WXC7
#2: DNA鎖 DNA (25-MER)


分子量: 7650.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Cupriavidus necator (バクテリア)
#3: DNA鎖 DNA (25-MER)


分子量: 7703.981 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Cupriavidus necator (バクテリア)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30%(w/v) PEG4000, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 0.2 M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2016年11月12日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→67.99 Å / Num. obs: 11461 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.3 % / Net I/σ(I): 13.52
反射 シェル解像度: 2.55→2.69 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.27 / Num. unique obs: 3253 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3K1M

3k1m


解像度: 2.55→67.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 11.132 / SU ML: 0.241 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.602 / ESU R Free: 0.31 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26327 604 5 %RANDOM
Rwork0.21942 ---
obs0.22164 11461 98.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.529 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.37 Å20 Å22.35 Å2
2---2.9 Å20 Å2
3----1.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.55→67.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1316 1019 0 2 2337
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0152534
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021867
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3661.5743550
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.10434313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3565.791437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.85921.47561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.3115229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.4731519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2020.237402
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022108
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02530
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.7434.545694
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.7274.542693
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.5536.823864
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.5526.827865
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.1746.2451840
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.1736.2451839
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.9019.3392687
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.4088206
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.4088207
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 43 -
Rwork0.36 806 -
obs--92.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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