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- PDB-5xwz: Crystal structure of a lactonase from Cladophialophora bantiana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xwz
タイトルCrystal structure of a lactonase from Cladophialophora bantiana
要素Unplaced genomic scaffold supercont1.36, whole genome shotgun sequence
キーワードHYDROLASE / ALPHA/BETA-HYDROLASE / LACTONASE / ZEARALENONE
機能・相同性alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / MALONATE ION / Unplaced genomic scaffold supercont1.36, whole genome shotgun sequence
機能・相同性情報
生物種Cladophialophora bantiana CBS 173.52 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Zheng, Y.Y. / Liu, W.T. / Liu, W.D. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: Characterization and crystal structure of a novel zearalenone hydrolase from Cladophialophora bantiana
著者: Hui, R. / Hu, X. / Liu, W. / Liu, W. / Zheng, Y. / Chen, Y. / Guo, R.T. / Jin, J. / Chen, C.C.
履歴
登録2017年6月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Unplaced genomic scaffold supercont1.36, whole genome shotgun sequence
B: Unplaced genomic scaffold supercont1.36, whole genome shotgun sequence
C: Unplaced genomic scaffold supercont1.36, whole genome shotgun sequence
D: Unplaced genomic scaffold supercont1.36, whole genome shotgun sequence
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,30713
ポリマ－119,7354
非ポリマー5729
水19,1141061
1
A: Unplaced genomic scaffold supercont1.36, whole genome shotgun sequence
B: Unplaced genomic scaffold supercont1.36, whole genome shotgun sequence
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2007
ポリマ－59,8672
非ポリマー3325
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2240 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area20490 Å2
手法PISA
2
C: Unplaced genomic scaffold supercont1.36, whole genome shotgun sequence
D: Unplaced genomic scaffold supercont1.36, whole genome shotgun sequence
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1076
ポリマ－59,8672
非ポリマー2404
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area20140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.863, 104.399, 116.834
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-458-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Unplaced genomic scaffold supercont1.36, whole genome shotgun sequence


分子量: 29933.666 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cladophialophora bantiana CBS 173.52 (菌類)
遺伝子: Z519_12792 / プラスミド: pET-46 EK/LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0D2H023
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1061 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.04 % / Mosaicity: 0.456 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.4M Sodium Malonate, 0.1M Bis-Tris Propane pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月29日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→25 Å / Num. obs: 148988 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.055 / Χ2: 1.36 / Net I/σ(I): 13.4 / Num. measured all: 621889
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.75-1.814.10.480.8280.2710.5521.27199.9
1.81-1.894.10.3450.9060.1940.3971.30499.9
1.89-1.974.20.2290.9560.1280.2631.31499.9
1.97-2.074.20.1650.9760.0920.1891.33499.9
2.07-2.24.20.1260.9860.070.1451.49899.9
2.2-2.374.20.0920.9920.0520.1061.64399.8
2.37-2.614.20.0670.9950.0370.0771.37199.9
2.61-2.994.20.0490.9960.0270.0561.39899.8
2.99-3.774.10.0350.9980.020.041.66699.9
3.77-254.20.0210.9990.0110.0240.83499.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WZL

3wzl


解像度: 1.75→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.811 / SU ML: 0.057 / SU R Cruickshank DPI: 0.0783 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.082
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1806 7478 5 %RANDOM
Rwork0.1545 ---
obs0.1558 141307 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 147.51 Å2 / Biso mean: 27.676 Å2 / Biso min: 13.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20 Å2-
2--0.78 Å2-0 Å2
3----0.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8096 0 36 1061 9193
Biso mean--49.77 37.13 -
残基数----1048
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0198356
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027526
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4851.95611392
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.851317509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.06851046
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.17323.778360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.419151292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5141552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.21249
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0219363
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021681
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 533 -
Rwork0.237 10303 -
all-10836 -
obs--99.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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