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- PDB-5xv6: Crystal structure of ATG101-ATG13HORMA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xv6
タイトルCrystal structure of ATG101-ATG13HORMA
要素
  • Autophagy-related protein 101
  • Autophagy-related protein 13
キーワードPROTEIN BINDING / AUTOPHAGY / ATG101 / ATG13 / HORMA
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein lipidation / Atg1/ULK1 kinase complex / response to mitochondrial depolarisation / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / protein kinase regulator activity / phagophore assembly site / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / Macroautophagy ...regulation of protein lipidation / Atg1/ULK1 kinase complex / response to mitochondrial depolarisation / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / protein kinase regulator activity / phagophore assembly site / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / Macroautophagy / mitophagy / autophagosome assembly / autophagosome / positive regulation of autophagy / protein serine/threonine kinase activator activity / negative regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / mitochondrion / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Autophagy-related protein 101 / Autophagy-related protein 101 / Autophagy-related protein 13, N-terminal / Autophagy-related protein 13 / Autophagy-related protein 13 / Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A / HORMA domain / HORMA domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Autophagy-related protein 13 / Autophagy-related protein 101
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.455 Å
データ登録者Kim, B.-W. / Song, H.K.
引用ジャーナル: Autophagy / 年: 2018
タイトル: The C-terminal region of ATG101 bridges ULK1 and PtdIns3K complex in autophagy initiation.
著者: Kim, B.-W. / Jin, Y. / Kim, J. / Kim, J.H. / Jung, J. / Kang, S. / Kim, I.Y. / Kim, J. / Cheong, H. / Song, H.K.
履歴
登録2017年6月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Autophagy-related protein 13
B: Autophagy-related protein 101


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1822
ポリマ－46,1822
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, 1:1 heterodimer, SAXS, 1:1 heterodimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2630 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area18840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.019, 123.485, 99.798
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Autophagy-related protein 13


分子量: 21319.652 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-190 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATG13, KIAA0652 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75143
#2: タンパク質 Autophagy-related protein 101


分子量: 24862.424 Da / 分子数: 1 / Mutation: K40A/K41A/E42A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATG101, C12orf44, PP894 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BSB4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES (pH7.5), 0.2M MgCl2, 6-8% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→50 Å / Num. obs: 19228 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 64.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 1.575 / Net I/av σ(I): 33.39 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 136207
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.44-2.487.10.9129460.8110.3630.9840.53199.3
2.48-2.537.30.7689470.8580.3030.8280.53999.8
2.53-2.5870.5989410.9070.2420.6470.602100
2.58-2.637.50.5489600.9180.2140.590.60899.9
2.63-2.697.60.4619420.9360.1790.4960.619100
2.69-2.757.60.3979590.9530.1540.4260.686100
2.75-2.827.40.3339480.9560.1320.3590.735100
2.82-2.897.30.299490.9650.1150.3130.81100
2.89-2.986.90.2299690.9770.0940.2480.99399.8
2.98-3.077.40.1929490.9810.0760.2071.08100
3.07-3.1870.1519580.9890.0620.1631.307100
3.18-3.317.40.1349570.9870.0530.1451.471100
3.31-3.467.40.1129520.9920.0450.1211.7199.9
3.46-3.647.30.1039760.9920.0410.1112.13699.8
3.64-3.876.70.0899650.9960.0370.0972.60799.7
3.87-4.176.90.0769590.9960.0320.0832.83699.1
4.17-4.596.90.0729570.9950.030.0783.24398.5
4.59-5.256.50.0689720.9950.0290.0743.18398.7
5.25-6.626.40.079840.9950.0290.0763.08298.9
6.62-506.20.0610380.9950.0270.0663.46898.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XUY

5xuy


解像度: 2.455→49.899 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2711 1918 10 %
Rwork0.2246 --
obs0.2291 19189 99.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 147.23 Å2 / Biso mean: 77.5409 Å2 / Biso min: 38.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.455→49.899 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3017 0 0 0 3017
残基数----399
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093068
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14167
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062498
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006526
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3881831
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.455-2.51640.35251300.30511174130496
2.5164-2.58440.31711360.289212201356100
2.5844-2.66050.36381370.279812291366100
2.6605-2.74630.34261350.282812171352100
2.7463-2.84450.33811350.288912301365100
2.8445-2.95840.38221370.275212321369100
2.9584-3.0930.37221380.280112341372100
3.093-3.2560.28951380.25712431381100
3.256-3.460.25371350.231812221357100
3.46-3.7270.29371400.247112441384100
3.727-4.1020.2591350.20871231136699
4.102-4.69510.21261370.19161238137598
4.6951-5.91390.28771410.20941255139699
5.9139-49.90930.22791440.19671302144698

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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