+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5xv6 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of ATG101-ATG13HORMA | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / AUTOPHAGY / ATG101 / ATG13 / HORMA | ||||||
Function / homology | ![]() regulation of protein lipidation / Atg1/ULK1 kinase complex / response to mitochondrial depolarisation / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / protein kinase regulator activity / phagophore assembly site / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / Macroautophagy ...regulation of protein lipidation / Atg1/ULK1 kinase complex / response to mitochondrial depolarisation / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / protein kinase regulator activity / phagophore assembly site / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / Macroautophagy / mitophagy / autophagosome assembly / autophagosome / positive regulation of autophagy / protein serine/threonine kinase activator activity / negative regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / mitochondrion / identical protein binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, B.-W. / Song, H.K. | ||||||
![]() | ![]() Title: The C-terminal region of ATG101 bridges ULK1 and PtdIns3K complex in autophagy initiation. Authors: Kim, B.-W. / Jin, Y. / Kim, J. / Kim, J.H. / Jung, J. / Kang, S. / Kim, I.Y. / Kim, J. / Cheong, H. / Song, H.K. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 90.2 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 66.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 437.3 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 444.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 16.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 21.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5xuySC ![]() 5xv3C ![]() 5xv4C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 21319.652 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 1-190 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: Protein | Mass: 24862.424 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: K40A/K41A/E42A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.79 Å3/Da / Density % sol: 55.95 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1M HEPES (pH7.5), 0.2M MgCl2, 6-8% (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 20, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.44→50 Å / Num. obs: 19228 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 64.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 1.575 / Net I/av σ(I): 33.39 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 136207 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5XUY Resolution: 2.455→49.899 Å / SU ML: 0.35 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 32.12
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 147.23 Å2 / Biso mean: 77.5409 Å2 / Biso min: 38.17 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.455→49.899 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
|