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万見
- PDB-5xut: Crystal structure of Lachnospiraceae bacterium ND2006 Cpf1 in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xut
タイトルCrystal structure of Lachnospiraceae bacterium ND2006 Cpf1 in complex with crRNA and target DNA (TCTA PAM)
要素
  • DNA (29-MER)
  • DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*TP*CP*TP*A)-3')
  • LbCpf1
  • crRNA
キーワードHYDROLASE/RNA/DNA / nuclease / HYDROLASE-RNA-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CRISPR-associated endonuclease Cas12a / Cas12a, REC1 domain / Cas12a, RuvC nuclease domain / Cas12a, nuclease domain / Alpha helical recognition lobe domain / Nuclease domain / RuvC nuclease domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / Cpf1
類似検索 - 構成要素
生物種Lachnospiraceae bacterium ND2006 (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Yamano, T. / Nishimasu, H. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for the Canonical and Non-canonical PAM Recognition by CRISPR-Cpf1.
著者: Yamano, T. / Zetsche, B. / Ishitani, R. / Zhang, F. / Nishimasu, H. / Nureki, O.
履歴
登録2017年6月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LbCpf1
B: crRNA
C: DNA (29-MER)
D: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*TP*CP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,7778
ポリマ－168,6064
非ポリマー1714
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16830 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area61410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.450, 102.450, 373.885
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#3: DNA鎖 DNA (29-MER) / Target DNA strand


分子量: 8888.737 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*TP*CP*TP*A)-3') / Non-target DNA strand


分子量: 2666.761 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 LbCpf1


分子量: 144170.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lachnospiraceae bacterium ND2006 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A182DWE3*PLUS
#2: RNA鎖 crRNA


分子量: 12879.634 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 49分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: PEG 3350, MIB buffer, pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→49.4 Å / Num. obs: 75474 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 8.9 % / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 2.4→2.45 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XUS

5xus


解像度: 2.4→49.404 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2376 3781 5.01 %
Rwork0.1929 --
obs0.1951 75435 95.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.404 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9788 1618 10 45 11461
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00711821
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90416308
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1356843
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051806
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051814
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.43040.38341560.30652649X-RAY DIFFRACTION97
2.4304-2.46240.32821470.28482644X-RAY DIFFRACTION97
2.4624-2.49610.3741370.27162690X-RAY DIFFRACTION97
2.4961-2.53180.30711330.25962625X-RAY DIFFRACTION97
2.5318-2.56960.32391290.26412650X-RAY DIFFRACTION97
2.5696-2.60970.32371550.26192632X-RAY DIFFRACTION97
2.6097-2.65250.35911450.26942649X-RAY DIFFRACTION97
2.6525-2.69820.35411550.27672667X-RAY DIFFRACTION97
2.6982-2.74730.29641390.26732607X-RAY DIFFRACTION96
2.7473-2.80010.34571560.24732622X-RAY DIFFRACTION96
2.8001-2.85730.30151350.25222659X-RAY DIFFRACTION96
2.8573-2.91940.36961510.25992648X-RAY DIFFRACTION96
2.9194-2.98730.35211340.24892623X-RAY DIFFRACTION96
2.9873-3.0620.2781360.24572666X-RAY DIFFRACTION96
3.062-3.14480.34111380.22742646X-RAY DIFFRACTION96
3.1448-3.23730.29111260.23382649X-RAY DIFFRACTION96
3.2373-3.34180.27441160.24212675X-RAY DIFFRACTION95
3.3418-3.46120.2681330.22772653X-RAY DIFFRACTION95
3.4612-3.59970.28611470.21592618X-RAY DIFFRACTION95
3.5997-3.76350.24581380.20862650X-RAY DIFFRACTION95
3.7635-3.96180.24441400.18592654X-RAY DIFFRACTION95
3.9618-4.20990.2171160.16772652X-RAY DIFFRACTION94
4.2099-4.53480.19671370.15122658X-RAY DIFFRACTION94
4.5348-4.99070.17581470.13982654X-RAY DIFFRACTION94
4.9907-5.7120.19751400.15722670X-RAY DIFFRACTION93
5.712-7.1930.20131410.17232659X-RAY DIFFRACTION92
7.193-49.41450.16031540.14962785X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5387-0.0828-0.21410.81530.17120.8698-0.1018-0.123-0.17210.38410.1638-0.02450.1443-0.0341-0.05550.62550.10120.03170.44970.02930.5157-36.8818-60.530553.2786
21.6347-0.68290.00222.06080.1021.20570.07490.32340.1171-0.2808-0.0408-0.45870.025-0.0577-00.3922-0.0480.07510.5296-0.02540.5132-38.403-54.068915.322
31.9625-1.1741-1.96081.30671.52842.9285-0.0824-0.16750.11140.02980.01460.0967-0.1322-0.20870.09480.40080.0918-0.01440.5454-0.00470.6379-57.215-25.802942.6901
42.5016-1.89583.10534.36331.63189.79830.03210.5322-0.1651-0.1662-0.21430.2430.6439-0.67990.15230.4739-0.21070.09210.7456-0.05630.5418-59.3376-62.642618.4201
5-0.1815-0.4567-0.14331.3382-0.54260.3899-0.0311-0.1116-0.07480.35060.33150.1270.1604-0.4304-0.25430.50480.06720.12310.80380.00660.5346-43.3386-55.913843.6393
62.36130.98493.73978.4261.14175.9728-0.1527-1.18850.96540.75590.3381.19210.9383-2.0159-0.19911.0160.250.23911.3250.18910.7507-50.3017-49.82364.0276
71.64050.13961.01481.2484-0.14670.6461-0.0634-0.3317-0.00360.37680.1520.24350.105-0.3241-0.08040.61270.08630.1420.72110.01670.5104-40.9444-59.020849.0027
81.3474-1.2142-2.59371.32722.83646.1190.13740.35260.4375-0.45450.4249-0.3959-0.5693-0.0069-0.63930.5508-0.03120.12750.54920.01360.5951-27.4302-52.747328.1286
92.1832-3.6662-0.54396.7391-1.15187.2542-0.8830.5361-0.5293-0.01980.2837-1.25590.62920.74380.51730.5750.01670.26940.5794-0.13180.9872-14.2394-61.796512.5855
108.2473-4.42633.01343.5419-3.16163.1544-0.11020.1621-1.353-0.8174-0.9671-2.84082.24620.6970.98641.23930.31130.18480.9546-0.20641.3971-5.7507-76.055116.6619
113.0673-3.3172-2.64464.54371.17046.96560.44611.48920.5793-0.9538-0.775-0.9968-0.18410.75160.40130.91970.14590.13640.9305-0.22481.2444-11.52-69.65715.0833
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 558 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 559 through 918 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 919 through 1226 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid -20 through -6 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid -5 through 19 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid -19 through -15 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid -14 through -5 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid -4 through 0 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 1 through 5 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 6 through 9 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid -9 through -1 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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