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- PDB-5xu9: Crystal Structure of Transketolase in complex with TPP intermedia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xu9
タイトルCrystal Structure of Transketolase in complex with TPP intermediate IX and gauche form erythrose-4-phosphate from Pichia Stipitis
要素Transketolase
キーワードTRANSFERASE / transketolase
機能・相同性
機能・相同性情報


purine nucleotide metabolic process / transketolase / transketolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Transketolase, bacterial-like / Transketolase family / Transketolase-like TK C-terminal domain / : / Transketolase signature 1. / Transketolase, N-terminal / Transketolase, thiamine diphosphate binding domain / Transketolase binding site / Transketolase signature 2. / Transketolase, C-terminal domain ...Transketolase, bacterial-like / Transketolase family / Transketolase-like TK C-terminal domain / : / Transketolase signature 1. / Transketolase, N-terminal / Transketolase, thiamine diphosphate binding domain / Transketolase binding site / Transketolase signature 2. / Transketolase, C-terminal domain / Rossmann fold - #920 / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase C-terminal/Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase domain II / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / Thiamin diphosphate-binding fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8N9 / ERYTHOSE-4-PHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Transketolase
類似検索 - 構成要素
生物種Scheffersomyces stipitis CBS 6054 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.166 Å
データ登録者Li, T.L. / Hsu, N.S. / Wang, Y.L.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2018
タイトル: Evidence of Diradicals Involved in the Yeast Transketolase Catalyzed Keto-Transferring Reactions.
著者: Hsu, N.S. / Wang, Y.L. / Lin, K.H. / Chang, C.F. / Ke, S.C. / Lyu, S.Y. / Hsu, L.J. / Li, Y.S. / Chen, S.C. / Wang, K.C. / Li, T.L.
履歴
登録2017年6月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transketolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,52211
ポリマ－75,0541
非ポリマー1,46710
水13,241735
1
A: Transketolase
ヘテロ分子

A: Transketolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,04422
ポリマ－150,1092
非ポリマー2,93520
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area13410 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area40820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.259, 186.041, 98.667
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1442-

HOH

21A-1533-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Transketolase / TK


分子量: 75054.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Scheffersomyces stipitis CBS 6054 (菌類)
株: CBS 6054 / 遺伝子: TKT, TKT1, PICST_67105 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P34736, transketolase
#5: 糖 ChemComp-E4P / ERYTHOSE-4-PHOSPHATE / エリトロ-ス4-りん酸


タイプ: saccharide / 分子量: 200.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 4種, 744分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-8N9 / 2-[(2E)-3-[(4-azanyl-2-methyl-pyrimidin-5-yl)methyl]-2-[1,2-bis(oxidanyl)ethylidene]-4-methyl-1,3-thiazol-5-yl]ethyl phosphono hydrogen phosphate / (E)-2(3-((4-amino-2-methylpyrimidin-5-yl)methyl)-2-(1,2-dihydroxyethylidene)-4-methyl-2,3-dihydrothiazol-5-yl)ethyl trihydrogen diphosphate


分子量: 484.358 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H22N4O9P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 735 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES, 0.1M NaCl, PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.16→30 Å / Num. obs: 307358 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.16→1.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.45

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HYV

5hyv


解像度: 1.166→19.61 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.54
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1659 14987 5 %
Rwork0.1462 --
obs0.1472 299493 95.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.166→19.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5130 0 92 735 5957
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0135434
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5057388
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.0833096
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.16822
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01954
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.166-1.17930.22864220.20898956X-RAY DIFFRACTION90
1.1793-1.19310.2264450.20428923X-RAY DIFFRACTION90
1.1931-1.20770.23784310.20728976X-RAY DIFFRACTION91
1.2077-1.2230.23754850.19968953X-RAY DIFFRACTION91
1.223-1.2390.21315030.18598987X-RAY DIFFRACTION91
1.239-1.2560.19955130.18559053X-RAY DIFFRACTION92
1.256-1.2740.20954880.17879091X-RAY DIFFRACTION92
1.274-1.2930.19075010.17929122X-RAY DIFFRACTION92
1.293-1.31320.2045400.17199092X-RAY DIFFRACTION93
1.3132-1.33470.18324930.1649235X-RAY DIFFRACTION93
1.3347-1.35770.17375220.16099224X-RAY DIFFRACTION94
1.3577-1.38240.18264790.15919268X-RAY DIFFRACTION94
1.3824-1.4090.19625200.15459390X-RAY DIFFRACTION95
1.409-1.43770.17945200.15229373X-RAY DIFFRACTION95
1.4377-1.4690.17224770.13869557X-RAY DIFFRACTION96
1.469-1.50310.15644600.13499698X-RAY DIFFRACTION97
1.5031-1.54070.14645430.11629841X-RAY DIFFRACTION100
1.5407-1.58230.13955330.11249887X-RAY DIFFRACTION100
1.5823-1.62890.13975490.11349894X-RAY DIFFRACTION100
1.6289-1.68140.14335360.11659926X-RAY DIFFRACTION100
1.6814-1.74150.13595390.11659890X-RAY DIFFRACTION100
1.7415-1.81120.15145300.11999920X-RAY DIFFRACTION100
1.8112-1.89350.15295350.12529903X-RAY DIFFRACTION100
1.8935-1.99330.15934890.13159993X-RAY DIFFRACTION100
1.9933-2.1180.14644760.13259993X-RAY DIFFRACTION99
2.118-2.28130.15785470.13499810X-RAY DIFFRACTION99
2.2813-2.51050.17485070.14279797X-RAY DIFFRACTION98
2.5105-2.87280.16784400.1579686X-RAY DIFFRACTION96
2.8728-3.61570.17114660.16069794X-RAY DIFFRACTION96
3.6157-19.61240.17114980.15799274X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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