PDB-5xu7: Crystal structure of Escherichia coli holo-[acyl-carrier-protein]...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xu7

タイトル

Crystal structure of Escherichia coli holo-[acyl-carrier-protein] synthase (AcpS)

要素

Holo-[acyl-carrier-protein] synthase

キーワード

TRANSFERASE / Gram-negative bacteria / phosphopantetheinyl transferase / homotrimer

機能・相同性

機能・相同性情報

holo-[acyl-carrier-protein] synthase / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / transferase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.84 Å

データ登録者

Liao, Y.P. / Wang, D.L. / Yin, D.P. / Zhang, Q.Y. / Wang, Y.M. / Wang, D.Q. / Zhu, H.X. / Chen, S.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures of acyl carrier protein synthases (AcpS) from three Gram-negative bacteria
著者: Liao, Y.P. / Wang, D.L. / Yin, D.P. / Zhang, Q.Y. / Wang, Y.M. / Wang, D.Q. / Zhu, H.X. / Chen, S.

履歴

登録	2017年6月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xu7.cif.gz	173.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xu7.ent.gz	138.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5xu7_validation.pdf.gz	449.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xu7_full_validation.pdf.gz	450 KB	表示
XML形式データ	5xu7_validation.xml.gz	18.9 KB	表示
CIF形式データ	5xu7_validation.cif.gz	27.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/5xu7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/5xu7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5xuhC 5xukC 5xumC 3qmnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5cmo-d 5xuh-d 3ne3-2 6c3z-d 5vbx-d 1aop-d 3eby-1 6ljo-1 6lis-2 3wg9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase

B: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase

C: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase

ヘテロ分子

42.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.620, 97.620, 96.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-373- HOH
2	1	B-268- HOH

#1: タンパク質	Holo-[acyl-carrier-protein] synthase / Holo-ACP synthase / 4'-phosphopantetheinyl transferase AcpS 分子量: 14074.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: acpS, dpj, b2563, JW2547 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P24224, holo-[acyl-carrier-protein] synthase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.65 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8 詳細: 10mM Tris-HCl pH 8.0, 100mM NaCl, 10mM MgCl2, 1mM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月1日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.84→48.81 Å / Num. obs: 40765 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 12.7 % / B_iso Wilson estimate: 24.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.083 / R_pim(I) all: 0.024 / Net I/σ(I): 19
反射シェル	解像度: 1.84→1.94 Å / 冗長度: 12.6 % / R_merge(I) obs: 0.603 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique obs: 5866 / R_pim(I) all: 0.176 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3QMN

3qmn

解像度: 1.84→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 5.475 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.116 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21357	2042	5 %	RANDOM
R_work	0.17528	-	-	-
obs	0.17719	38660	99.35 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.69 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.69 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.84→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2833	0	9	358	3200

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	2925
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.99	1.941	3952
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.107	5	362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.462	22.263	137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.135	15	511
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.349	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	446
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2196
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.2	3	2924
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	23.362	5	114
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	5.103	5	3117

LS精密化シェル

解像度: 1.839→1.887 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.25	118	-
R_work	0.215	2600	-
obs	-	-	99.71 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5513	-1.4127	0.6389	3.2313	-2.2697	3.2371	-0.0717	0.0111	0.1085	-0.1089	-0.0525	-0.2274	-0.0088	-0.0577	0.1243	0.0903	0.001	0.0006	0.0918	0.0012	0.1221	36.4877	-14.9429	-11.3529
2	2.817	-0.0475	0.5217	2.9522	0.3042	1.7354	-0.0927	0.2894	-0.1061	-0.2611	-0.0093	-0.075	0.0013	-0.0235	0.102	0.1323	-0.0285	-0.004	0.1252	-0.0273	0.078	33.7348	-21.0667	-23.674
3	3.7993	-2.312	2.59	2.4549	-1.9753	3.915	-0.085	0.0687	-0.1292	-0.1201	0.0219	0.0126	0.1248	0.0664	0.0632	0.1066	-0.0126	0.0167	0.0982	-0.0196	0.1166	35.7779	-20.923	-12.4655
4	2.7317	-0.29	1.1965	3.3681	-1.1606	3.8302	-0.293	0.1092	-0.0155	-0.1231	-0.024	-0.3586	0.1185	0.2191	0.317	0.1203	0.0387	0.0218	0.104	-0.0287	0.145	40.838	-27.161	-14.5206
5	50.4303	26.2814	-20.1636	35.0027	-38.3565	44.4692	-0.98	-0.4369	-0.68	-1.4859	1.5283	0.4901	1.6096	-1.8143	-0.5483	0.3602	-0.2589	0.0976	0.406	0.1095	0.656	25.8632	-36.3663	-10.3787
6	9.8762	-1.6389	1.6615	3.4273	-0.0924	3.5842	-0.2508	0.304	-0.5944	-0.1704	-0.037	-0.1431	0.3046	0.1952	0.2877	0.1432	0.0153	0.0771	0.0331	0.0043	0.1756	44.43	-33.8781	-12.4732
7	3.0633	-2.6354	-0.1469	4.5866	-0.4552	0.9167	-0.1728	-0.0641	-0.2837	0.0873	0.073	0.1593	0.0994	-0.0048	0.0998	0.1016	0.0099	0.0268	0.1012	0.0081	0.1396	34.0227	-24.9576	-4.685
8	1.1774	-0.2419	-0.7566	2.6282	-0.4952	1.2102	0.0261	0.0331	0.0489	-0.1209	0.0289	0.2641	0.1199	-0.2313	-0.055	0.0943	-0.0273	-0.0061	0.1516	-0.0111	0.153	17.133	-17.8949	1.9569
9	1.6351	-0.3527	-0.5087	3.9797	-0.2297	1.0147	0.0249	-0.1813	-0.0385	0.3497	-0.1078	0.2244	0.0125	-0.068	0.0828	0.1021	-0.0426	0.0595	0.1433	-0.0148	0.1224	17.3794	-17.9783	10.2444
10	3.6906	-0.1942	-2.777	2.1998	-0.4128	2.2337	-0.0523	-0.3416	-0.3578	0.1101	-0.1505	0.2484	0.0169	0.2849	0.2027	0.18	-0.0714	0.0801	0.1773	0.0576	0.1239	22.4886	-26.8712	12.3281
11	1.9552	0.475	-0.6109	1.4871	-0.3714	0.9443	-0.0969	-0.3053	-0.267	0.0907	-0.0898	-0.0087	0.1673	0.0423	0.1867	0.1411	0.016	0.0651	0.1419	0.048	0.1241	26.0292	-27.7182	8.534
12	0.1578	0.0898	-0.1075	2.5202	0.0927	0.4728	-0.0583	-0.2091	0.0049	0.1202	0.1456	0.0056	-0.0044	0.1653	-0.0873	0.1483	0.0536	0.0146	0.321	-0.0264	0.1369	39.6152	-5.6294	9.1634
13	5.4356	-0.9485	4.0259	12.9584	-2.0296	9.7913	-0.1049	-0.2474	0.0598	-0.0431	0.0621	-1.1339	-0.5042	1.0997	0.0428	0.0316	-0.0675	0.0163	0.4615	-0.0615	0.1762	52.6033	-3.4031	6.2877
14	2.2362	2.2343	-1.5857	9.2524	-4.7429	4.9622	0.1318	-0.485	0.0458	0.2078	-0.0986	-0.1501	0.0256	0.6375	-0.0332	0.088	0.0251	-0.0195	0.2437	-0.0494	0.0554	42.3349	-10.6981	7.4535
15	0.2904	-2.6153	0.6827	25.1791	-6.4559	1.6632	0.0533	0.0608	0.0008	1.7694	-0.232	0.0194	-0.4176	0.1225	0.1787	0.3052	0.0494	-0.0261	0.8937	-0.0503	0.0891	47.621	-13.8411	13.0059
16	45.1852	-36.7664	6.6975	47.3615	28.3695	66.556	2.4502	2.9952	-1.2311	-0.8871	-1.9401	0.8359	2.4461	1.3585	-0.5101	0.5503	0.3262	0.1312	0.8311	0.143	0.4473	55.3543	-20.4478	-1.0501
17	9.0456	2.2834	-4.9443	3.0793	4.0518	14.7697	-0.0369	-0.3419	-0.2125	0.0929	0.1448	-0.2402	0.2724	1.0019	-0.1079	0.1042	0.1861	-0.0768	0.5796	0.0469	0.2029	51.8261	-17.9559	10.6683
18	1.1217	-0.0508	-0.1603	1.6135	-0.1095	1.7841	-0.0285	-0.3927	-0.0491	0.1991	0.0864	-0.0362	0.1252	0.3821	-0.0579	0.1201	0.0657	-0.0151	0.2715	0.02	0.0882	43.1603	-19.8158	8.9816

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	24 - 45
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	46 - 64
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	65 - 81
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	82 - 86
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	87 - 102
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	103 - 126
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	2 - 31
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	32 - 63
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	64 - 86
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	87 - 126
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	2 - 31
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	32 - 45
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	46 - 64
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	65 - 81
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	82 - 86
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	87 - 92
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	93 - 126

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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