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万見
- PDB-5xu1: Structure of a non-canonical ABC transporter from Streptococcus p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xu1
タイトルStructure of a non-canonical ABC transporter from Streptococcus pneumoniae R6
要素
  • ABC transporter ATP-binding protein
  • ABC transporter permeae
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABC transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / MacB-like periplasmic core domain / MacB-like periplasmic core domain / MacB, ATP-binding domain / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease C-terminal / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain ...: / MacB-like periplasmic core domain / MacB-like periplasmic core domain / MacB, ATP-binding domain / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease C-terminal / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ABC transporter permeae / ABC transporter domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Yang, H.B. / Jiang, Y.L. / Hou, W.T. / Chen, M.T. / Chen, Y. / Zhou, C.Z.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology2015CB910103 中国
National Natural Science Foundation of China31400628 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structure of a MacAB-like efflux pump from Streptococcus pneumoniae.
著者: Yang, H.B. / Hou, W.T. / Cheng, M.T. / Jiang, Y.L. / Chen, Y. / Zhou, C.Z.
履歴
登録2017年6月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter ATP-binding protein
B: ABC transporter ATP-binding protein
M: ABC transporter permeae
S: ABC transporter permeae
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,8636
ポリマ－144,8144
非ポリマー492
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6690 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area55210 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)141.053, 154.987, 205.892
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 ABC transporter ATP-binding protein


分子量: 27090.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (strain ATCC BAA-255 / R6) (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-255 / R6 / 遺伝子: ABC-NBD, spr0694 / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DQF8
#2: タンパク質 ABC transporter permeae / TMD of the ABC trasnporter


分子量: 45316.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (strain ATCC BAA-255 / R6) (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-255 / R6 / 遺伝子: spr0695 / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DQF7
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.34 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, 25-31% v/v PEG 550 MME, 0.01 M Cadmium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97775 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97775 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 34560 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 3.3→3.4 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1F3O

1f3o


解像度: 3.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.893 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / SU B: 26.417 / SU ML: 0.417 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.517 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28922 1727 5 %RANDOM
Rwork0.23363 ---
obs0.23643 32666 99.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 82.664 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.44 Å20 Å2-0 Å2
2--2.22 Å20 Å2
3----4.66 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9269 0 2 16 9287
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0199385
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029170
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2981.98212668
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96321286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.82751207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.48725.257369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.55151747
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4761545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.21525
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0210285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021728
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3138.3284852
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.3138.3284851
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.54112.4866051
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.5412.4856052
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.888.6284533
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8798.6284534
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.99812.8186618
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.25898.91610208
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.25898.9210208
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.288→3.373 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 137 -
Rwork0.301 2302 -
obs--95.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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