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万見
- PDB-5xtu: Crystal Structure of GDSL Esterase of Photobacterium sp. J15 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xtu
タイトルCrystal Structure of GDSL Esterase of Photobacterium sp. J15
要素GDSL-family esterase
キーワードHYDROLASE / GDSL / SGNH / esterase / Photobacterium
機能・相同性GDSL lipase/esterase / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase / SGNH hydrolase superfamily / hydrolase activity, acting on ester bonds / CACODYLATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / GDSL-family esterase
機能・相同性情報
生物種Photobacterium sp. J15 (バクテリア)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Mazlan, S.N.H.S. / Jonet, M.A. / Leow, T.C. / Ali, M.S.M. / Rahman, R.N.Z.R.A.
引用ジャーナル: Int. J. Biol. Macromol. / 年: 2018
タイトル: Crystallization and structure elucidation of GDSL esterase of Photobacterium sp. J15.
著者: Mazlan, S.N.H.S. / Ali, M.S.M. / Rahman, R.N.Z.R.A. / Sabri, S. / Jonet, M.A. / Leow, T.C.
履歴
登録2017年6月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / entity / Item: _entity.formula_weight
改定 1.22025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GDSL-family esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8099
ポリマ－39,1021
非ポリマー7088
水7,855436
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area300 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area13730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.182, 66.461, 105.468
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 GDSL-family esterase


分子量: 39101.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photobacterium sp. J15(2011) (バクテリア)
株: 2011 / プラスミド: pET32b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosettagami(DE3)pLysS / 参照: UniProt: A0A0K0PV22

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非ポリマー , 7種, 444分子

#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 436 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.10 M ammonium sulphate, 0.15 M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, and 20% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→56.23 Å / Num. obs: 70491 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.912 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 1.38→1.43 Å / 冗長度: 1.98 % / Rmerge(I) obs: 0.193 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.38→56.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 0.773 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.054
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.179 3478 4.9 %RANDOM
Rwork0.1579 ---
obs0.159 67010 98.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 66.98 Å2 / Biso mean: 12.254 Å2 / Biso min: 3.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.36 Å20 Å2
3---0.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.38→56.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2516 0 33 436 2985
Biso mean--24.02 22.84 -
残基数----328
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0192661
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022502
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5241.9393612
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.18335747
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2055341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.13825.203123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.26915430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.929159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1540.2391
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.023108
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02635
LS精密化 シェル解像度: 1.38→1.416 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 257 -
Rwork0.207 4713 -
all-4970 -
obs--94.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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