ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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HKL-2000 | | データ収集 | HKL-2000 | | データスケーリング | REFMAC | 5.8.0135精密化 | PDB_EXTRACT | 3.22 | データ抽出 | HKL-2000 | | データ削減 | MOLREP | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.38→56.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 0.773 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.054 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.179 | 3478 | 4.9 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1579 | - | - | - |
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obs | 0.159 | 67010 | 98.15 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å |
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原子変位パラメータ | Biso max: 66.98 Å2 / Biso mean: 12.254 Å2 / Biso min: 3.74 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.02 Å2 | -0 Å2 | -0 Å2 |
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2- | - | -0.36 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 0.37 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.38→56.23 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2516 | 0 | 33 | 436 | 2985 |
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Biso mean | - | - | 24.02 | 22.84 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 328 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.029 | 0.019 | 2661 | X-RAY DIFFRACTION | r_bond_other_d0.003 | 0.02 | 2502 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg2.524 | 1.939 | 3612 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_other_deg1.183 | 3 | 5747 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg6.205 | 5 | 341 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg38.138 | 25.203 | 123 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg13.269 | 15 | 430 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg13.929 | 15 | 9 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.154 | 0.2 | 391 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.012 | 0.02 | 3108 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_other0.003 | 0.02 | 635 | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.38→1.416 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.218 | 257 | - |
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Rwork | 0.207 | 4713 | - |
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all | - | 4970 | - |
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obs | - | - | 94.97 % |
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