PDB-5xtj: Mannanase(RmMan134A)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xtj

タイトル

Mannanase(RmMan134A)

要素

Endo beta-1,4-mannanase

キーワード

HYDROLASE / native protein

機能・相同性

: / Glycosyl hydrolase family 134 / mannan endo-1,4-beta-mannosidase / mannan endo-1,4-beta-mannosidase activity / Uncharacterized protein / Man134A

機能・相同性情報

生物種

Rhizopus microsporus (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.22 Å

データ登録者

Jiang, Z.Q. / You, X. / Huang, P.

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2018
タイトル: Structural and biochemical insights into the substrate-binding mechanism of a novel glycoside hydrolase family 134 beta-mannanase.
著者: You, X. / Qin, Z. / Li, Y.X. / Yan, Q.J. / Li, B. / Jiang, Z.Q.

履歴

登録	2017年6月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月10日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xtj.cif.gz	78.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xtj.ent.gz	58.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xtj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xtj_validation.pdf.gz	425.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xtj_full_validation.pdf.gz	426.8 KB	表示
XML形式データ	5xtj_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	5xtj_validation.cif.gz	21.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/5xtj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/5xtj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xttC 5xu5C 5xugC 5xulC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1vrm-d 3mfg-d 5xxa-d 3pro-1 3pqv-4 2c47-4 1u5q-2 5xug-d 5dew-1 4odc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Endo beta-1,4-mannanase

B: Endo beta-1,4-mannanase

36.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.259, 59.350, 123.304
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Endo beta-1,4-mannanase / Endo beta-1 / 4-mannanase 分子量: 18286.934 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 20-181 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizopus microsporus (菌類) / 遺伝子: RMCBS344292_04886 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A1NDE2, UniProt: A0A2U8ZTY7*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tris-Hcl, tri-Sodium Citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→45.7 Å / Num. obs: 17836 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 8.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev-2474-000	精密化
HKL-3000		data processing
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.22→45.7 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2109	-	-
R_work	0.1726	-	-
obs	-	17836	97 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.22→45.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2525	0	0	214	2739

LS精密化シェル

最高解像度: 2.22 Å

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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