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- PDB-5xss: XylFII molecule -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xss
タイトルXylFII molecule
要素Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Two component system / histidine kinase / signal transmission across the membrane / D-xylose uptake
機能・相同性Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / cell envelope / Periplasmic binding protein-like I / carbohydrate binding / beta-D-xylopyranose / Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
機能・相同性情報
生物種Clostridium beijerinckii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.093 Å
データ登録者Li, J.X. / Wang, C.Y. / Zhang, P.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
the National Natural Science Foundation of China31670755 中国
the National Natural Science Foundation of China31322016 中国
the National Natural Science Foundation of China31630003 中国
the National Natural Science Foundation of China31421061 中国
the Chinese Academy of SciencesQYZDB-SSW-SMC006 中国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Molecular mechanism of environmental d-xylose perception by a XylFII-LytS complex in bacteria
著者: Li, J. / Wang, C. / Yang, G. / Sun, Z. / Guo, H. / Shao, K. / Gu, Y. / Jiang, W. / Zhang, P.
履歴
登録2017年6月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22017年11月15日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
A: Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
B: Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
C: Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,8358
ポリマ－139,2344
非ポリマー6014
水14,700816
1
X: Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9592
ポリマ－34,8091
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area350 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area11720 Å2
手法PISA
2
A: Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9592
ポリマ－34,8091
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area350 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area11920 Å2
手法PISA
3
B: Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9592
ポリマ－34,8091
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area350 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area12020 Å2
手法PISA
4
C: Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9592
ポリマ－34,8091
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area350 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area11650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.541, 68.059, 76.677
Angle α, β, γ (deg.)89.89, 65.15, 87.33
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator


分子量: 34808.508 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 25-326 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium beijerinckii (strain ATCC 51743 / NCIMB 8052) (バクテリア)
株: ATCC 51743 / NCIMB 8052 / 遺伝子: Cbei_2377 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A6LW07
#2: 糖
ChemComp-XYP / beta-D-xylopyranose / beta-D-xylose / D-xylose / xylose / β-D-キシロピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DXylpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-xylopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-XylpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
XylSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 816 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 20% Polyethylene glycol 8000, 0.1 M phosphate-citrate pH 4.2, 0.2 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.093→50 Å / Num. obs: 70577 / % possible obs: 96.77 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 2.0933→2.1208 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / % possible all: 91.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000data processing
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.093→30.782 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 21.89
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2144 3572 5.06 %
Rwork0.1804 --
obs0.1821 70577 96.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.093→30.782 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8295 0 40 816 9151
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0118407
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.32211318
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8013180
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0651359
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051446
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0933-2.12080.22841200.18272223X-RAY DIFFRACTION83
2.1208-2.14990.2351430.1892536X-RAY DIFFRACTION97
2.1499-2.18060.22891410.19572677X-RAY DIFFRACTION97
2.1806-2.21310.22621450.19872502X-RAY DIFFRACTION97
2.2131-2.24770.2681310.19872644X-RAY DIFFRACTION97
2.2477-2.28450.21831220.19682580X-RAY DIFFRACTION97
2.2845-2.32390.24451370.19412621X-RAY DIFFRACTION98
2.3239-2.36620.241330.19352573X-RAY DIFFRACTION97
2.3662-2.41160.25161400.19782613X-RAY DIFFRACTION98
2.4116-2.46080.25231560.19372589X-RAY DIFFRACTION98
2.4608-2.51430.23051430.19352634X-RAY DIFFRACTION98
2.5143-2.57280.25761210.1932609X-RAY DIFFRACTION98
2.5728-2.63710.21551500.1852581X-RAY DIFFRACTION98
2.6371-2.70840.21371620.18522625X-RAY DIFFRACTION98
2.7084-2.7880.21751250.18892592X-RAY DIFFRACTION98
2.788-2.87790.23941350.18692616X-RAY DIFFRACTION98
2.8779-2.98070.18391590.18422594X-RAY DIFFRACTION98
2.9807-3.09990.21691420.18382665X-RAY DIFFRACTION98
3.0999-3.24090.22621400.18562619X-RAY DIFFRACTION99
3.2409-3.41150.22551250.17182615X-RAY DIFFRACTION98
3.4115-3.6250.18261620.16592597X-RAY DIFFRACTION98
3.625-3.90440.18151300.16512598X-RAY DIFFRACTION97
3.9044-4.29630.18831290.15322554X-RAY DIFFRACTION96
4.2963-4.91580.17991190.15312510X-RAY DIFFRACTION94
4.9158-6.18520.22451310.18552581X-RAY DIFFRACTION96
6.1852-30.78520.20681310.18682457X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -58.9476 Å / Origin y: 24.3419 Å / Origin z: -2.2899 Å
111213212223313233
T0.1181 Å20.0029 Å2-0.0183 Å2-0.1004 Å2-0.0015 Å2--0.1116 Å2
L0.3527 °2-0.0134 °2-0.2151 °2-0.0564 °2-0.0153 °2--0.2653 °2
S0.0156 Å °-0.0036 Å °-0.0185 Å °0.0016 Å °-0.0142 Å °0.0004 Å °-0.0572 Å °-0.0012 Å °-0.0016 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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