PDB-5xsm: Crystal Structure of Transketolase in complex with TPP intermedia...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xsm

タイトル

Crystal Structure of Transketolase in complex with TPP intermediate IV from Pichia Stipitis

要素

Transketolase

キーワード

TRANSFERASE / transketolase

機能・相同性

機能・相同性情報

transketolase / transketolase activity / pentose-phosphate shunt / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Scheffersomyces stipitis CBS 6054 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.97 Å

データ登録者

Li, T.L. / Hsu, N.S. / Wang, Y.L.

引用

ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: The Mesomeric Effect of Thiazolium on non-Kekule Diradicals in Pichia stipitis Transketolase.
著者: Hsu, N.S. / Wang, Y.L. / Lin, K.H. / Chang, C.F. / Lyu, S.Y. / Hsu, L.J. / Liu, Y.C. / Chang, C.Y. / Wu, C.J. / Li, T.L.

履歴

登録	2017年6月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年4月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xsm.cif.gz	282.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xsm.ent.gz	219.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xsm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xsm_validation.pdf.gz	786.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xsm_full_validation.pdf.gz	787.1 KB	表示
XML形式データ	5xsm_validation.xml.gz	32.1 KB	表示
CIF形式データ	5xsm_validation.cif.gz	51.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/5xsm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/5xsm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xryC 5xs6C 5xsaC 5xsbC 5xtlC 5xtvC 5xufC 5xvtC 5hyvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5xuf-1 5xsb-1 5xtv-1 5hgx-1 6tj9-d 4c7x-1 1tka-d 5xt0-1 2e6k-2 5xt4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (7) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (4) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transketolase

ヘテロ分子

75.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transketolase

ヘテロ分子

A: Transketolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, dimer
152 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.946, 184.259, 98.793
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-817- HOH
2	1	A-869- HOH
3	1	A-1183- HOH
4	1	A-1462- HOH
5	1	A-1525- HOH
6	1	A-1554- HOH
7	1	A-1590- HOH

#1: タンパク質	Transketolase / TK 分子量: 75054.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Scheffersomyces stipitis CBS 6054 (菌類) 株: CBS 6054 / 遺伝子: TKT, TKT1, PICST_67105 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: P34736, transketolase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-8EO / 2-[(5S)-3-[(4-azanyl-2-methyl-pyrimidin-5-yl)methyl]-4-methyl-2,5-dihydro-1,3-thiazol-3-ium-5-yl]ethyl phosphono hydrogen phosphate 分子量: 427.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₁N₄O₇P₂S
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 800 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES, 0.1M NaCl, PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.7 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.7 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.97→30 Å / Num. obs: 537705 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.6 % / R_merge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 22.6
反射シェル	解像度: 0.97→1 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.672 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-2000		data processing
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5HYV

5hyv

解像度: 0.97→27.893 Å / SU ML: 0.05 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 11.26

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1462	26874	5 %
R_work	0.138	-	-
obs	0.1384	537620	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.97→27.893 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5130	0	48	800	5978

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5323
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.208	7244
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.536	3092
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.113	811
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	938

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.9684-0.9794	0.1934	814	0.1891	15677	X-RAY DIFFRACTION	92
0.9794-0.9909	0.1945	893	0.1789	16943	X-RAY DIFFRACTION	100
0.9909-1.003	0.1701	912	0.168	16934	X-RAY DIFFRACTION	100
1.003-1.0157	0.1765	965	0.1568	16920	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0157-1.0291	0.161	886	0.1492	17033	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0291-1.0432	0.1576	940	0.1441	16895	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0432-1.0581	0.1448	895	0.133	16998	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0581-1.0739	0.1335	919	0.1229	17015	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0739-1.0907	0.1245	913	0.114	16962	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0907-1.1085	0.1232	873	0.1104	17064	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1085-1.1277	0.1133	918	0.1057	16992	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1277-1.1482	0.1135	932	0.1017	16984	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1482-1.1702	0.1148	857	0.0992	17011	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1702-1.1941	0.1102	879	0.0974	17086	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1941-1.2201	0.1059	955	0.0989	16984	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2201-1.2485	0.1131	909	0.0977	17009	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2485-1.2797	0.1137	908	0.0993	16997	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2797-1.3143	0.117	842	0.1025	17113	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3143-1.353	0.1142	851	0.1048	17136	X-RAY DIFFRACTION	100
1.353-1.3966	0.1302	846	0.1091	17124	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3966-1.4466	0.1211	849	0.1107	17080	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4466-1.5045	0.1314	887	0.1117	17147	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5045-1.5729	0.1326	838	0.113	17159	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5729-1.6559	0.1232	946	0.119	17061	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6559-1.7596	0.1362	858	0.1312	17173	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7596-1.8954	0.1498	898	0.1459	17177	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8954-2.0861	0.1531	956	0.1515	17134	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0861-2.3878	0.1608	941	0.1596	17225	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3878-3.0078	0.1695	874	0.1729	17387	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0078-27.9042	0.1717	920	0.1637	17326	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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