PDB-5xse: Crystal structure of the 2-keto-3-deoxy-6-phosphogluconate aldola...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xse

タイトル

Crystal structure of the 2-keto-3-deoxy-6-phosphogluconate aldolase of Zymomonas mobilis ZM4

要素

KHG/KDPG aldolase

キーワード

LYASE / aldolase

機能・相同性

機能・相同性情報

2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase / 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Zymomonas mobilis subsp. mobilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.799 Å

データ登録者

Seo, P.W. / Kim, J.S.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the 2-keto-3-deoxy-6-phosphogluconate aldolase of Zymomonas mobilis ZM4
著者: Seo, P.W. / Kim, J.S.

履歴

登録	2017年6月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xse.cif.gz	254.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xse.ent.gz	207.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xse.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/5xse ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/5xse	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xsfC 3onpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4bk9-d 5xsf-1 4qfe-2 2yw3-1 3lao-d 1mxs-1 1wbh-d 2c0a-d 1eun-d 1fq0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: KHG/KDPG aldolase

B: KHG/KDPG aldolase

C: KHG/KDPG aldolase

64.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.695, 83.025, 117.208
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	KHG/KDPG aldolase 分子量: 21526.324 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Zymomonas mobilis subsp. mobilis (strain ATCC 31821 / ZM4 / CP4) (バクテリア) 株: ATCC 31821 / ZM4 / CP4 / 遺伝子: eda, kdgA, ZMO0997 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q00384, 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 660 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.74 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 25%(w/v) polyethylene glycol 8,000, 0.1M Bis-tris (pH 5.5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.799→50 Å / Num. obs: 57557 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 8.2 % / R_sym value: 0.077 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 1.8→1.88 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / R_sym value: 0.43 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3onp

3onp

解像度: 1.799→35.351 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 21.46 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2299	2879	5 %
R_work	0.19	-	-
obs	0.1921	57557	98.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.799→35.351 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4502	0	0	660	5162

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4595
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.707	6252
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.417	2830
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	759
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	808

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7989-1.8284	0.3742	130	0.3452	2465	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8284-1.8599	0.3469	131	0.3163	2498	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8599-1.8937	0.3426	132	0.2892	2502	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8937-1.9302	0.2949	135	0.2791	2565	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9302-1.9696	0.2937	134	0.2548	2540	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9696-2.0124	0.2723	134	0.2482	2537	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0124-2.0592	0.2879	135	0.2363	2574	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0592-2.1107	0.2816	135	0.2242	2575	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1107-2.1677	0.2278	136	0.2039	2568	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1677-2.2315	0.243	137	0.1934	2605	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2315-2.3035	0.2291	137	0.1935	2613	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3035-2.3858	0.2503	137	0.1892	2596	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3858-2.4813	0.2286	138	0.1811	2608	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4813-2.5942	0.2261	136	0.1838	2616	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5942-2.731	0.2494	140	0.1878	2637	X-RAY DIFFRACTION	99
2.731-2.902	0.215	138	0.1899	2642	X-RAY DIFFRACTION	99
2.902-3.1259	0.2379	139	0.1819	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1259-3.4403	0.2019	141	0.1745	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4403-3.9375	0.2001	141	0.1524	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9375-4.9587	0.1645	143	0.1331	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9587-35.3577	0.1885	150	0.1506	2828	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 12.2895 Å / Origin y: -3.6222 Å / Origin z: -9.6936 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1115 Å²	-0.0049 Å²	-0.0081 Å²	-	0.0653 Å²	0.0001 Å²	-	-	0.1277 Å²
L	0.6699 °²	-0.0105 °²	0.1473 °²	-	0.3688 °²	0.0898 °²	-	-	0.9627 °²
S	-0.0075 Å °	-0.0462 Å °	0.0668 Å °	-0.0147 Å °	-0.0205 Å °	-0.0346 Å °	-0.0218 Å °	-0.0174 Å °	0.0204 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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