PDB-5xsb: Crystal Structure of Transketolase in complex with TPP intermedia...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xsb

タイトル

Crystal Structure of Transketolase in complex with TPP intermediate III from Pichia Stipitis

要素

Transketolase

キーワード

TRANSFERASE / transketolase

機能・相同性

機能・相同性情報

transketolase / transketolase activity / pentose-phosphate shunt / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Scheffersomyces stipitis CBS 6054 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.918 Å

データ登録者

Li, T.L. / Hsu, N.S. / Wang, Y.L.

引用

ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: The Mesomeric Effect of Thiazolium on non-Kekule Diradicals in Pichia stipitis Transketolase.
著者: Hsu, N.S. / Wang, Y.L. / Lin, K.H. / Chang, C.F. / Lyu, S.Y. / Hsu, L.J. / Liu, Y.C. / Chang, C.Y. / Wu, C.J. / Li, T.L.

履歴

登録	2017年6月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年4月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xsb.cif.gz	291.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xsb.ent.gz	225.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xsb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xsb_validation.pdf.gz	758.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xsb_full_validation.pdf.gz	759.9 KB	表示
XML形式データ	5xsb_validation.xml.gz	35.9 KB	表示
CIF形式データ	5xsb_validation.cif.gz	59.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/5xsb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/5xsb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xryC 5xs6C 5xsaC 5xsmC 5xtlC 5xtvC 5xufC 5xvtC 5hyvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5xsm-1 5xt4-1 5i4i-1 5xqk-1 5xt0-1 5xuf-1 5xtv-1 5xtx-1 1tka-d 6tj9-d 5hgx-1 5hje-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (6) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (4) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transketolase

ヘテロ分子

75.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transketolase

ヘテロ分子

A: Transketolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, dimer
151 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.916, 184.139, 98.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1206- HOH
2	1	A-1856- HOH

#1: タンパク質	Transketolase / TK 分子量: 75054.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Scheffersomyces stipitis CBS 6054 (菌類) 株: CBS 6054 / 遺伝子: TKT, TKT1, PICST_67105 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: P34736, transketolase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-8EL / 2-[3-[(4-azanyl-2-methyl-pyrimidin-5-yl)methyl]-4-methyl-2H-1,3-thiazol-5-yl]ethyl phosphono hydrogen phosphate 分子量: 426.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₀N₄O₇P₂S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES, 0.1M NaCl, PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.7 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.7 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.92→30 Å / Num. obs: 615127 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 8.8 % / Net I/σ(I): 22.6
反射シェル	解像度: 0.92→0.95 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-2000		data processing
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5HYV

5hyv

解像度: 0.918→26.221 Å / SU ML: 0.05 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 12.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1475	31393	5.1 %
R_work	0.1373	-	-
obs	0.1378	615018	97.23 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.918→26.221 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5130	0	27	1106	6263

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	5321
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.241	7250
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.786	3060
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.096	810
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	941

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.918-0.9284	0.2426	911	0.2257	16911	X-RAY DIFFRACTION	85
0.9284-0.9393	0.2227	995	0.2125	19071	X-RAY DIFFRACTION	96
0.9393-0.9508	0.2113	1014	0.1975	19136	X-RAY DIFFRACTION	96
0.9508-0.9628	0.2005	1019	0.1875	19187	X-RAY DIFFRACTION	96
0.9628-0.9755	0.1912	1097	0.1744	19126	X-RAY DIFFRACTION	97
0.9755-0.9889	0.1635	1022	0.1598	19248	X-RAY DIFFRACTION	96
0.9889-1.003	0.1623	1065	0.1557	19173	X-RAY DIFFRACTION	97
1.003-1.018	0.1453	1026	0.1353	19351	X-RAY DIFFRACTION	97
1.018-1.0339	0.1457	1092	0.1303	19230	X-RAY DIFFRACTION	97
1.0339-1.0508	0.1388	1021	0.1233	19430	X-RAY DIFFRACTION	97
1.0508-1.0689	0.1237	1025	0.115	19442	X-RAY DIFFRACTION	98
1.0689-1.0884	0.1159	1104	0.1099	19382	X-RAY DIFFRACTION	98
1.0884-1.1093	0.1192	1016	0.1081	19594	X-RAY DIFFRACTION	98
1.1093-1.132	0.1097	1037	0.102	19529	X-RAY DIFFRACTION	98
1.132-1.1566	0.11	1074	0.1009	19563	X-RAY DIFFRACTION	98
1.1566-1.1835	0.1134	1010	0.0979	19702	X-RAY DIFFRACTION	98
1.1835-1.2131	0.1101	1036	0.0991	19682	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2131-1.2459	0.1124	1142	0.1032	19664	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2459-1.2825	0.1166	1060	0.1013	19809	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2825-1.3239	0.1099	1034	0.1033	19792	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3239-1.3712	0.1167	1072	0.1061	19858	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3712-1.4261	0.1245	1067	0.1104	19845	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4261-1.491	0.1185	1094	0.1093	19877	X-RAY DIFFRACTION	99
1.491-1.5696	0.1216	1060	0.1156	20011	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5696-1.668	0.123	1051	0.1212	20018	X-RAY DIFFRACTION	100
1.668-1.7967	0.1409	1023	0.1331	20077	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7967-1.9775	0.1517	1078	0.1472	20027	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9775-2.2635	0.1545	1058	0.1464	20089	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2635-2.8512	0.1705	1088	0.1583	20113	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8512-26.2314	0.1881	1002	0.1771	17688	X-RAY DIFFRACTION	85

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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