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- PDB-5xs3: Crystal structure of HLA Class I antigen -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xs3
タイトルCrystal structure of HLA Class I antigen
要素
  • Heavy Chain
  • Light Chain
  • P
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA Class I antigen
機能・相同性MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wei, P.C. / Yang, Y. / Liu, Z.X. / Luo, Z.Q. / Tu, W.Y. / Han, J.Y. / Deng, Y.H. / Yin, L.
引用ジャーナル: J. Invest. Dermatol. / 年: 2017
タイトル: Characterization of Autoantigen Presentation by HLA-C*06:02 in Psoriasis
著者: Wei, P. / Yang, Y. / Liu, Z. / Luo, Z. / Tu, W. / Han, J. / Deng, Y. / Yin, L.
履歴
登録2017年6月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heavy Chain
B: Light Chain
C: P


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5113
ポリマ－44,5113
非ポリマー00
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4280 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area18470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.210, 81.100, 117.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Heavy Chain


分子量: 31785.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Light Chain


分子量: 11562.874 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質・ペプチド P


分子量: 1162.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.88 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.2M Ammonium chloride, 0.1M MES pH 6.0, 20%(w/v) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40 Å / Num. obs: 13478 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.08364 / Net I/σ(I): 6.96
反射 シェル解像度: 2.5→2.589 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.196 / Mean I/σ(I) obs: 3.62 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QQD

1qqd


解像度: 2.5→40 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2724 1348 10 %
Rwork0.2143 --
obs0.2202 13477 88.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3014 0 0 120 3134
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053097
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7894221
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7161815
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045436
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004556
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.58940.38311360.26131221X-RAY DIFFRACTION92
2.5894-2.6930.27561350.26151213X-RAY DIFFRACTION91
2.693-2.81560.29891360.24671236X-RAY DIFFRACTION91
2.8156-2.9640.31861360.25131215X-RAY DIFFRACTION91
2.964-3.14960.31931350.22921220X-RAY DIFFRACTION90
3.1496-3.39270.291350.20251209X-RAY DIFFRACTION89
3.3927-3.73390.24991330.19051198X-RAY DIFFRACTION89
3.7339-4.27370.25991330.1841200X-RAY DIFFRACTION87
4.2737-5.38260.20551330.17731196X-RAY DIFFRACTION86
5.3826-41.37010.2321360.22421222X-RAY DIFFRACTION83
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.5719 Å / Origin y: 85.6046 Å / Origin z: 14.3364 Å
111213212223313233
T0.0524 Å20.0078 Å2-0.0131 Å2-0.0717 Å20.021 Å2--0.0714 Å2
L0.3707 °2-0.1897 °2-0.212 °2-0.7408 °20.4111 °2--0.6371 °2
S0.0168 Å °0.048 Å °-0.0357 Å °-0.0369 Å °-0.0459 Å °0.0364 Å °-0.0663 Å °-0.0506 Å °-0.2299 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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