PDB-5xpx: Structure elucidation of truncated AMS3 lipase from an Antarctic ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xpx

タイトル

Structure elucidation of truncated AMS3 lipase from an Antarctic Pseudomonas

要素

Lipase

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / extracellular region / metal ion binding / triacylglycerol lipase

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas sp. A3

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.77 Å

データ登録者

Rahman, R.N.Z.R.A. / Latip, W.

資金援助

マレーシア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure elucidation of truncated AMS3 lipase from an Antarctic Pseudomonas
著者: Rahman, R.N.Z.R.A. / Latip, W.

履歴

登録	2017年6月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xpx.cif.gz	162.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xpx.ent.gz	125.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xpx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xpx_validation.pdf.gz	452.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xpx_full_validation.pdf.gz	464.2 KB	表示
XML形式データ	5xpx_validation.xml.gz	28 KB	表示
CIF形式データ	5xpx_validation.cif.gz	38 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/5xpx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/5xpx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4fdmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1llc-2 6hsk-d 4haq-d 4p1r-d 3imh-d 5nof-d 4j7q-d 4k1c-d 4j7p-d 5ayr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lipase

E: Lipase

ヘテロ分子

96.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.753, 94.693, 126.431
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Lipase 分子量: 47964.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas sp. A3(2015c) (バクテリア) 株: 2015c 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0K0PTR1, triacylglycerol lipase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.14 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 0.8 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.77→40 Å / Num. obs: 27263 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 2.1 % / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 2.77→2.82 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-3000		data processing
HKL-3000		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4FDM

4fdm

解像度: 2.77→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.909 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.856 / SU B: 15.282 / SU ML: 0.299 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.381 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2771	1391	5.2 %	RANDOM
R_work	0.2217	-	-	-
obs	0.22463	25583	98.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.183 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.73 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.92 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.77→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6042	0	4	20	6066

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	6208
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5488
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.689	1.931	8440
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.098	3	12671
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.306	5	763
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.751	23.013	312
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.322	15	942
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.906	15	51
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	883
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	7088
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1415
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.671	2.679	3058
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.63	2.677	3057
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.766	4.011	3819
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.767	4.012	3820
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.592	2.83	3150
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.592	2.831	3151
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.704	4.187	4622
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.51	30.835	7101
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.51	30.836	7102
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.767→2.839 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.38	92	-
R_work	0.318	1817	-
obs	-	-	96.41 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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