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- PDB-4p1r: Crystal Structure of PDE10A with Imidazo[4,5-b]pyridines as Poten... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p1r
タイトルCrystal Structure of PDE10A with Imidazo[4,5-b]pyridines as Potent and Selective Inhibitors
要素cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INBHITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX / HYDROLASE-HYDROLASE INBHITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of receptor guanylyl cyclase signaling pathway / cGMP catabolic process / cAMP catabolic process / regulation of cAMP/PKA signal transduction / cGMP effects / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cGMP binding ...3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of receptor guanylyl cyclase signaling pathway / cGMP catabolic process / cAMP catabolic process / regulation of cAMP/PKA signal transduction / cGMP effects / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / : / cAMP binding / G alpha (s) signalling events / glutamatergic synapse / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / GAF domain ...Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / GAF-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2KR / cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.243 Å
データ登録者Chmait, S.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2014
タイトル: Discovery of Novel Imidazo[4,5-b]pyridines as Potent and Selective Inhibitors of Phosphodiesterase 10A (PDE10A).
著者: Hu, E. / Andrews, K. / Chmait, S. / Zhao, X. / Davis, C. / Miller, S. / Hill Della Puppa, G. / Dovlatyan, M. / Chen, H. / Lester-Zeiner, D. / Able, J. / Biorn, C. / Ma, J. / Shi, J. / Treanor, J. / Allen, J.R.
履歴
登録2014年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,93842
ポリマ－77,7792
非ポリマー4,15940
水12,448691
1
A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
ヘテロ分子

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
ヘテロ分子

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,89563
ポリマ－116,6693
非ポリマー6,22660
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation20_544-z,x-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation47_545y+1/2,-z-1/2,-x1
Buried area8400 Å2
ΔGint-275 kcal/mol
Surface area40510 Å2
手法PISA
2
B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
ヘテロ分子

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
ヘテロ分子

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,91963
ポリマ－116,6693
非ポリマー6,25060
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area6570 Å2
ΔGint-270 kcal/mol
Surface area38950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)252.971, 252.971, 252.971
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number196
Space group name H-MF23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-815-

SO4

21B-815-

SO4

31A-1142-

HOH

41A-1154-

HOH

51A-1162-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A


分子量: 38889.586 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 442-779 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase, 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase

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非ポリマー , 5種, 731分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-2KR / N-[4-(2-methoxy-3H-imidazo[4,5-b]pyridin-3-yl)phenyl]-5-methylpyridin-2-amine


分子量: 331.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H17N5O
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 691 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.63 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6M Ammonium Sulfate, 0.1M MES monohydrate, 10% v/v 1,4-Dioxane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→29.81 Å / Num. obs: 63795 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4 % / Net I/σ(I): 12.39

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: dev_1589) / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.243→29.81 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1888 3169 4.97 %
Rwork0.1527 --
obs0.1545 63577 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.243→29.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5081 0 232 691 6004
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095420
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3077346
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3751968
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06777
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01907
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.243-2.27680.17131490.14262603X-RAY DIFFRACTION100
2.2768-2.31240.18671280.13462665X-RAY DIFFRACTION100
2.3124-2.35030.19431430.13622601X-RAY DIFFRACTION100
2.3503-2.39080.18491490.14012594X-RAY DIFFRACTION100
2.3908-2.43420.20151600.14312614X-RAY DIFFRACTION100
2.4342-2.4810.18481270.14612631X-RAY DIFFRACTION100
2.481-2.53170.18551050.14612672X-RAY DIFFRACTION100
2.5317-2.58670.22941240.15792609X-RAY DIFFRACTION100
2.5867-2.64680.18461410.15442623X-RAY DIFFRACTION100
2.6468-2.7130.19141490.16132625X-RAY DIFFRACTION100
2.713-2.78630.20011670.15582579X-RAY DIFFRACTION100
2.7863-2.86820.1741310.16022646X-RAY DIFFRACTION100
2.8682-2.96070.20591410.16932610X-RAY DIFFRACTION100
2.9607-3.06640.23081270.17152627X-RAY DIFFRACTION100
3.0664-3.1890.23481190.17162664X-RAY DIFFRACTION100
3.189-3.3340.20851530.17292639X-RAY DIFFRACTION100
3.334-3.50950.20461540.16342624X-RAY DIFFRACTION100
3.5095-3.7290.17531400.14682643X-RAY DIFFRACTION100
3.729-4.01630.16811380.14032630X-RAY DIFFRACTION100
4.0163-4.41930.15751240.13292642X-RAY DIFFRACTION100
4.4193-5.05610.15221320.13352685X-RAY DIFFRACTION100
5.0561-6.360.20961160.16772690X-RAY DIFFRACTION100
6.36-29.81550.18971520.15992710X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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