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- PDB-5xoh: Crystal structure of bergaptol o-methyltransferase complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xoh
タイトルCrystal structure of bergaptol o-methyltransferase complex
要素Bergaptol O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / bergaptol o-methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


5-hydroxyfuranocoumarin 5-O-methyltransferase / 5-hydroxyfuranocoumarin 5-O-methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / methylation / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能
Plant methyltransferase dimerisation / Dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / O-methyltransferase COMT-type / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Plant methyltransferase dimerisation / Dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / O-methyltransferase COMT-type / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-oxidanylfuro[3,2-g]chromen-7-one / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Bergaptol O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Peucedanum praeruptorum (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zhou, Y. / Zeng, Z.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of bergaptol o-methyltransferase complex
著者: Zhou, Y. / Zeng, Z.
履歴
登録2017年5月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bergaptol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8973
ポリマ－39,3101
非ポリマー5872
水1,06359
1
A: Bergaptol O-methyltransferase
ヘテロ分子

A: Bergaptol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7946
ポリマ－78,6202
非ポリマー1,1734
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_646y+1,x-1,-z+11
Buried area8500 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area26730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.436, 59.436, 172.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-521-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Bergaptol O-methyltransferase


分子量: 39310.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Peucedanum praeruptorum (植物) / 遺伝子: BMT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A166U5H3, 5-hydroxyfuranocoumarin 5-O-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-8B6 / 4-oxidanylfuro[3,2-g]chromen-7-one / ベルガプト-ル


分子量: 202.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H6O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.03 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 40% PEG300, Cacodylate pH6.5 and 200mM Calcium acetate The crystals were flash-frozen in liquid nitrogen and cryoprotected by adding glycerol to a final concentration of 20%.

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97846 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97846 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 18833 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 29.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11_2567精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→33.06 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.3
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 950 5.07 %
Rwork0.197 --
obs0.2 18755 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→33.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2665 0 41 59 2765
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072774
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.033771
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.0261644
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058425
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006474
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1974-2.31320.35891320.25852484X-RAY DIFFRACTION100
2.3132-2.45810.24811360.21262505X-RAY DIFFRACTION100
2.4581-2.64780.26051290.19332486X-RAY DIFFRACTION100
2.6478-2.91410.23831440.18822503X-RAY DIFFRACTION100
2.9141-3.33540.28321410.19812541X-RAY DIFFRACTION100
3.3354-4.20090.23671210.18612585X-RAY DIFFRACTION100
4.2009-33.06030.23041470.1972701X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 49.7208 Å / Origin y: 11.9347 Å / Origin z: 79.7936 Å
111213212223313233
T0.286 Å20.0661 Å2-0.0621 Å2-0.3563 Å20.0278 Å2--0.3561 Å2
L0.7391 °20.291 °20.3572 °2-0.6118 °20.0162 °2--0.9965 °2
S-0.1758 Å °0.0913 Å °0.2388 Å °0.0458 Å °-0.0017 Å °0.0874 Å °-0.2367 Å °-0.0961 Å °-0.0012 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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