PDB-5xo7: Crystal structure of a novel ZEN lactonase mutant with ligand a

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xo7

タイトル

Crystal structure of a novel ZEN lactonase mutant with ligand a

要素

lactonase for protein

キーワード

HYDROLASE / ALPHA/BETA-HYDROLASE / LACTONASE / ZEARALENONE

機能・相同性

: / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / Chem-36J / AB hydrolase-1 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Rhinocladiella mackenziei CBS 650.93 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Zheng, Y.Y. / Liu, W.T. / Liu, W.D. / Chen, C.C. / Guo, R.T.

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2018
タイトル: Crystal Structure of a Mycoestrogen-Detoxifying Lactonase from Rhinocladiella mackenziei: Molecular Insight into ZHD Substrate Selectivity
著者: Zheng, Y.Y. / Liu, W.T. / Chen, C.C. / Hu, X.Y. / Liu, W.D. / Ko, T.P. / Tang, X.K. / Wei, H.L. / Huang, J.W. / Guo, R.T.

履歴

登録	2017年5月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xo7.cif.gz	455.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xo7.ent.gz	376.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xo7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xo7_validation.pdf.gz	3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xo7_full_validation.pdf.gz	3 MB	表示
XML形式データ	5xo7_validation.xml.gz	102.2 KB	表示
CIF形式データ	5xo7_validation.cif.gz	146.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/5xo7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/5xo7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xo6C 5xo8C 5z5jC 5z7jC 5z97C 3wzlS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ie4-1 5ie6-1 5z5j-1 5xo6-3 5z7j-3 5xo8-4 5xo8-1 5xo6-2 5xwz-1 5z97-2 5xwz-2 4hsd-d 3f7o-d 3wzl-2 5z7j-4 1bi4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: lactonase for protein

B: lactonase for protein

C: lactonase for protein

D: lactonase for protein

E: lactonase for protein

F: lactonase for protein

G: lactonase for protein

H: lactonase for protein

ヘテロ分子

238 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: lactonase for protein

F: lactonase for protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
59.5 kDa, 2 ポリマー
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2

B: lactonase for protein

C: lactonase for protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.5 kDa, 2 ポリマー
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3

D: lactonase for protein

G: lactonase for protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.5 kDa, 2 ポリマー
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4

E: lactonase for protein

H: lactonase for protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.462, 95.158, 101.444
Angle α, β, γ (deg.)	90.20, 92.13, 91.60
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	lactonase for protein 分子量: 29449.219 Da / 分子数: 8 / 変異: S105A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhinocladiella mackenziei CBS 650.93 (菌類) 遺伝子: Z518_04590 / プラスミド: pET-46 EK/LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0D2ILK1
#2: 化合物	ChemComp-36J / (3S,7R,11E)-7,14,16-trihydroxy-3-methyl-3,4,5,6,7,8,9,10-octahydro-1H-2-benzoxacyclotetradecin-1-one 分子量: 320.380 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₄O₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.15 % / Mosaicity: 0.277 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Ammonium Sulfate, 0.085M Sodium Cacodylate pH 6.5, 25-28%(w/v) Polyethylene Glycol 8000 and 15%(v/v) Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.9998 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月16日
放射	モノクロメーター: LN2 cooled Si(111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→25 Å / Num. obs: 222958 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 6.8
反射シェル	解像度: 1.88→1.95 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.498 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3WZL

3wzl

解像度: 1.88→24.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 3.046 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.195	2038	0.9 %	RANDOM
R_work	0.156	-	-	-
obs	0.156	220860	97.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.24 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→24.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16434	0	184	2210	18828

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.019	17116
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	15786
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.93	1.97	23378
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.175	3.004	36529
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.698	5	2099
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.381	23.596	737
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.63	15	2618
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.392	15	104
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.123	0.2	2538
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	19250
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	3770
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.649	2.824	8414
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.647	2.824	8413
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.468	4.22	10504
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.467	4.22	10505
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.698	3.216	8702
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.698	3.216	8702
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.548	4.677	12874
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.48	25.356	22200
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.447	25.238	22093
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.88→1.93 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.27	134	-
R_work	0.246	15577	-
obs	-	-	93.27 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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