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- PDB-5xn8: Structure of glycerol dehydrogenase crystallised as a contaminant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xn8
タイトルStructure of glycerol dehydrogenase crystallised as a contaminant
要素Glycerol Dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / MarathonMR / Glycerol dehydrogenase / contamination
機能・相同性Dehydroquinate synthase-like, alpha domain / Dehydroquinate synthase-like - alpha domain / Rossmann fold - #1970 / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種unidentified (未定義)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Hatti, K. / Mathiharan, Y.K. / Srinivasan, N. / Murthy, M.R.N.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / : 2017
タイトル: Seeing but not believing: the structure of glycerol dehydrogenase initially assumed to be the structure of a survival protein from Salmonella typhimurium
著者: Hatti, K. / Mathiharan, Y.K. / Srinivasan, N. / Murthy, M.R.N.
履歴
登録2017年5月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2017年6月7日ID: 5WQ5
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22017年8月16日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set / Item: _pdbx_related_exp_data_set.data_reference
改定 1.32018年9月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set / Item: _pdbx_related_exp_data_set.data_reference
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycerol Dehydrogenase
B: Glycerol Dehydrogenase
C: Glycerol Dehydrogenase
D: Glycerol Dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,34010
ポリマ-155,8944
非ポリマー4466
2,738152
1
A: Glycerol Dehydrogenase
B: Glycerol Dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Glycerol Dehydrogenase
B: Glycerol Dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Glycerol Dehydrogenase
B: Glycerol Dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Glycerol Dehydrogenase
B: Glycerol Dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)312,68120
ポリマ-311,7898
非ポリマー89212
1448
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_375-x-2,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_575-y,x+2,z1
crystal symmetry operation4_355y-2,-x,z1
Buried area23400 Å2
ΔGint-411 kcal/mol
Surface area97720 Å2
手法PISA
2
C: Glycerol Dehydrogenase
D: Glycerol Dehydrogenase
ヘテロ分子

C: Glycerol Dehydrogenase
D: Glycerol Dehydrogenase
ヘテロ分子

C: Glycerol Dehydrogenase
D: Glycerol Dehydrogenase
ヘテロ分子

C: Glycerol Dehydrogenase
D: Glycerol Dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)312,68120
ポリマ-311,7898
非ポリマー89212
1448
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_465-x-1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-y,x+1,z1
crystal symmetry operation4_455y-1,-x,z1
Buried area23490 Å2
ΔGint-419 kcal/mol
Surface area97330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.550, 178.550, 80.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number75
Space group name H-MP4
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 365 / Label seq-ID: 1 - 365

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Glycerol Dehydrogenase


分子量: 38973.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.91 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES (4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid), pH 7.5, 0.02 M magnesium chloride hexahydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.176
11-H, K, -L20.824
反射解像度: 2.33→56.46 Å / Num. obs: 96487 / % possible obs: 89.3 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 8.07
反射 シェル解像度: 2.33→2.39 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Num. unique obs: 4048 / CC1/2: 0.64 / % possible all: 51.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
xia2data processing
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MCA
解像度: 2.33→56.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.881 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.865 / SU B: 10.824 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.046 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25146 4831 5 %RANDOM
Rwork0.23598 ---
obs0.23676 91655 89.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 33.661 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.29 Å20 Å20 Å2
2--9.29 Å20 Å2
3----18.57 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.33→56.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10932 0 16 152 11100
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01911181
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210584
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1981.96415171
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.912324519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.54151463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.94624.726438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.351151854
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.691541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.21779
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212549
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022144
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.941.7655855
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.941.7655854
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5222.6477317
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5222.6477318
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8771.8395326
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.8751.8395326
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.3952.7237855
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.67721.13512196
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.6621.12912183
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
11A225320.07
12B225320.07
21A227640.07
22C227640.07
31A226180.08
32D226180.08
41B224740.07
42C224740.07
51B225140.07
52D225140.07
61C224400.07
62D224400.07
LS精密化 シェル解像度: 2.33→2.39 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 208 -
Rwork0.309 4048 -
obs--53.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.83270.03950.11840.19820.0110.47710.0350.0435-0.0667-0.03160.0013-0.07050.14640.086-0.03630.22440.0451-0.00330.1524-0.02480.032-154.949151.7412.957
20.32470.0589-0.12630.67390.28080.70970.0203-0.0878-0.06070.0894-0.0058-0.15610.10610.1687-0.01450.19610.0419-0.02730.22140.00090.0473-148.342159.43235.177
30.5943-0.12450.02560.6399-0.11450.66110.0041-0.04790.09560.05840.00590.0071-0.1088-0.0711-0.00990.21110.05620.01620.1869-0.01860.0199-108.036119.727-1.269
40.8806-0.283-0.10970.43040.24230.7320.03260.0740.1824-0.0768-0.00430.0201-0.2107-0.0624-0.02820.2760.0390.01280.19460.03340.0614-98.762123.784-33.548
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 365
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 365
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 365
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 365

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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