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万見
- PDB-5xlo: Anti-CRISPR proteins AcrF1/2 bound to Csy surveillance complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xlo
タイトルAnti-CRISPR proteins AcrF1/2 bound to Csy surveillance complex with a 32nt spacer crRNA backbone region
要素
  • CRISPR-associated protein Csy3
  • Uncharacterized protein AcrF1
  • crRNA with 32nt spacer sequence
キーワードIMMUNE SYSTEM/RNA / anti-CRISPR protein / Csy complex / Type I-F CRISPR/Cas system / IMMUNE SYSTEM-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to virus
類似検索 - 分子機能
Viral Envelope Glycoprotein; domain 2 - #30 / : / Anti-CRISPR protein Acr30-35/AcrF1 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 2 / CRISPR-associated protein Csy3 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy3) / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / Uncharacterized protein / CRISPR-associated protein Csy3
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
Pseudomonas phage JBD30 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Peng, R. / Shi, Y. / Gao, G.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
China Ministry of Science and Technology National 973 Project2013CB531502 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2017
タイトル: Alternate binding modes of anti-CRISPR viral suppressors AcrF1/2 to Csy surveillance complex revealed by cryo-EM structures.
著者: Ruchao Peng / Ying Xu / Tengfei Zhu / Ningning Li / Jianxun Qi / Yan Chai / Min Wu / Xinzheng Zhang / Yi Shi / Peiyi Wang / Jiawei Wang / Ning Gao / George Fu Gao /
要旨: Bacteriophages encode anti-CRISPR suppressors to counteract the CRISPR/Cas immunity of their bacterial hosts, thus facilitating their survival and replication. Previous studies have shown that two ...Bacteriophages encode anti-CRISPR suppressors to counteract the CRISPR/Cas immunity of their bacterial hosts, thus facilitating their survival and replication. Previous studies have shown that two phage-encoded anti-CRISPR proteins, AcrF1 and AcrF2, suppress the type I-F CRISPR/Cas system of Pseudomonas aeruginosa by preventing target DNA recognition by the Csy surveillance complex, but the precise underlying mechanism was unknown. Here we present the structure of AcrF1/2 bound to the Csy complex determined by cryo-EM single-particle reconstruction. By structural analysis, we found that AcrF1 inhibits target DNA recognition of the Csy complex by interfering with base pairing between the DNA target strand and crRNA spacer. In addition, multiple copies of AcrF1 bind to the Csy complex with different modes when working individually or cooperating with AcrF2, which might exclude target DNA binding through different mechanisms. Together with previous reports, we provide a comprehensive working scenario for the two anti-CRISPR suppressors, AcrF1 and AcrF2, which silence CRISPR/Cas immunity by targeting the Csy surveillance complex.
履歴
登録2017年5月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6729
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated protein Csy3
B: CRISPR-associated protein Csy3
C: CRISPR-associated protein Csy3
D: CRISPR-associated protein Csy3
E: CRISPR-associated protein Csy3
F: CRISPR-associated protein Csy3
K: crRNA with 32nt spacer sequence
N: Uncharacterized protein AcrF1
M: Uncharacterized protein AcrF1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)262,3919
ポリマ－262,3919
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, homology, microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area32360 Å2
ΔGint-201 kcal/mol
Surface area92230 Å2

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要素

#1: タンパク質
CRISPR-associated protein Csy3


分子量: 37579.273 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌)
株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: csy3, csy1-3, PA14_33310
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: Q02MM1
#2: RNA鎖 crRNA with 32nt spacer sequence


分子量: 19265.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: GenBank: 313291946
#3: タンパク質 Uncharacterized protein AcrF1


分子量: 8824.931 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas phage JBD30 (ファージ)
遺伝子: JBD30_035
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: L7P7M1

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1anti-CRISPR proteins AcrF1/2 bound to Csy surveillance complex with a 32nt spacer crRNA backbone regionCOMPLEXall0RECOMBINANT
2CRISPR-associated protein Csy3COMPLEX#11RECOMBINANT
3crRNA with 20nt spacer sequenceCOMPLEX#21RECOMBINANT
4AcrF1COMPLEX#31RECOMBINANT
分子量値: 0.4 MDa / 実験値: YES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
21Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌)208963UCBPP-PA14
31Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)287
41Pseudomonas phage D301223260
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)866768
31Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)866768
41Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)866768
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影平均露光時間: 0.2 sec. / 電子線照射量: 1 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 38

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION2粒子像選択
4CTFFIND3CTF補正
7Chimera2015-04-15モデルフィッティング
9RELION2初期オイラー角割当
10RELION2最終オイラー角割当
11RELION2分類
12RELION2３次元再構成
13PHENIX1.11モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 155099 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00915710
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.36621627
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.8519303
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0642615
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0082759

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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