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- PDB-5xlj: Crystal structure of the flagellar cap protein flid D2-D3 domains... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xlj
タイトルCrystal structure of the flagellar cap protein flid D2-D3 domains from serratia marcescens in Space group P432
要素Flagellar hook-associated protein 2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Bacterial flagellar cap protein
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum filament cap / bacterial-type flagellum hook / cell adhesion / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Flagellar hook-associated protein 2, N-terminal / Flagellar hook-associated protein 2, C-terminal / Flagellar hook-associated protein 2 / Flagellar hook-associated protein 2 N-terminus / Flagellar hook-associated protein 2 C-terminus / Flagellin hook, IN motif / Flagellin hook IN motif
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar hook-associated protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Serratia marcescens (霊菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Cho, S.Y. / Song, W.S. / Hong, H.J. / Yoon, S.I.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Tetrameric structure of the flagellar cap protein FliD from Serratia marcescens.
著者: Cho, S.Y. / Song, W.S. / Hong, H.J. / Lee, G.S. / Kang, S.G. / Ko, H.J. / Kim, P.H. / Yoon, S.I.
履歴
登録2017年5月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellar hook-associated protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0207
ポリマ－21,8201
非ポリマー2006
水2,702150
1
A: Flagellar hook-associated protein 2
ヘテロ分子

A: Flagellar hook-associated protein 2
ヘテロ分子

A: Flagellar hook-associated protein 2
ヘテロ分子

A: Flagellar hook-associated protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,08128
ポリマ－87,2804
非ポリマー80124
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
crystal symmetry operation15_665y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation16_645-y+1,x-1,z1
Buried area9160 Å2
ΔGint-196 kcal/mol
Surface area33150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.386, 120.386, 120.386
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number207
Space group name H-MP432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

CL

21A-458-

HOH

31A-530-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Flagellar hook-associated protein 2 / HAP2 / Flagellar cap protein


分子量: 21820.078 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 71-272 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: AR325_17470 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0P0QFX8
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.05 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 6% PEG 6000, 2.0M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 24119 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 33
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / Rmerge(I) obs: 0.517

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5H5W

5h5w


解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 3.936 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.106 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20841 1225 5.1 %RANDOM
Rwork0.18936 ---
obs0.19034 22784 99.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso mean: 22.631 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1381 0 6 150 1537
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221415
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02879
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4631.9621936
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92732201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1325199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.8427.27355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.37915237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.863155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2248
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021613
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02228
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7291.5963
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1961.5395
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.40621556
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5283452
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3124.5376
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 90 -
Rwork0.233 1650 -
obs--99.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8865-3.26430.02623.4956-0.61640.47450.13810.28290.3708-0.1043-0.0754-0.226-0.003-0.1014-0.06270.1230.02480.01210.15380.04110.2328106.496-12.2445.617
21.79290.4150.12321.97310.25431.31610.01440.0146-0.09490.07580.0255-0.21160.05540.1484-0.040.04120.0061-0.02130.0657-0.02380.0608131.117-35.63650.054
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A79 - 103
2X-RAY DIFFRACTION1A226 - 270
3X-RAY DIFFRACTION2A104 - 225

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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