PDB-5xk1: Structure of 8-mer DNA3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xk1

タイトル

Structure of 8-mer DNA3

要素

DNA (5'-D(*GP*GP*AP*GP*CP*CP*CP*C)-3')

キーワード

DNA (デオキシリボ核酸) / duplex

機能・相同性

デオキシリボ核酸

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.501 Å

データ登録者

Liu, H.H. / Gan, J.H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017
タイトル: A DNA Structure Containing AgI -Mediated G:G and C:C Base Pairs.
著者: Liu, H.H. / Shen, F.S. / Haruehanroengra, P. / Yao, Q.Q. / Cheng, Y.S. / Chen, Y.Q. / Yang, C. / Zhang, J. / Wu, B.X. / Luo, Q. / Cui, R.X. / Li, J.X. / Ma, J.B. / Sheng, J. / Gan, J.H.

履歴

登録	2017年5月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xk1.cif.gz	27.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xk1.ent.gz	18.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xk1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/5xk1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/5xk1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xjzC 5xk0C 4f4nS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2plo-d 1d91-d 115d-d 2g3s-3 5tgp-d 2pkv-d 2g3s-1 317d-1 1vt8-d 398d-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*GP*CP*CP*CP*C)-3')

C: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*GP*CP*CP*CP*C)-3')

4.83 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.595, 44.595, 41.865
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(GPGPAPGPCPCPCPC)-3') 分子量: 2412.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.61 % / 解説: rod
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10% v/v MPD, 40mM Sodium cacodylate pH 7.0, 12mM Spermine tetra-HCl, 80mM NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 7613 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.2 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 18
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 10.7 % / R_merge(I) obs: 0.435 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 770 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4F4N

4f4n

解像度: 1.501→28.387 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.46

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.196	406	5.33 %
R_work	0.162	-	-
obs	0.1638	7613	99.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.501→28.387 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	320	0	41	361

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	358
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.838	548
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.244	152
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	62
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	16

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5008-1.718	0.219	109	0.1635	2389	X-RAY DIFFRACTION	98
1.718-2.1643	0.1751	155	0.175	2386	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1643-28.3917	0.2036	142	0.1559	2432	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 11.5561 Å / Origin y: 16.7512 Å / Origin z: 0.866 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1076 Å²	0.0069 Å²	-0.0037 Å²	-	0.0965 Å²	0.0019 Å²	-	-	0.093 Å²
L	1.8597 °²	-1.5503 °²	-1.1417 °²	-	1.7814 °²	1.0375 °²	-	-	1.9875 °²
S	-0.0093 Å °	-0.0812 Å °	0.0861 Å °	0.0373 Å °	0.012 Å °	-0.1121 Å °	-0.0301 Å °	-0.0097 Å °	-0.0009 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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