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万見
- PDB-5xhs: Crystal structure of SIRT5 complexed with a fluorogenic small-mol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xhs
タイトルCrystal structure of SIRT5 complexed with a fluorogenic small-molecule substrate SuBKA
要素NAD-dependent protein deacylase sirtuin-5, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / Sirtuin / Fluorogenic Small Molecule Substrates
機能・相同性
機能・相同性情報


protein demalonylation / protein deglutarylation / regulation of ketone biosynthetic process / peptidyl-lysine demalonylation / protein desuccinylation / peptidyl-lysine desuccinylation / protein-glutaryllysine deglutarylase activity / protein-malonyllysine demalonylase activity / protein-succinyllysine desuccinylase activity / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity ...protein demalonylation / protein deglutarylation / regulation of ketone biosynthetic process / peptidyl-lysine demalonylation / protein desuccinylation / peptidyl-lysine desuccinylation / protein-glutaryllysine deglutarylase activity / protein-malonyllysine demalonylase activity / protein-succinyllysine desuccinylase activity / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein deacetylation / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / NAD+ binding / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / epigenetic regulation of gene expression / response to nutrient levels / mitochondrion organization / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / mitochondrial intermembrane space / transferase activity / mitochondrial matrix / mitochondrion / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sirtuin, class III / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain ...Sirtuin, class III / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7-AMINO-4-METHYL-CHROMEN-2-ONE / benzyl chlorocarbonate / Chem-SLL / NAD-dependent protein deacylase sirtuin-5, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Yu, Y. / Li, B. / Chen, Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
中国
引用ジャーナル: Rsc Adv / 年: 2017
タイトル: Interactions between sirtuins and fluorogenic small-molecule substrates offer insights into inhibitor design
著者: Wang, H.L. / Liu, S. / Yu, Z.J. / Wu, C. / Cheng, L. / Wang, Y. / Chen, K. / Zhou, S. / Chen, Q. / Yu, Y. / Li, G.B.
履歴
登録2017年4月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent protein deacylase sirtuin-5, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1115
ポリマ－31,4541
非ポリマー6574
水2,468137
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.130, 55.274, 124.303
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 NAD-dependent protein deacylase sirtuin-5, mitochondrial / Regulatory protein SIR2 homolog 5 / SIR2-like protein 5


分子量: 31453.693 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 34-302 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT5, SIR2L5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NXA8, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

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非ポリマー , 5種, 141分子

#2: 化合物 ChemComp-PHQ / benzyl chlorocarbonate / クロロぎ酸ベンジル


分子量: 170.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H7ClO2
#3: 化合物 ChemComp-SLL / (2S)-2-azanyl-6-[(4-hydroxy-4-oxo-butanoyl)amino]hexanoic acid / 6-N-succinyl-L-lysine / Nε-(4-ヒドロキシ-1,4-ジオキソブチル)-L-リシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 246.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18N2O5
#4: 化合物 ChemComp-MCM / 7-AMINO-4-METHYL-CHROMEN-2-ONE / 7-AMINO-4-METHYLCOUMARIN / 7-アミノ-4-メチルクマリン


分子量: 175.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H9NO2
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 23% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 0.2M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→50 Å / Num. obs: 15515 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.4 % / Net I/σ(I): 10

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.19→39.901 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2243 781 5.29 %
Rwork0.1731 --
obs0.1759 14764 94.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→39.901 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2004 0 40 137 2181
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122100
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2042841
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.281238
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057302
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007374
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1896-2.32670.32871190.23141813X-RAY DIFFRACTION76
2.3267-2.50640.27951380.2062280X-RAY DIFFRACTION95
2.5064-2.75850.28091240.19342406X-RAY DIFFRACTION99
2.7585-3.15760.26571320.18712441X-RAY DIFFRACTION100
3.1576-3.97760.22481290.15462464X-RAY DIFFRACTION100
3.9776-39.90710.15841390.15652579X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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