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- PDB-5xga: Crystal structure of the EnvZ periplasmic domain with CHAPS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xga
タイトルCrystal structure of the EnvZ periplasmic domain with CHAPS
要素Osmolarity sensor protein EnvZ
キーワードTRANSFERASE / histidine kinase / EnvZ
機能・相同性
機能・相同性情報


response to osmotic stress / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphoprotein phosphatase activity / phosphorelay signal transduction system / outer membrane-bounded periplasmic space / protein autophosphorylation / signal transduction / protein homodimerization activity / ATP binding ...response to osmotic stress / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphoprotein phosphatase activity / phosphorelay signal transduction system / outer membrane-bounded periplasmic space / protein autophosphorylation / signal transduction / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily ...: / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Sensor histidine kinase EnvZ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.951 Å
データ登録者Hwang, E. / Cheong, H.K. / Jeon, Y.H. / Cheong, C.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of the EnvZ periplasmic domain with CHAPS.
著者: Hwang, E. / Cheong, H.K. / Kim, S.Y. / Kwon, O. / Blain, K.Y. / Choe, S. / Yeo, K.J. / Jung, Y.W. / Jeon, Y.H. / Cheong, C.
履歴
登録2017年4月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2017年7月19日ID: 5DCJ
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Osmolarity sensor protein EnvZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6464
ポリマ－14,3561
非ポリマー1,2903
水1,15364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area7610 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)43.654, 45.214, 70.721
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Osmolarity sensor protein EnvZ


分子量: 14356.311 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 36-158 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: envZ, ompB, perA, tpo, b3404, JW3367 / プラスミド: pGEX4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AEJ4, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-CPS / 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / CHAPS


分子量: 614.877 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H58N2O7S / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 4M ammonium acetate, 0.1M sodium acetate / PH範囲: 4.5-4.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 9978 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 4 % / Net I/σ(I): 19.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.951→27.854 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.56 / 位相誤差: 25.18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2414 528 5.29 %
Rwork0.1961 --
obs0.1984 9978 93.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.951→27.854 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数965 0 76 65 1106
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071079
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1451486
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.866385
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051173
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004177
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9514-2.14770.28551390.19882248X-RAY DIFFRACTION91
2.1477-2.45830.24781410.17982316X-RAY DIFFRACTION94
2.4583-3.09660.24521250.21152395X-RAY DIFFRACTION95
3.0966-27.85670.2291230.19372491X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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