[日本語] English
万見
- PDB-5xfu: Domain swapped dimer crystal structure of loop1 deletion mutant i... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xfu
タイトルDomain swapped dimer crystal structure of loop1 deletion mutant in Single-chain Monellin
要素Monellin chain B,Monellin chain A
キーワードPLANT PROTEIN / domain swapped dimer / Single-chain Monellin / hinge loop composition / loop deletion
機能・相同性
機能・相同性情報


Helix Hairpins - #2000 / N-terminal domain of TfIIb - #130 / Monellin, A chain / Monellin, A chain superfamily / Monellin, B chain / : / Monellin / Monellin / N-terminal domain of TfIIb / Cystatin superfamily ...Helix Hairpins - #2000 / N-terminal domain of TfIIb - #130 / Monellin, A chain / Monellin, A chain superfamily / Monellin, B chain / : / Monellin / Monellin / N-terminal domain of TfIIb / Cystatin superfamily / Other non-globular / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
Monellin chain A / Monellin chain B
類似検索 - 構成要素
生物種Dioscoreophyllum cumminsii (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.611 Å
データ登録者Surana, P. / Nandwani, N. / Udgaonkar, J. / Gosavi, S. / Das, R.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
TIFR-DAE インド
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017
タイトル: Amino-acid composition after loop deletion drives domain swapping
著者: Nandwani, N. / Surana, P. / Udgaonkar, J.B. / Das, R. / Gosavi, S.
履歴
登録2017年4月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Monellin chain B,Monellin chain A
B: Monellin chain B,Monellin chain A
C: Monellin chain B,Monellin chain A
D: Monellin chain B,Monellin chain A
E: Monellin chain B,Monellin chain A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8535
ポリマ－54,8535
非ポリマー00
水00
1
A: Monellin chain B,Monellin chain A
B: Monellin chain B,Monellin chain A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9412
ポリマ－21,9412
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5210 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area10750 Å2
手法PISA
2
C: Monellin chain B,Monellin chain A
D: Monellin chain B,Monellin chain A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9412
ポリマ－21,9412
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5000 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area11100 Å2
手法PISA
3
E: Monellin chain B,Monellin chain A

E: Monellin chain B,Monellin chain A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9412
ポリマ－21,9412
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,y,-z1
Buried area4800 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area11090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.743, 87.265, 87.375
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 127.85, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Monellin chain B,Monellin chain A / Monellin chain II / Monellin chain I


分子量: 10970.595 Da / 分子数: 5
変異: Deletion of C-terminal of chain B, and N-terminal of chain A
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dioscoreophyllum cumminsii (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02882, UniProt: P02881
配列の詳細CHAIN B AND CHAIN A OF THE NATIVE MONELLIN PROTEIN WERE JOINED TOGETHER BY PUTTING A GLY-PHE (GF) ...CHAIN B AND CHAIN A OF THE NATIVE MONELLIN PROTEIN WERE JOINED TOGETHER BY PUTTING A GLY-PHE (GF) LINKER TO CREATE SINGLE CHAIN MONELLIN VARIANT, MNEI. THE SEQUENCE OF MNEI HAS BEEN DEPOSITED TO NCBI WITH ACCESSION AFF58925. IN THIS STUDY, RESIDUES 50-55 (NEGFRE) OF THE MNEI WERE DELETED AND ITS STRUCTURE WAS SOLVED.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.3 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 12% wt/vol PEG 8000, 50mM sodium phosphate pH 6.4 / PH範囲: 6.0-6.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月29日
放射モノクロメーター: channel cut cryogenically cooled monochromator crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.611→42.932 Å / Num. obs: 19281 / % possible obs: 97.82 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 87.38 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 13.84
反射 シェル解像度: 2.611→2.705 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.844 / Mean I/σ(I) obs: 1.58 / Num. unique obs: 1951 / CC1/2: 0.547 / Rpim(I) all: 0.523 / % possible all: 97.93

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IV7

1iv7


解像度: 2.611→42.932 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 40.65
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2941 979 5.08 %Random Selection
Rwork0.2596 ---
obs0.2613 19263 97.75 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 107.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.611→42.932 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3695 0 0 0 3695
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043789
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9645109
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4211459
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054520
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006662
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6113-2.74890.49521520.43752595X-RAY DIFFRACTION98
2.7489-2.92110.4511380.40862603X-RAY DIFFRACTION98
2.9211-3.14660.41051300.37952605X-RAY DIFFRACTION98
3.1466-3.46310.37371580.34222592X-RAY DIFFRACTION98
3.4631-3.96390.32881360.30262603X-RAY DIFFRACTION98
3.9639-4.99290.27971190.23492658X-RAY DIFFRACTION98
4.9929-42.9320.22381460.19652628X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.2736-1.9771-1.02134.70871.32962.09060.30830.69230.7038-0.2872-0.4389-0.705-1.1188-1.5901-0.02370.92760.00170.18330.7182-0.01480.8389-5.1369.8652-1.5543
23.90722.443-0.7892.32020.50.260.2973-0.2477-0.23440.3382-0.23820.38210.20220.447-0.01771.3532-0.10070.00390.655-0.01870.8057-16.6599-3.25852.6873
36.12451.0647-2.30653.5004-1.05495.01820.8737-1.1062-0.63580.1819-0.28241.53490.56720.9382-0.52211.1772-0.114-0.13630.71940.10831.0234-11.7405-3.46218.8831
43.84341.8482-1.8790.4471-0.33275.1936-0.27391.36370.06690.52670.15820.14180.60640.21270.12551.03030.00740.161.0239-0.07180.6803-8.121311.8068-19.9251
52.69242.4551-1.11321.9317-0.39333.8487-0.5958-0.04330.5926-0.45560.40760.2017-0.1112-1.07350.1440.9087-0.144-0.18621.47860.27331.2072-10.701822.5792-38.8234
64.40593.08044.13365.8245-2.19362.06220.9164-0.36760.19280.7744-0.5375-1.11470.70261.51010.22790.9092-0.0866-0.22741.3270.15791.09810.194317.6605-31.9466
70.6936-0.20850.96791.39740.03135.5398-0.83890.44080.5336-0.37160.79670.56610.0058-1.07320.12460.7956-0.2088-0.15741.43570.25350.9877-10.552320.1212-41.7048
83.01981.05220.21752.6358-0.49722.86770.4558-0.5226-0.1974-0.2621-0.3195-0.35920.2712-0.1692-0.17311.2156-0.10270.08380.7259-0.00340.7942-9.80250.0333-0.7521
93.6512-1.26530.57628.0776-0.64151.35590.60090.3051-0.0539-0.4048-1.21950.0798-0.08460.0470.84531.1741-0.0270.16050.98110.02810.8197-19.15695.4146-9.7746
102.9922-0.70622.67590.2389-1.14037.1165-0.2173-0.1895-0.64540.34330.2457-0.6863-0.3880.4146-0.04950.9444-0.03610.02620.58330.0031.0544-5.4492-6.78592.3608
114.5859-0.2192-0.66244.1327-0.19712.7456-0.3749-0.211-0.23760.12970.5608-0.95050.87180.23980.20970.69920.0138-0.03961.08520.08231.2955-42.271424.755740.0276
121.58562.1661-0.95123.46910.98653.2433-0.27460.1953-0.29920.13280.1763-1.1112-0.8111-0.23040.28290.8157-0.1418-0.06611.1661-0.2960.998-40.541741.971343.8904
131.8926-2.1927-2.082.4751.30763.4725-0.3135-0.66360.25650.20280.32940.1056-0.0091-0.1922-0.03710.89040.0385-0.06771.3108-0.19811.0761-45.473333.986542.4255
144.4667-2.6316-2.14922.9715-0.91863.14350.3679-0.2638-0.2959-0.8172-0.27620.1985-1.225-0.3187-0.08750.9917-0.02350.01870.7198-0.00260.7585-33.774916.42193.8366
151.8363-0.7308-0.26894.43940.5873-0.55980.6475-0.17960.1394-0.5621-0.7799-0.2444-0.3778-0.38140.09461.1501-0.0540.07370.6899-0.08510.8857-29.91816.48662.528
162.2285-0.56927.69252.505-1.43642.10932.670.11710.3832-0.051-0.59510.20020.34860.1591-1.73470.89520.13170.06211.1583-0.03311.3144-41.674615.362310.292
172.457-0.4989-0.16132.2596-1.5592.54720.58790.23830.5103-0.4858-0.18410.1296-0.17430.0316-0.33131.19310.06110.0620.7524-0.01430.8613-31.685716.8731-5.2639
181.3805-1.0392-1.24791.1031.29945.0319-0.2712-0.26790.20480.18490.4113-0.09170.4914-0.1996-0.55420.5829-0.08010.08981.1044-0.25551.0231-36.589123.506420.4597
192.1957-0.41920.17743.10840.23955.0584-0.2241-0.75730.22260.18270.8699-0.5209-0.27510.0764-0.72650.78140.02290.04021.2921-0.25051.0528-43.19634.27140.0432
204.9951.7353-2.1031.7131.46812.4807-0.49891.32410.5924-0.07570.50380.21720.0745-0.99060.01170.6851-0.00740.031.1899-0.02091.0496-48.883537.814239.4378
218.50510.4671.38018.14393.90482.0535-0.5843-0.2801-0.09160.46441.07891.4029-0.67111.0358-0.99440.99410.1420.16761.02220.05861.2211-45.84155.44229.7904
221.2383-0.03770.34021.6714-1.36360.57220.4889-0.2072-0.4117-0.2454-0.0559-0.1280.18340.0207-0.40541.30360.10530.06121.47830.20311.2847-34.0782-7.378420.6939
238.0112-1.61032.17457.1437-2.06854.9515-1.3298-0.6464-0.72940.95571.15530.0609-1.4111-0.587-0.24971.02180.01950.09651.18820.07840.8606-37.00144.966719.5887
242.21622.2774-0.78362.7362.54853.84690.0713-0.0601-0.0255-0.2702-0.33090.21681.0546-1.2070.39731.085-0.0796-0.06261.2744-0.21260.9818-65.3779-3.8598-10.2927
252.7368-1.2781-0.28574.7149-1.77611.681-0.4586-0.05420.1738-0.3149-0.7637-0.08581.0862-2.60591.22681.2052-0.3376-0.10191.775-0.38621.3123-79.6837-0.2541-12.6441
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:9)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 10:29)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 30:42)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 43:56)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 57:91)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 3:8)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 9:48)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 49:73)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 74:80)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 81:91)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 2:14)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain C and resid 15:28)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain C and resid 29:48)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain C and resid 49:63)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain C and resid 64:91)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain D and resid 3:8)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain D and resid 9:42)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain D and resid 43:54)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain D and resid 55:78)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain D and resid 79:91)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain E and resid 2:8)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain E and resid 9:35)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain E and resid 36:43)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain E and resid 44:80)
25X-RAY DIFFRACTION25(chain E and resid 81:91)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る