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- PDB-5xfm: Crystal structure of beta-arabinopyranosidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xfm
タイトルCrystal structure of beta-arabinopyranosidase
要素Alpha-glucosidase
キーワードHYDROLASE / Arabinopyranosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl-hydrolase 97, catalytic domain / Glycosyl-hydrolase 97, C-terminal oligomerisation domain / Glycosyl-hydrolase 97, N-terminal domain / : / Glycoside hydrolase 97 / Glycosyl-hydrolase 97 N-terminal / Glycosyl-hydrolase 97 C-terminal, oligomerisation / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Glycosyl hydrolase, all-beta / Aldolase-type TIM barrel / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycoside hydrolase family 97 protein / Alpha-glucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kato, K. / Okuyama, M. / Yao, M.
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2017
タイトル: A novel glycoside hydrolase family 97 enzyme: Bifunctional beta-l-arabinopyranosidase/ alpha-galactosidase from Bacteroides thetaiotaomicron.
著者: Kikuchi, A. / Okuyama, M. / Kato, K. / Osaki, S. / Ma, M. / Kumagai, Y. / Matsunaga, K. / Klahan, P. / Tagami, T. / Yao, M. / Kimura, A.
履歴
登録2017年4月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-glucosidase
B: Alpha-glucosidase
C: Alpha-glucosidase
D: Alpha-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)293,0118
ポリマ－292,8514
非ポリマー1604
水22,6451257
1
A: Alpha-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2532
ポリマ－73,2131
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area23120 Å2
手法PISA
2
B: Alpha-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2532
ポリマ－73,2131
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area22560 Å2
手法PISA
3
C: Alpha-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2532
ポリマ－73,2131
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area23000 Å2
手法PISA
4
D: Alpha-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2532
ポリマ－73,2131
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area22750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.810, 90.510, 128.550
Angle α, β, γ (deg.)105.50, 94.80, 96.15
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Alpha-glucosidase / Glycosyl-hydrolase 97 C-terminal / oligomerisation


分子量: 73212.656 Da / 分子数: 4 / 変異: F498L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
遺伝子: BJP75_03380, SAMN05216253_107151 / プラスミド: pCold I DNA / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A1H5YQC4, UniProt: Q8A1K0*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 45 % (v/v) MPD, 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M MES-NaOH (pH 6.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2015年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 125374 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rsym value: 0.126 / Net I/av σ(I): 6.6 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 8292 / CC1/2: 0.88 / Rsym value: 0.391 / % possible all: 80.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3A24

3a24


解像度: 2.3→45.78 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 27.74
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2526 6265 5 %
Rwork0.2066 --
obs0.2089 125328 90.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→45.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20162 0 4 1257 21423
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00520656
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02728003
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3377603
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042980
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053645
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2975-2.32360.33411630.28113104X-RAY DIFFRACTION70
2.3236-2.35090.34532070.27973931X-RAY DIFFRACTION89
2.3509-2.37960.33142000.27563790X-RAY DIFFRACTION87
2.3796-2.40970.3181920.26143655X-RAY DIFFRACTION83
2.4097-2.44140.31371940.24673678X-RAY DIFFRACTION82
2.4414-2.47480.33452150.25454074X-RAY DIFFRACTION94
2.4748-2.51020.30352200.24584192X-RAY DIFFRACTION94
2.5102-2.54770.29672160.24834087X-RAY DIFFRACTION94
2.5477-2.58750.32632190.25644201X-RAY DIFFRACTION94
2.5875-2.62990.31252140.24844090X-RAY DIFFRACTION93
2.6299-2.67520.30682170.23854114X-RAY DIFFRACTION93
2.6752-2.72390.32140.24134068X-RAY DIFFRACTION93
2.7239-2.77620.30592170.22684138X-RAY DIFFRACTION93
2.7762-2.83290.28352140.22554077X-RAY DIFFRACTION93
2.8329-2.89450.28232130.22454048X-RAY DIFFRACTION92
2.8945-2.96180.27472100.2223986X-RAY DIFFRACTION91
2.9618-3.03590.25572090.21553975X-RAY DIFFRACTION89
3.0359-3.11790.26111940.21153671X-RAY DIFFRACTION84
3.1179-3.20970.26922010.20283825X-RAY DIFFRACTION87
3.2097-3.31320.25212220.19864223X-RAY DIFFRACTION95
3.3132-3.43160.23012180.1974137X-RAY DIFFRACTION95
3.4316-3.5690.22782180.18234139X-RAY DIFFRACTION94
3.569-3.73130.22082190.17774155X-RAY DIFFRACTION94
3.7313-3.92790.20422160.17374112X-RAY DIFFRACTION93
3.9279-4.17390.21242100.16953985X-RAY DIFFRACTION91
4.1739-4.49590.18542020.16983831X-RAY DIFFRACTION86
4.4959-4.94780.19471990.16443793X-RAY DIFFRACTION86
4.9478-5.66270.21592180.17824145X-RAY DIFFRACTION94
5.6627-7.130.22742120.20374026X-RAY DIFFRACTION92
7.13-45.78860.25742020.22023813X-RAY DIFFRACTION87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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