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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xe8 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Peptidase Domain of Streptococcus mutans ComA | ||||||
要素 | Putative ABC transporter, ATP-binding protein ComA | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Peptidase / Quorum-sensing / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 single-species submerged biofilm formation / ABC-type bacteriocin transporter activity / ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / cysteine-type peptidase activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptococcus mutans serotype c (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Ishii, S. / Fukui, K. / Yokoshima, S. / Kumagai, K. / Beniyama, Y. / Kodama, T. / Fukuyama, T. / Okabe, T. / Nagano, T. / Kojima, H. / Yano, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017 タイトル: High-throughput Screening of Small Molecule Inhibitors of the Streptococcus Quorum-sensing Signal Pathway 著者: Ishii, S. / Fukui, K. / Yokoshima, S. / Kumagai, K. / Beniyama, Y. / Kodama, T. / Fukuyama, T. / Okabe, T. / Nagano, T. / Kojima, H. / Yano, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5xe8.cif.gz | 120.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5xe8.ent.gz | 92.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5xe8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5xe8_validation.pdf.gz | 451.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5xe8_full_validation.pdf.gz | 457.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5xe8_validation.xml.gz | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5xe8_validation.cif.gz | 15 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/5xe8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/5xe8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17353.826 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The first methionine and the last 16 residues are not identified in the crystal structure. 由来: (組換発現) Streptococcus mutans serotype c (バクテリア) 株: ATCC 700610 / UA159 / 遺伝子: SMU_286 / プラスミド: pET-21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: Q8DW05 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.84 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100mM ammonium sulfate, 50mM bis-tris, 12.5%(W/v) polyethylene glycol 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 6597 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 29 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.557 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3K8U 解像度: 3.1→31.551 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.31
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→31.551 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -3.0367 Å / Origin y: 2.5087 Å / Origin z: 42.7215 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |