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- PDB-5xdx: Bovine heart cytochrome c oxidase in the reduced state with pH 7.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xdx
タイトルBovine heart cytochrome c oxidase in the reduced state with pH 7.3 at 1.99 angstrom resolution
要素
  • (Cytochrome c oxidase subunit ...) x 12
  • Cytochrome c oxidase polypeptide VIc
キーワードOXIDOREDUCTASE / proton pump / heme protein / respiratory chain
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex IV assembly / TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / respiratory chain complex IV assembly / mitochondrial respirasome assembly / respiratory chain complex IV / regulation of oxidative phosphorylation / Respiratory electron transport / : / : ...Complex IV assembly / TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / respiratory chain complex IV assembly / mitochondrial respirasome assembly / respiratory chain complex IV / regulation of oxidative phosphorylation / Respiratory electron transport / : / : / oxidative phosphorylation / cytochrome-c oxidase / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / Mitochondrial protein degradation / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / central nervous system development / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / copper ion binding / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome C Oxidase; Chain F / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome C Oxidase; Chain D / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C Oxidase; Chain K / Cytochrome C Oxidase, chain K / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa / Cytochrome C Oxidase; Chain I ...Cytochrome C Oxidase; Chain F / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome C Oxidase; Chain D / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C Oxidase; Chain K / Cytochrome C Oxidase, chain K / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa / Cytochrome C Oxidase; Chain I / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome C Oxidase; Chain G / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome C Oxidase; Chain M / Cytochrome C Oxidase; Chain L / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit III, four-helix bundle / Helix Hairpins - #90 / Cytochrome C Oxidase; Chain J / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit 8 superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIII / Cytochrome c oxidase subunit VIIa, metazoa / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB domain superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs superfamily / : / Cytochrome c oxidase subunit VIc / Cytochrome C oxidase chain VIIB / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / : / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Helix Hairpins - #70 / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Cupredoxins - blue copper proteins / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Cupredoxin / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha Horseshoe / Helix Hairpins / Arc Repressor Mutant, subunit A / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like
類似検索 - ドメイン・相同性
CARDIOLIPIN / CHOLIC ACID / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / Chem-PEK / Chem-PGV / Chem-PSC / TRISTEAROYLGLYCEROL / Cytochrome c oxidase subunit 1 ...CARDIOLIPIN / CHOLIC ACID / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / Chem-PEK / Chem-PGV / Chem-PSC / TRISTEAROYLGLYCEROL / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6C / Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Luo, F.J. / Shimada, A. / Hagimoto, N. / Shimada, S. / Shinzawa-Itoh, K. / Yamashita, E. / Yoshikawa, S. / Tsukihara, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
JSP CRESTJPMJCR12M3 日本
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2018
タイトル: Structure of bovine cytochrome c oxidase in the ligand-free reduced state at neutral pH.
著者: Luo, F. / Shinzawa-Itoh, K. / Hagimoto, K. / Shimada, A. / Shimada, S. / Yamashita, E. / Yoshikawa, S. / Tsukihara, T.
履歴
登録2017年3月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_first ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年8月15日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / Item: _diffrn.ambient_temp
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c oxidase subunit 1
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
C: Cytochrome c oxidase subunit 3
D: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
E: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
F: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
G: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
H: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
I: Cytochrome c oxidase polypeptide VIc
J: Cytochrome c oxidase subunit VIIa-heart
K: Cytochrome c oxidase subunit VIIb
L: Cytochrome c oxidase subunit VIIc
M: Cytochrome c oxidase subunit VIII-heart
N: Cytochrome c oxidase subunit 1
O: Cytochrome c oxidase subunit 2
P: Cytochrome c oxidase subunit 3
Q: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
R: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
S: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
T: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
U: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
V: Cytochrome c oxidase polypeptide VIc
W: Cytochrome c oxidase subunit VIIa-heart
X: Cytochrome c oxidase subunit VIIb
Y: Cytochrome c oxidase subunit VIIc
Z: Cytochrome c oxidase subunit VIII-heart
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)444,652115
ポリマ－409,05226
非ポリマー35,60089
水34,9671941
1
A: Cytochrome c oxidase subunit 1
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
C: Cytochrome c oxidase subunit 3
D: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
E: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
F: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
G: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
H: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
I: Cytochrome c oxidase polypeptide VIc
J: Cytochrome c oxidase subunit VIIa-heart
K: Cytochrome c oxidase subunit VIIb
L: Cytochrome c oxidase subunit VIIc
M: Cytochrome c oxidase subunit VIII-heart
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,48160
ポリマ－204,52613
非ポリマー17,95547
水23413
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
N: Cytochrome c oxidase subunit 1
O: Cytochrome c oxidase subunit 2
P: Cytochrome c oxidase subunit 3
Q: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
R: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
S: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
T: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
U: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
V: Cytochrome c oxidase polypeptide VIc
W: Cytochrome c oxidase subunit VIIa-heart
X: Cytochrome c oxidase subunit VIIb
Y: Cytochrome c oxidase subunit VIIc
Z: Cytochrome c oxidase subunit VIII-heart
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,17155
ポリマ－204,52613
非ポリマー17,64542
水23413
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)183.044, 205.691, 177.797
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21N
12B
22O
13C
23P
14D
24Q
15E
25R
16F
26S
17G
27T
18H
28U
19I
29V
110J
210W
111K
211X
112L
212Y
113M
213Z

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A1 - 526
2116N1 - 526
1126B1 - 229
2126O1 - 229
1136C1 - 272
2136P1 - 272
1146D4 - 147
2146Q4 - 147
1156E5 - 109
2156R5 - 109
1166F1 - 99
2166S1 - 99
1176G1 - 85
2176T1 - 85
1186H7 - 85
2186U7 - 85
1196I1 - 73
2196V1 - 73
11106J1 - 59
21106W1 - 59
11116K6 - 54
21116X6 - 54
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21136Z1 - 43

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.993698, -0.003812, 0.11203), (0.000663, -0.999604, -0.028131), (0.112093, -0.02788, 0.993307)166.904282, 627.855591, -0.58276
3given(1), (1), (1)
4given(-0.994235, 0.002586, 0.10719), (-0.006193, -0.999425, -0.033325), (0.107042, -0.033796, 0.99368)165.736328, 629.60553, 1.94417
5given(1), (1), (1)
6given(-0.993589, -0.001232, 0.113048), (-0.00217, -0.999549, -0.029964), (0.113034, -0.030017, 0.993138)165.893234, 628.513977, 0.03774
7given(1), (1), (1)
8given(-0.994235, -0.003892, 0.107156), (0.002102, -0.999856, -0.016812), (0.107206, -0.01649, 0.9941)167.918427, 625.652771, -3.60603
9given(1), (1), (1)
10given(-0.991299, -0.03524, 0.126822), (0.030544, -0.99878, -0.038788), (0.128034, -0.034577, 0.991167)173.468216, 626.330505, 0.23771
11given(1), (1), (1)
12given(-0.993797, -0.006126, 0.111037), (0.002715, -0.999521, -0.030838), (0.111173, -0.030345, 0.993338)167.902115, 628.162476, 0.25896
13given(1), (1), (1)
14given(-0.99337, -0.002463, 0.114936), (-0.000623, -0.99964, -0.026805), (0.114961, -0.026699, 0.993011)165.84079, 627.857117, -1.02946
15given(1), (1), (1)
16given(-0.991409, 0.001548, 0.130786), (-0.005379, -0.999566, -0.028947), (0.130684, -0.029401, 0.990988)162.054214, 628.902771, -1.78307
17given(1), (1), (1)
18given(-0.99561, -0.008373, 0.09322), (0.006047, -0.999664, -0.0252), (0.093399, -0.024526, 0.995327)171.825851, 626.654419, 0.36172
19given(1), (1), (1)
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23given(1), (1), (1)
24given(-0.993543, -0.004482, 0.113365), (0.0013, -0.999604, -0.028126), (0.113446, -0.027797, 0.993155)166.711777, 627.753113, -0.82962
25given(1), (1), (1)
26given(-0.992433, -0.008879, 0.122463), (0.005131, -0.99951, -0.030891), (0.122677, -0.030029, 0.991992)166.015762, 627.674011, -1.3926

-
要素

-
Cytochrome c oxidase subunit ... , 12種, 24分子 ANBOCPDQERFSGTHUJWKXLYMZ

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase polypeptide I


分子量: 57093.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00396, cytochrome-c oxidase
#2: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase polypeptide II


分子量: 26068.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P68530
#3: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase polypeptide III


分子量: 29826.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00415
#4: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide IV / Cytochrome c oxidase subunit IV isoform 1 / COX IV-1


分子量: 17179.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00423
#5: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide Va


分子量: 12453.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00426
#6: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIa / Cytochrome c oxidase polypeptide Vb / Cytochrome c oxidase subunit 6C


分子量: 10233.528 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00428
#7: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIa-heart / COXVIAH / Cytochrome c oxidase polypeptide VIb


分子量: 9629.782 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07471
#8: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / Cytochrome c oxidase polypeptide VII / Cytochrome c oxidase subunit AED / Cytochrome c oxidase ...Cytochrome c oxidase polypeptide VII / Cytochrome c oxidase subunit AED / Cytochrome c oxidase subunit VIb isoform 1 / COX VIb-1


分子量: 10039.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00429
#10: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit VIIa-heart / Cytochrome c oxidase subunit VIIIc / VIIIC / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-H / Cytochrome c ...Cytochrome c oxidase subunit VIIIc / VIIIC / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-H / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-muscle / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-M / Cytochrome c oxidase subunit 7A1 / mitochondrial


分子量: 6682.726 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07470
#11: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit VIIb / IHQ / Cytochrome c oxidase subunit 7B / mitochondrial


分子量: 6365.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13183
#12: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIIA / Cytochrome c oxidase subunit 7C / mitochondrial


分子量: 5449.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00430
#13: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase subunit VIII-heart / Cytochrome c oxidase subunit 8-1 / Cytochrome c oxidase subunit 8H / IX / VIIIb / Cytochrome c ...Cytochrome c oxidase subunit 8-1 / Cytochrome c oxidase subunit 8H / IX / VIIIb / Cytochrome c oxidase subunit 8B / mitochondrial


分子量: 4967.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P10175

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 IV

#25: 糖
ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#9: タンパク質 Cytochrome c oxidase polypeptide VIc / Cytochrome c oxidase subunit STA / Cytochrome c oxidase subunit 6C


分子量: 8537.019 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P04038

-
非ポリマー , 14種, 2024分子

#14: 化合物
ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6
#15: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#16: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#17: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#18: 化合物
ChemComp-TGL / TRISTEAROYLGLYCEROL / TRIACYLGLYCEROL / トリステアリン


分子量: 891.480 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C57H110O6
#19: 化合物
ChemComp-PGV / (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 2-VACCENOYL-1-PALMITOYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOGLYCEROL


分子量: 749.007 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#20: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#21: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2
#22: 化合物
ChemComp-CHD / CHOLIC ACID / コ-ル酸


分子量: 408.571 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40O5
#23: 化合物
ChemComp-PEK / (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 2-ARACHIDONOYL-1-STEAROYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOETHANOLAMINE


分子量: 768.055 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H78NO8P / コメント: リン脂質*YM
#24: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#26: 化合物 ChemComp-PSC / (7R,17E,20E)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSA-17,20-DIEN-1-AMINIUM 4-OXIDE / PHOSPHATIDYLCHOLINE / 2-LINOLEOYL-1-PALMITOYL-SN-GYCEROL-3-PHOSPHOCHOLINE


分子量: 759.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H81NO8P / コメント: リン脂質*YM
#27: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#28: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1941 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: batch mode / pH: 7.3
詳細: 3% PEG 1500, 0.20% decal maltoside, 0.35% fluorinated octyl-maltoside, 25mM Tris-HCL(pH 7.3), 20mM sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→200 Å / Num. obs: 457705 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.114 / Χ2: 2.114 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 6511008
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRrim(I) all
1.98-26.20.996112910.7510.4231.65699.6
2-2.018.3113560.8390.371.68499.9
2.01-2.038.30.914113780.8710.3321.7181000.974
2.03-2.058.30.902113830.850.3281.7091000.961
2.05-2.078.30.775113630.8820.2811.78899.90.826
2.07-2.098.40.727113290.9030.2631.7691000.775
2.09-2.118.50.692114160.9010.2491.7381000.736
2.11-2.138.50.641113510.9150.2311.7781000.683
2.13-2.168.50.583113590.930.211.78199.90.621
2.16-2.188.60.527113730.9410.1891.80299.90.561
2.18-2.29.40.509114030.950.1731.8131000.539
2.2-2.2310.40.515113440.9570.1661.8441000.541
2.23-2.2610.30.453113990.9620.1461.99699.90.476
2.26-2.2910.50.403113790.9690.1291.8371000.424
2.29-2.3210.60.368113740.9750.1181.8221000.387
2.32-2.3510.60.333113630.9780.1061.8471000.35
2.35-2.3810.70.314114150.9780.11.8241000.33
2.38-2.4211.80.303113730.9820.0921.8721000.317
2.42-2.4512.30.273114150.9850.0811.9061000.285
2.45-2.4912.30.254114540.9870.0751.9341000.265
2.49-2.5412.40.234113770.9890.0691.9671000.244
2.54-2.5812.40.213113600.9890.0632.0041000.223
2.58-2.6312.40.197114490.9920.0582.0711000.206
2.63-2.6912.40.182114410.9930.0542.1831000.19
2.69-2.7512.50.174113880.9910.0522.3261000.182
2.75-2.8112.40.168114380.9920.052.5431000.175
2.81-2.8812.40.156114210.9920.0472.6171000.163
2.88-2.9612.30.143114680.9930.0432.6971000.15
2.96-3.0412.80.149114430.9940.0432.6261000.155
3.04-3.1413.20.14114700.9950.042.59699.90.145
3.14-3.2613.20.125114420.9950.0362.58799.90.13
3.26-3.3913.30.109114760.9960.0312.5561000.114
3.39-3.5419.10.142114870.9970.032.3841000.146
3.54-3.7331.60.157115150.9980.0292.3071000.16
3.73-3.9630.90.132115120.9980.0242.3891000.134
3.96-4.27300.105115510.9980.022.2151000.107
4.27-4.728.60.088115980.9980.0172.0771000.09
4.7-5.3728.90.091116490.9990.0182.2481000.092
5.37-6.7730.10.084117090.9990.0161.9731000.085
6.77-200250.055119930.9990.0121.68299.10.056

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0048精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZOデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1V55

1v55


解像度: 1.99→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 6.442 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2025 23137 5.1 %RANDOM
Rwork0.1822 ---
obs0.1832 434234 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 159.56 Å2 / Biso mean: 49.372 Å2 / Biso min: 24.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20 Å20 Å2
2--4.08 Å20 Å2
3----3.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.99→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28450 0 2424 1942 32816
Biso mean--75.15 55.86 -
残基数----3550
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02132358
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2592.02543689
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2953697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.56723.0551244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.029154867
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.11815124
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.24648
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0210.02923458
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.13232
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.16512
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A4492LOOSE POSITIONAL0.255
1A4492LOOSE THERMAL1.4410
2B1898LOOSE POSITIONAL0.365
2B1898LOOSE THERMAL3.0110
3C2690LOOSE POSITIONAL0.485
3C2690LOOSE THERMAL1.8710
4D1195LOOSE POSITIONAL0.475
4D1195LOOSE THERMAL7.2110
5E857LOOSE POSITIONAL0.45
5E857LOOSE THERMAL2.0310
6F722LOOSE POSITIONAL0.355
6F722LOOSE THERMAL2.4910
7G705LOOSE POSITIONAL0.385
7G705LOOSE THERMAL2.9310
8H662LOOSE POSITIONAL0.315
8H662LOOSE THERMAL2.4910
9I601LOOSE POSITIONAL0.585
9I601LOOSE THERMAL4.2210
10J501LOOSE POSITIONAL0.75
10J501LOOSE THERMAL1.8610
11K385LOOSE POSITIONAL0.235
11K385LOOSE THERMAL2.1410
12L375LOOSE POSITIONAL0.485
12L375LOOSE THERMAL1.4310
13M341LOOSE POSITIONAL0.425
13M341LOOSE THERMAL2.2510
LS精密化 シェル解像度: 1.985→2.036 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 1651 -
Rwork0.274 31093 -
all-32744 -
obs--97.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.35750.0002-0.06840.2203-0.0230.37970.00620.01070.02380.01740.0199-0.0096-0.0216-0.034-0.02610.1167-0.0163-0.02010.0080.00220.084362.0033308.9078198.2253
20.44420.11180.14480.29450.01730.43820.02730.1015-0.09470.04540.0102-0.1897-0.03930.1301-0.03760.1124-0.0382-0.0250.059-0.03490.3085126.1128313.7438194.6676
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 514
2X-RAY DIFFRACTION1A601 - 605
3X-RAY DIFFRACTION1A606
4X-RAY DIFFRACTION1C301
5X-RAY DIFFRACTION1D201
6X-RAY DIFFRACTION1L101
7X-RAY DIFFRACTION1M101 - 102
8X-RAY DIFFRACTION1B1 - 227
9X-RAY DIFFRACTION1B301
10X-RAY DIFFRACTION1E201
11X-RAY DIFFRACTION1C3 - 261
12X-RAY DIFFRACTION1A607
13X-RAY DIFFRACTION1C302 - 308
14X-RAY DIFFRACTION1G101
15X-RAY DIFFRACTION1T101
16X-RAY DIFFRACTION1D4 - 147
17X-RAY DIFFRACTION1E5 - 109
18X-RAY DIFFRACTION1F1 - 94
19X-RAY DIFFRACTION1F101
20X-RAY DIFFRACTION1G1 - 84
21X-RAY DIFFRACTION1O301
22X-RAY DIFFRACTION1H7 - 85
23X-RAY DIFFRACTION1I1 - 73
24X-RAY DIFFRACTION1J1 - 58
25X-RAY DIFFRACTION1J101
26X-RAY DIFFRACTION1K6 - 54
27X-RAY DIFFRACTION1L2 - 47
28X-RAY DIFFRACTION1M1 - 43
29X-RAY DIFFRACTION2N1 - 514
30X-RAY DIFFRACTION2N601 - 605
31X-RAY DIFFRACTION2N606
32X-RAY DIFFRACTION2O302
33X-RAY DIFFRACTION2P301
34X-RAY DIFFRACTION2Q201
35X-RAY DIFFRACTION2Y101
36X-RAY DIFFRACTION2Z101
37X-RAY DIFFRACTION2O1 - 227
38X-RAY DIFFRACTION2O303 - 304
39X-RAY DIFFRACTION2P3 - 261
40X-RAY DIFFRACTION2G102
41X-RAY DIFFRACTION2N607
42X-RAY DIFFRACTION2P302 - 306
43X-RAY DIFFRACTION2T102 - 104
44X-RAY DIFFRACTION2Q4 - 147
45X-RAY DIFFRACTION2R5 - 109
46X-RAY DIFFRACTION2S1 - 94
47X-RAY DIFFRACTION2S101
48X-RAY DIFFRACTION2T1 - 84
49X-RAY DIFFRACTION2B302
50X-RAY DIFFRACTION2U7 - 85
51X-RAY DIFFRACTION2V1 - 73
52X-RAY DIFFRACTION2W1 - 58
53X-RAY DIFFRACTION2W101
54X-RAY DIFFRACTION2X6 - 54
55X-RAY DIFFRACTION2Y2 - 47
56X-RAY DIFFRACTION2Z1 - 43

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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