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- PDB-5xdq: Bovine heart cytochrome c oxidase in the fully oxidized state wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xdq
タイトルBovine heart cytochrome c oxidase in the fully oxidized state with pH 7.3 at 1.77 angstrom resolution
要素(Cytochrome c oxidase subunit ...) x 13
キーワードOXIDOREDUCTASE / proton pump / heme protein / respiratory chain
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex IV assembly / TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / respiratory chain complex IV assembly / mitochondrial respirasome assembly / Respiratory electron transport / respiratory chain complex IV / respiratory chain complex / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation ...Complex IV assembly / TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / respiratory chain complex IV assembly / mitochondrial respirasome assembly / Respiratory electron transport / respiratory chain complex IV / respiratory chain complex / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / Mitochondrial protein degradation / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / aerobic respiration / central nervous system development / respiratory electron transport chain / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / copper ion binding / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome C Oxidase; Chain F / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome C Oxidase; Chain D / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C Oxidase; Chain K / Cytochrome C Oxidase, chain K / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa / Cytochrome C Oxidase; Chain I ...Cytochrome C Oxidase; Chain F / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome C Oxidase; Chain D / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C Oxidase; Chain K / Cytochrome C Oxidase, chain K / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa / Cytochrome C Oxidase; Chain I / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome C Oxidase; Chain G / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome C Oxidase; Chain M / Cytochrome C Oxidase; Chain L / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit III, four-helix bundle / Cytochrome C Oxidase; Chain J / Helix Hairpins - #90 / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome c oxidase, subunit 8 superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs superfamily / : / Cytochrome oxidase c subunit VIII / Cytochrome c oxidase subunit VIc / Cytochrome c oxidase subunit VIIa, metazoa / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa superfamily / Cytochrome C oxidase chain VIIB / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / : / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Helix Hairpins - #70 / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Few Secondary Structures / Irregular / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Helix Hairpins / Alpha Horseshoe / Arc Repressor Mutant, subunit A / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like
類似検索 - ドメイン・相同性
CARDIOLIPIN / CHOLIC ACID / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / Chem-PEK / PEROXIDE ION / Chem-PGV / Chem-PSC / TRISTEAROYLGLYCEROL ...CARDIOLIPIN / CHOLIC ACID / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / Chem-PEK / PEROXIDE ION / Chem-PGV / Chem-PSC / TRISTEAROYLGLYCEROL / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6C / Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Luo, F.J. / Shimada, A. / Hagimoto, N. / Shimada, S. / Shinzawa-Itoh, K. / Yamashita, E. / Yoshikawa, S. / Tsukihara, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
JST CRESTJPMJCR12M3 日本
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: Structure of bovine cytochrome c oxidase crystallized at a neutral pH using a fluorinated detergent.
著者: Luo, F. / Shinzawa-Itoh, K. / Hagimoto, K. / Shimada, A. / Shimada, S. / Yamashita, E. / Yoshikawa, S. / Tsukihara, T.
履歴
登録2017年3月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c oxidase subunit 1
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
C: Cytochrome c oxidase subunit 3
D: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
E: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
F: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
G: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
H: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
I: Cytochrome c oxidase subunit 6C
J: Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial
K: Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
L: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
M: Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial
N: Cytochrome c oxidase subunit 1
O: Cytochrome c oxidase subunit 2
P: Cytochrome c oxidase subunit 3
Q: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
R: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
S: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
T: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
U: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
V: Cytochrome c oxidase subunit 6C
W: Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial
X: Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
Y: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
Z: Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)446,406140
ポリマ－409,31526
非ポリマー37,091114
水51,9192882
1
A: Cytochrome c oxidase subunit 1
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
C: Cytochrome c oxidase subunit 3
D: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
E: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
F: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
G: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
H: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
I: Cytochrome c oxidase subunit 6C
J: Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial
K: Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
L: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
M: Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,79874
ポリマ－204,65713
非ポリマー19,14061
水23413
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
N: Cytochrome c oxidase subunit 1
O: Cytochrome c oxidase subunit 2
P: Cytochrome c oxidase subunit 3
Q: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
R: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
S: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
T: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
U: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
V: Cytochrome c oxidase subunit 6C
W: Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial
X: Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
Y: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
Z: Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,60866
ポリマ－204,65713
非ポリマー17,95153
水23413
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)183.307, 205.904, 177.526
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21N
12B
22O
13C
23P
14D
24Q
15E
25R
16F
26S
17G
27T
18H
28U
19I
29V
110J
210W
111K
211X
112L
212Y
113M
213Z

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A1 - 526
2116N1 - 526
1126B1 - 229
2126O1 - 229
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2136P1 - 272
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2146Q4 - 147
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2156R5 - 109
1166F1 - 99
2166S1 - 99
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2176T1 - 85
1186H7 - 85
2186U7 - 85
1196I1 - 73
2196V1 - 73
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21106W1 - 59
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21136Z1 - 43

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.993486, -0.00495, 0.113849), (0.001196, -0.999454, -0.033016), (0.11395, -0.032665, 0.992949)167.399139, 629.452332, 0.8313
3given(1), (1), (1)
4given(-0.99363, -0.000657, 0.112691), (-0.003434, -0.999342, -0.036102), (0.11264, -0.036259, 0.992974)166.157272, 630.581848, 2.24054
5given(1), (1), (1)
6given(-0.99351, -0.001553, 0.113734), (-0.002676, -0.999311, -0.037021), (0.113713, -0.037085, 0.992821)166.421265, 630.584045, 2.16003
7given(1), (1), (1)
8given(-0.993867, -0.007456, 0.110331), (0.004902, -0.999714, -0.023401), (0.110474, -0.022716, 0.993619)168.893692, 627.264465, -1.80005
9given(1), (1), (1)
10given(-0.991109, -0.047578, 0.124257), (0.043039, -0.998313, -0.038965), (0.125901, -0.03327, 0.991485)178.882965, 625.090393, -0.04686
11given(1), (1), (1)
12given(-0.99337, -0.006859, 0.114755), (0.003494, -0.999559, -0.0295), (0.114907, -0.028903, 0.992956)167.855209, 628.438721, -0.47776
13given(1), (1), (1)
14given(-0.993144, 0.001888, 0.11688), (-0.006493, -0.999217, -0.039033), (0.116715, -0.039524, 0.992379)164.649643, 631.317688, 2.5439
15given(1), (1), (1)
16given(-0.992426, -0.004428, 0.122763), (0.000578, -0.999507, -0.031384), (0.122841, -0.031075, 0.99194)165.643723, 629.388367, -0.48614
17given(1), (1), (1)
18given(-0.994704, -0.016475, 0.101457), (0.013892, -0.999563, -0.026113), (0.101842, -0.024565, 0.994497)173.449051, 626.590454, -0.43453
19given(1), (1), (1)
20given(-0.993959, -0.004854, 0.109647), (0.002618, -0.999786, -0.02053), (0.109723, -0.020119, 0.993759)168.299301, 626.571167, -2.27828
21given(1), (1), (1)
22given(-0.994126, 0.000986, 0.10822), (-0.003231, -0.999783, -0.020568), (0.108176, -0.020796, 0.993914)166.523422, 628.103638, -2.2284
23given(1), (1), (1)
24given(-0.993432, -0.025853, 0.111464), (0.022937, -0.999362, -0.02736), (0.1121, -0.024624, 0.993392)174.141693, 625.122437, -1.45011
25given(1), (1), (1)
26given(-0.993005, -0.019317, 0.116481), (0.016282, -0.999504, -0.026947), (0.116944, -0.024862, 0.992827)171.175537, 625.865967, -2.09451

-
要素

-
Cytochrome c oxidase subunit ... , 13種, 26分子 ANBOCPDQERFSGTHUIVJWKXLYMZ

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase polypeptide I


分子量: 57093.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00396, cytochrome-c oxidase
#2: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase polypeptide II


分子量: 26068.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P68530
#3: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase polypeptide III


分子量: 29957.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00415
#4: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit IV isform1 / Cytochrome c oxidase polypeptide IV / Cytochrome c ...Cytochrome c oxidase subunit IV isform1 / Cytochrome c oxidase polypeptide IV / Cytochrome c oxidase subunit IV isoform 1 / COX IV-1


分子量: 17179.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00423
#5: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide Va


分子量: 12453.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00426
#6: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIa / Cytochrome c oxidase polypeptide Vb


分子量: 10233.528 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00428
#7: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIa-heart / COXVIAH / Cytochrome c oxidase polypeptide VIb


分子量: 9629.782 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07471
#8: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / Cytochrome c oxidase polypeptide VII / Cytochrome c oxidase subunit AED / Cytochrome c oxidase ...Cytochrome c oxidase polypeptide VII / Cytochrome c oxidase subunit AED / Cytochrome c oxidase subunit VIb isoform 1 / COX VIb-1


分子量: 10039.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00429
#9: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6C / Cytochrome c oxidase polypeptide VIc / Cytochrome c oxidase subunit STA


分子量: 8537.019 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P04038
#10: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit VIIIc / VIIIC / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-heart / Cytochrome c ...Cytochrome c oxidase subunit VIIIc / VIIIC / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-heart / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-H / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-muscle / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-M


分子量: 6682.726 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07470
#11: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIb / IHQ


分子量: 6365.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13183
#12: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIIA / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIc


分子量: 5449.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00430
#13: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIII-heart / Cytochrome c oxidase subunit 8-1 / Cytochrome c ...Cytochrome c oxidase polypeptide VIII-heart / Cytochrome c oxidase subunit 8-1 / Cytochrome c oxidase subunit 8H / IX / VIIIb


分子量: 4967.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P10175

-
糖 , 1種, 6分子

#27: 糖
ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 15種, 2990分子

#14: 化合物
ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6
#15: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#16: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#17: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#18: 化合物
ChemComp-PGV / (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 2-VACCENOYL-1-PALMITOYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOGLYCEROL


分子量: 749.007 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#19: 化合物 ChemComp-PER / PEROXIDE ION


分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#20: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#21: 化合物
ChemComp-TGL / TRISTEAROYLGLYCEROL / TRIACYLGLYCEROL


分子量: 891.480 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C57H110O6
#22: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2
#23: 化合物 ChemComp-PSC / (7R,17E,20E)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSA-17,20-DIEN-1-AMINIUM 4-OXIDE / PHOSPHATIDYLCHOLINE / 2-LINOLEOYL-1-PALMITOYL-SN-GYCEROL-3-PHOSPHOCHOLINE


分子量: 759.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H81NO8P / コメント: リン脂質*YM
#24: 化合物
ChemComp-CHD / CHOLIC ACID


分子量: 408.571 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40O5
#25: 化合物
ChemComp-PEK / (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 2-ARACHIDONOYL-1-STEAROYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOETHANOLAMINE


分子量: 768.055 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H78NO8P / コメント: リン脂質*YM
#26: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#28: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#29: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2882 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 277 K / 手法: batch mode / pH: 7.3
詳細: 3% polythylene glycol (PEG), 0.35% decal maltose, 0.70% fluorinated octyl-maltoside, 33mM sodium acetate, 25mM Tris-HCL (pH 7.3)

-
データ収集

回折平均測定温度: 50 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→200 Å / Num. obs: 643861 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Χ2: 1.869 / Net I/σ(I): 13 / Num. measured all: 5739764
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
1.77-1.798.2160391.6891100
1.79-1.88.2159971.6811000.944
1.8-1.828.4159931.68311000.901
1.82-1.838.4160681.69411000.86
1.83-1.858.4160101.68911000.788
1.85-1.878.5160031.70611000.699
1.87-1.898.5159931.711000.675
1.89-1.918.5159991.70911000.588
1.91-1.938.5160621.73511000.527
1.93-1.958.5160341.73211000.481
1.95-1.978.5160111.75811000.455
1.97-1.998.5160251.77611000.402
1.99-2.028.5160361.80311000.368
2.02-2.048.5160261.84311000.334
2.04-2.078.5160271.911000.3
2.07-2.18.5160661.92211000.272
2.1-2.138.5160271.94911000.256
2.13-2.168.6160381.98511000.23
2.16-2.198.6160601.99611000.205
2.19-2.238.6160561.97611000.186
2.23-2.278.6160211.948199.90.164
2.27-2.318.7161281.83811000.146
2.31-2.358.7160351.79611000.13
2.35-2.48.7161011.73911000.118
2.4-2.458.8160871.72211000.107
2.45-2.518.8160861.74411000.101
2.51-2.578.8161311.79411000.096
2.57-2.648.9161041.97711000.096
2.64-2.728.9160702.27111000.098
2.72-2.818.8161542.58199.90.099
2.81-2.918.8161272.5811000.092
2.91-3.039161452.493199.90.087
3.03-3.169.3161462.328199.80.086
3.16-3.339.4161442.108199.70.076
3.33-3.5410161911.885199.90.072
3.54-3.8111.6162191.817199.90.08
3.81-4.210.5162321.68199.60.067
4.2-4.810.1162031.54199.20.064
4.8-6.0511.2163821.585199.50.071
6.05-2009.4165851.475197.90.057

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0048精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZOデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1V54

1v54


解像度: 1.77→134.453 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 5.609 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1904 32361 5 %RANDOM
Rwork0.1639 ---
obs0.1652 611017 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 149.23 Å2 / Biso mean: 45.057 Å2 / Biso min: 6.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å20 Å20 Å2
2--6.37 Å20 Å2
3----6.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.77→134.453 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28442 0 2542 2883 33867
Biso mean--69.38 66.25 -
残基数----3550
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02232285
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2032.02843368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.16453542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.80523.0391247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.76154922
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.60715126
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.24591
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.020.02923134
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.409331972
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free25.12158
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded23.645531034
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A4451LOOSE POSITIONAL0.235
1A4451LOOSE THERMAL5.9810
2B1885LOOSE POSITIONAL0.335
2B1885LOOSE THERMAL9.2110
3C2652LOOSE POSITIONAL0.555
3C2652LOOSE THERMAL5.4110
4D1190LOOSE POSITIONAL0.525
4D1190LOOSE THERMAL13.610
5E846LOOSE POSITIONAL0.225
5E846LOOSE THERMAL8.9610
6F717LOOSE POSITIONAL0.335
6F717LOOSE THERMAL6.3810
7G704LOOSE POSITIONAL0.345
7G704LOOSE THERMAL6.110
8H662LOOSE POSITIONAL0.275
8H662LOOSE THERMAL7.8410
9I601LOOSE POSITIONAL0.435
9I601LOOSE THERMAL10.9710
10J488LOOSE POSITIONAL0.475
10J488LOOSE THERMAL8.9910
11K379LOOSE POSITIONAL0.175
11K379LOOSE THERMAL11.0310
12L365LOOSE POSITIONAL0.455
12L365LOOSE THERMAL9.5110
13M330LOOSE POSITIONAL0.355
13M330LOOSE THERMAL10.910
LS精密化 シェル解像度: 1.77→1.816 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 2283 -
Rwork0.27 43922 -
all-46205 -
obs--97.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00150.002-0.00250.0034-0.00290.0066-0.0010.0007-0.0018-0.00050-0.00070.0004-0.00130.0010.08870.00110.00030.001800.116262.2971309.312197.9469
20.00490.00390.00240.00670.00390.008-0.00190.00170.0033-0.00220.00030.0021-0.00050.00130.00160.09430.00040.00060.0010.00150.1149126.3087314.1183194.2723
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 514
2X-RAY DIFFRACTION1A601 - 608
3X-RAY DIFFRACTION1B301
4X-RAY DIFFRACTION1C301
5X-RAY DIFFRACTION1D201
6X-RAY DIFFRACTION1L101
7X-RAY DIFFRACTION1M101
8X-RAY DIFFRACTION1B1 - 227
9X-RAY DIFFRACTION1B302
10X-RAY DIFFRACTION1E201
11X-RAY DIFFRACTION1C3 - 261
12X-RAY DIFFRACTION1A609
13X-RAY DIFFRACTION1C302 - 308
14X-RAY DIFFRACTION1G101
15X-RAY DIFFRACTION1T101
16X-RAY DIFFRACTION1D4 - 147
17X-RAY DIFFRACTION1E5 - 109
18X-RAY DIFFRACTION1F1 - 94
19X-RAY DIFFRACTION1F101
20X-RAY DIFFRACTION1G1 - 84
21X-RAY DIFFRACTION1G102
22X-RAY DIFFRACTION1H7 - 85
23X-RAY DIFFRACTION1I1 - 73
24X-RAY DIFFRACTION1J1 - 58
25X-RAY DIFFRACTION1J101
26X-RAY DIFFRACTION1K6 - 54
27X-RAY DIFFRACTION1L2 - 47
28X-RAY DIFFRACTION1M1 - 43
29X-RAY DIFFRACTION2N1 - 514
30X-RAY DIFFRACTION2N601 - 609
31X-RAY DIFFRACTION2O301
32X-RAY DIFFRACTION2P301
33X-RAY DIFFRACTION2Q201
34X-RAY DIFFRACTION2Z101
35X-RAY DIFFRACTION2O1 - 227
36X-RAY DIFFRACTION2O302 - 303
37X-RAY DIFFRACTION2P3 - 261
38X-RAY DIFFRACTION2G103
39X-RAY DIFFRACTION2N610
40X-RAY DIFFRACTION2P302 - 307
41X-RAY DIFFRACTION2T102 - 103
42X-RAY DIFFRACTION2Q4 - 147
43X-RAY DIFFRACTION2R5 - 109
44X-RAY DIFFRACTION2S1 - 94
45X-RAY DIFFRACTION2S101
46X-RAY DIFFRACTION2T1 - 84
47X-RAY DIFFRACTION2B303
48X-RAY DIFFRACTION2U7 - 85
49X-RAY DIFFRACTION2V1 - 73
50X-RAY DIFFRACTION2W1 - 58
51X-RAY DIFFRACTION2W101
52X-RAY DIFFRACTION2X6 - 54
53X-RAY DIFFRACTION2Y2 - 47
54X-RAY DIFFRACTION2Z1 - 43

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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