PDB-5xcv: Crystal structure of NZ-1 Fv-clasp fragment with its antigen peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xcv

タイトル

Crystal structure of NZ-1 Fv-clasp fragment with its antigen peptide

要素

PA14 peptide
VH(S112C)-SARAH chimera,VH(S112C)-SARAH chimera
VL-SARAH(S37C) chimera,VL-SARAH(S37C) chimera

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody fragment / Fv-clasp

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of myofibroblast contraction / lymphatic endothelial cell fate commitment / actin-mediated cell contraction / leading edge of lamellipodium / regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / chemokine binding / Specification of primordial germ cells / positive regulation of extracellular matrix disassembly / lymphangiogenesis / regulation of lamellipodium morphogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus (ネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.143 Å

データ登録者

Arimori, T. / Takagi, J.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Fv-clasp: An Artificially Designed Small Antibody Fragment with Improved Production Compatibility, Stability, and Crystallizability
著者: Arimori, T. / Kitago, Y. / Umitsu, M. / Fujii, Y. / Asaki, R. / Tamura-Kawakami, K. / Takagi, J.

履歴

登録	2017年3月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xcv.cif.gz	281.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xcv.ent.gz	229.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xcv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xcv_validation.pdf.gz	467.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xcv_full_validation.pdf.gz	477 KB	表示
XML形式データ	5xcv_validation.xml.gz	28.1 KB	表示
CIF形式データ	5xcv_validation.cif.gz	39.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/5xcv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/5xcv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xcqC 5xcrC 5xcsC 5xctSC 5xcuC 5xcxC 4yo0S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6kfy-d 4yb9-d 6jlr-d 6cki-d 2nra-d 5eqg-d 4oev-2 5zso-d 4ja9-d 5xcr-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: VH(S112C)-SARAH chimera,VH(S112C)-SARAH chimera

B: VL-SARAH(S37C) chimera,VL-SARAH(S37C) chimera

C: PA14 peptide

D: VH(S112C)-SARAH chimera,VH(S112C)-SARAH chimera

E: VL-SARAH(S37C) chimera,VL-SARAH(S37C) chimera

F: PA14 peptide

ヘテロ分子

78.7 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: VH(S112C)-SARAH chimera,VH(S112C)-SARAH chimera

B: VL-SARAH(S37C) chimera,VL-SARAH(S37C) chimera

C: PA14 peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
39.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: VH(S112C)-SARAH chimera,VH(S112C)-SARAH chimera

E: VL-SARAH(S37C) chimera,VL-SARAH(S37C) chimera

F: PA14 peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	145.617, 50.122, 121.868
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.46, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: 抗体	VH(S112C)-SARAH chimera,VH(S112C)-SARAH chimera 分子量: 19370.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rattus (ネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体	VL-SARAH(S37C) chimera,VL-SARAH(S37C) chimera 分子量: 18586.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rattus (ネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質・ペプチド	PA14 peptide 分子量: 1345.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q86YL7*PLUS
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.2M Calcium acetate, 0.1M MES (pH 6.5), 20%(w/v) PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.14→50 Å / Num. obs: 46235 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.1 % / R_sym value: 0.109 / Net I/σ(I): 16.05
反射シェル	解像度: 2.14→2.18 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.39 / R_sym value: 0.674 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2341: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5XCT, 4YO0

5xct

4yo0

解像度: 2.143→41.762 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2766	2235	4.94 %
R_work	0.2284	-	-
obs	0.2307	45272	98.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.143→41.762 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5238	0	2	246	5486

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5341
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.904	7214
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.628	3228
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	779
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	934

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1425-2.1891	0.3612	119	0.3231	2360	X-RAY DIFFRACTION	87
2.1891-2.24	0.3754	145	0.3121	2652	X-RAY DIFFRACTION	99
2.24-2.296	0.3949	153	0.2914	2665	X-RAY DIFFRACTION	99
2.296-2.3581	0.3149	148	0.281	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3581-2.4275	0.3206	118	0.2828	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4275-2.5058	0.3422	161	0.2723	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5058-2.5954	0.3503	126	0.2731	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5954-2.6993	0.333	147	0.286	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6993-2.8221	0.3185	154	0.2629	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8221-2.9708	0.3446	117	0.2536	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9708-3.1569	0.2679	151	0.2437	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1569-3.4005	0.2771	137	0.2278	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4005-3.7426	0.2431	144	0.1998	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7426-4.2837	0.2075	151	0.1817	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2837-5.3951	0.2235	126	0.1702	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3951-41.77	0.2419	138	0.211	2827	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5039	0.9361	0.9107	2.4731	1.8075	4.0619	0.1001	-0.0888	-0.0935	0.0154	-0.049	0.0796	0.0782	-0.3617	-0.0473	0.4329	0.0043	0.0103	0.133	0.0409	0.2197	149.5932	71.9582	45.9619
2	2.5543	0.6804	1.0033	0.5956	0.3919	2.2597	0.3611	0.0442	-0.5094	-0.1728	0.0315	0.0708	0.2958	0.3252	-0.3308	0.4871	-0.0529	-0.0747	0.2448	-0.014	0.3293	160.563	50.912	26.133
3	3.7486	0.6649	0.8345	4.0727	0.4301	4.5832	0.0104	0.4148	-0.1787	-0.1279	0.1599	-0.7295	0.1727	0.8092	-0.1604	0.4438	0.0084	0.0327	0.237	-0.0623	0.355	171.3681	84.643	40.6302
4	3.3077	1.0329	0.8771	2.2617	-0.5138	2.1059	-0.0739	0.1451	-0.3871	-0.4377	0.1984	-0.1758	0.2272	0.0923	-0.0882	0.5143	-0.0107	0.0132	0.1426	-0.0183	0.2493	164.1723	80.165	41.5113
5	8.5909	0.6548	5.3899	1.0508	0.13	7.1429	-0.0033	-0.5563	0.095	-0.0187	-0.0297	0.0835	-0.2092	-0.0799	-0.0038	0.5402	-0.0635	-0.0043	0.2222	0.0143	0.222	160.2635	54.6501	36.1217
6	3.1675	-0.8001	0.3378	4.02	-0.8826	1.9795	-0.0901	0.361	0.2763	-0.1787	-0.0736	0.087	-0.5249	-0.878	0.1567	0.6427	0.1927	-0.1164	0.6397	-0.0054	0.2946	132.4433	78.3817	13.671
7	5.1309	0.9051	2.5484	0.3981	0.7446	3.3025	0.2902	0.4198	-0.401	-0.0497	0.2073	-0.0356	-0.0024	0.1611	-0.4939	0.4642	-0.0282	-0.063	0.2326	0.0465	0.2787	147.2848	53.9504	9.9053
8	2.84	0.0391	-0.2236	0.8295	0.5128	1.1884	-0.1537	-0.2045	0.0268	0.0887	-0.2347	0.5316	-0.1433	-0.5317	-0.0154	0.238	0.0912	0.0284	1.64	-0.2171	0.3915	118.6173	66.677	17.1508
9	9.0272	2.3812	5.0485	1.0041	1.5067	4.546	-0.1649	0.5397	0.3092	0.0284	0.1868	0.1426	-0.4017	-0.0318	-0.0113	0.413	0.0441	-0.0214	0.2608	0.0609	0.2551	136.7223	58.0334	4.6064
10	0.0503	-0.0869	0.2275	0.9679	0.1309	0.8835	-0.1132	-0.3211	-0.0717	0.1343	-0.1264	0.4735	-0.007	-1.1606	0.2015	0.491	-0.1235	0.0121	2.0273	-0.2536	0.5246	111.4919	63.4172	18.8316
11	0.8204	-0.0548	1.1102	0.5618	-0.1994	1.5578	-0.1678	-0.1752	0.4278	0.0842	-0.3537	0.2105	0.1345	-0.1573	0.4186	0.4792	0.0092	0.0047	0.2578	-0.0155	0.2788	151.415	86.7749	53.3051
12	0.0465	-0.0747	-0.0341	0.1533	0.0548	0.0238	0.0678	0.1495	-0.0247	-0.0429	-0.0267	-0.2451	-0.0168	-0.0281	0.0278	0.2556	0.2199	-0.0931	0.7251	-0.0557	0.4799	118.7681	86.4508	15.711

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and ((resseq 0:118))
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and ((resseq 119:163))
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and ((resseq 1:28) or (resseq 50:87))
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and ((resseq 29:49) or (resseq 88:106))
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and ((resseq 118:158))
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and ((resseq 3:118))
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and ((resseq 119:164))
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'E' and ((resseq 29:49) or (resseq 88:110))
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'E' and ((resseq 111:158))
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'E' and ((resseq 1:28) or (resseq 50:87))
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C'
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'F'

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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