PDB-5xcr: Crystal structure of P20.1 Fv-clasp fragment with its antigen peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xcr

タイトル

Crystal structure of P20.1 Fv-clasp fragment with its antigen peptide

要素

C8 peptide
VH-SARAH(Y35C) chimera
VL-SARAH(M24C) chimera

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody fragment / Fv-clasp

機能・相同性

p53, subunit A / p53-like tetramerisation domain / Few Secondary Structures / Irregular / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Arimori, T. / Takagi, J.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Fv-clasp: An Artificially Designed Small Antibody Fragment with Improved Production Compatibility, Stability, and Crystallizability
著者: Arimori, T. / Kitago, Y. / Umitsu, M. / Fujii, Y. / Asaki, R. / Tamura-Kawakami, K. / Takagi, J.

履歴

登録	2017年3月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xcr.cif.gz	281.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xcr.ent.gz	228.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xcr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xcr_validation.pdf.gz	453.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xcr_full_validation.pdf.gz	454 KB	表示
XML形式データ	5xcr_validation.xml.gz	29.7 KB	表示
CIF形式データ	5xcr_validation.cif.gz	44.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/5xcr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/5xcr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xcqSC 5xcsC 5xctC 5xcuC 5xcvC 5xcxC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4bqz-d 3nqy-d 5xct-d 3h5q-d 5y66-d 4ohz-d 3poh-d 5obl-1 1wao-1 5oln-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: VH-SARAH(Y35C) chimera

B: VL-SARAH(M24C) chimera

C: C8 peptide

D: VH-SARAH(Y35C) chimera

E: VL-SARAH(M24C) chimera

F: C8 peptide

76.3 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: VH-SARAH(Y35C) chimera

B: VL-SARAH(M24C) chimera

C: C8 peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
38.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: VH-SARAH(Y35C) chimera

E: VL-SARAH(M24C) chimera

F: C8 peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.060, 80.660, 85.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.92, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	VH-SARAH(Y35C) chimera 分子量: 19116.740 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ? 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体	VL-SARAH(M24C) chimera 分子量: 18148.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質・ペプチド	C8 peptide 分子量: 873.976 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 523 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.69 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1M Citrate (pH 5.5), 20%(w/v) PEG3000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→46.66 Å / Num. obs: 75053 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 16.69
反射シェル	解像度: 1.75→1.86 Å / 冗長度: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.22 / R_sym value: 0.71 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5XCQ

5xcq

解像度: 1.75→46.66 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 4.43 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.103 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20224	3806	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17075	-	-	-
obs	0.17235	71247	99.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.234 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.34 Å²	0 Å²	-0.09 Å²
2-	-	0.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.75→46.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5209	0	0	523	5732

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.02	5440
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4946
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.548	1.949	7408
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.943	3.002	11520
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.702	5.015	684
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.111	24.73	241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.289	15	925
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.062	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	818
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	6088
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1096
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.898	1.472	2711
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.897	1.472	2710
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.534	2.199	3401
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.534	2.199	3402
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.144	1.638	2729
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.144	1.638	2729
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.863	2.388	4007
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.673	18.262	6146
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.519	17.725	6044
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.753→1.799 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.226	289	-
R_work	0.224	5139	-
obs	-	-	98.32 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8018	0.1494	0.7422	0.4329	-0.0507	2.2604	-0.0581	-0.0705	0.0267	-0.0407	-0.0164	-0.0198	-0.0413	-0.095	0.0745	0.0192	0.0307	-0.0032	0.0846	-0.0376	0.0339	19.168	-12.069	17.663
2	3.072	-0.364	0.0571	1.0232	-0.2365	1.9211	-0.0861	-0.4718	0.0459	0.073	-0.0001	0.0091	0.0308	-0.1679	0.0862	0.0121	0.0267	-0.0024	0.1947	-0.0369	0.0093	10.862	-18.822	36.871
3	15.6521	5.0005	-1.2611	9.6989	-2.8587	9.2101	-0.102	-0.0138	-0.6481	0.0624	0.0296	-0.8155	0.2028	0.3469	0.0724	0.0403	0.0543	0.0112	0.1088	0.0036	0.091	25.888	-25.905	30.779
4	1.2222	0.1174	-0.2642	1.1212	-1.1152	2.6321	-0.0407	-0.0666	-0.0821	0.1449	0.0504	0.0134	-0.1	-0.1717	-0.0097	0.0852	0.012	0.0242	0.0602	0.022	0.0164	44.016	7.364	24.329
5	1.1606	0.0107	0.123	0.9627	-0.3542	1.8395	-0.0496	-0.0009	-0.0358	0.0919	0.0578	0.0441	-0.0175	-0.188	-0.0082	0.0422	0.0047	0.0184	0.0625	0.0125	0.0109	35.481	17.775	6.422
6	8.7682	-5.2218	-1.1758	17.4723	-3.8787	3.9303	-0.171	0.113	0.0155	0.0384	-0.2895	-1.0575	-0.0346	0.4156	0.4605	0.0615	-0.0236	-0.019	0.0865	0.0478	0.0964	54.376	18.941	10.818
7	1.0255	-0.7293	-2.524	0.833	1.9955	7.0546	-0.0814	-0.0967	-0.0692	0.0763	0.0769	-0.004	0.1986	0.2912	0.0045	0.011	0.0257	0.0009	0.1176	-0.0261	0.0428	-6.213	-18.946	27.039
8	1.5416	-1.698	-4.1287	2.6086	4.776	11.6529	0.079	0.0304	-0.0039	0.0058	0.039	-0.02	-0.1052	-0.026	-0.118	0.033	0.028	-0.0148	0.0814	-0.0129	0.0409	-14.419	-11.864	29.484
9	1.4796	1.4153	3.4038	2.0508	3.4057	7.8805	-0.1146	0.0989	-0.0215	-0.091	0.1593	-0.0035	-0.2725	0.2141	-0.0446	0.0273	-0.0168	0.0064	0.1519	-0.0063	0.008	18.216	15.636	14.728
10	0.8898	1.1405	1.5038	1.8836	2.4073	4.7958	0.0621	0.0301	-0.0701	0.0362	0.103	-0.0542	0.1079	0.0127	-0.1651	0.0487	0.0135	0.0016	0.0618	0.0019	0.0302	10.289	8.562	14.517

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	E	2 - 115
2	X-RAY DIFFRACTION	2	D	3 - 120
3	X-RAY DIFFRACTION	3	F	3 - 8
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	4 - 115
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	3 - 120
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	2 - 8
7	X-RAY DIFFRACTION	7	E	116 - 158
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	121 - 163
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	116 - 158
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	121 - 163

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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