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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xcb | ||||||
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タイトル | X-ray structure of domains D1 and D2 of Clostridium perfringens pili protein CppA | ||||||
要素 | Probable surface protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / pili protein | ||||||
機能・相同性 | Gram-positive pilin backbone subunit 2, Cna-B-like domain / Gram-positive pilin backbone subunit 2, Cna-B-like domain / Fimbrial isopeptide formation D2 domain / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / Immunoglobulin-like fold / membrane / Probable surface protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Clostridium perfringens str. 13 (ウェルシュ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å | ||||||
データ登録者 | Kamitori, S. / Tamai, E. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019 タイトル: Structures of major pilins in Clostridium perfringens demonstrate dynamic conformational change. 著者: Tamai, E. / Katayama, S. / Sekiya, H. / Nariya, H. / Kamitori, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5xcb.cif.gz | 73.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5xcb.ent.gz | 57 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5xcb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5xcb_validation.pdf.gz | 427.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5xcb_full_validation.pdf.gz | 433.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5xcb_validation.xml.gz | 14.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5xcb_validation.cif.gz | 20.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/5xcb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/5xcb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36464.484 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 30-337 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridium perfringens str. 13 (ウェルシュ菌) 株: 13 / 遺伝子: CPE0156 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8XP10 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.32 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.06M Magnesium chloride hexahydrate, 0.06M Calcium chloride dihydrate, 0.1M Tris (base), 0.1M BICINE, 20% v/v PEG 500* MME, 10 % w/v PEG 20000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年11月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.14→18.76 Å / Num. obs: 22094 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 22.86 |
反射 シェル | 解像度: 2.14→2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 4.01 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.14→18.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 5.681 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.222 / ESU R Free: 0.19 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.056 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.14→18.76 Å
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拘束条件 |
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