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- PDB-5xam: Crystal structure of SecDF in I form at 4 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xam
タイトルCrystal structure of SecDF in I form at 4 A resolution
要素Protein translocase subunit SecD
キーワードMEMBRANE PROTEIN / alfa helical / Sec translocon
機能・相同性
機能・相同性情報


protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein-transporting ATPase activity / protein targeting / protein transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gyrase A; domain 2 - #200 / Alpha-Beta Plaits - #3220 / Protein-export membrane protein SecF, bacterial / Protein translocase subunit SecD / Protein-export membrane protein SecD/SecF, bacterial / Protein-export membrane protein SecD/SecF/SecDF, conserved site / Protein-export membrane protein SecD/SecF, archaeal and bacterial / : / : / : ...Gyrase A; domain 2 - #200 / Alpha-Beta Plaits - #3220 / Protein-export membrane protein SecF, bacterial / Protein translocase subunit SecD / Protein-export membrane protein SecD/SecF, bacterial / Protein-export membrane protein SecD/SecF/SecDF, conserved site / Protein-export membrane protein SecD/SecF, archaeal and bacterial / : / : / : / Protein export membrane protein / SecD/SecF GG Motif / Protein translocase subunit SecDF, P1 domain, N-terminal / SecDF, P1 head subdomain / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain / Gyrase A; domain 2 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Multifunctional fusion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans str. R1 (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Tsukazaki, T. / Tanaka, Y. / Furukwa, A.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
JSPS KAKENHIJP26119006, JP26119007, JP26291023, JP16K14713, JP15H01537, 15H05594, JP15J08235, JP15K06972, JP15K14490 日本
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2017
タイトル: Tunnel Formation Inferred from the I-Form Structures of the Proton-Driven Protein Secretion Motor SecDF
著者: Furukawa, A. / Yoshikaie, K. / Mori, T. / Mori, H. / Morimoto, Y.V. / Sugano, Y. / Iwaki, S. / Minamino, T. / Sugita, Y. / Tanaka, Y. / Tsukazaki, T.
履歴
登録2017年3月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22019年5月22日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32020年10月14日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.gene_src_details
改定 1.42020年11月11日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_radiation
Item: _diffrn_detector.details / _diffrn_radiation.monochromator
改定 1.52022年2月9日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: database_2 / struct
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct.pdbx_model_details
改定 1.62023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein translocase subunit SecD
B: Protein translocase subunit SecD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,3062
ポリマ－161,3062
非ポリマー00
水00
1
A: Protein translocase subunit SecD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,6531
ポリマ－80,6531
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein translocase subunit SecD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,6531
ポリマ－80,6531
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.320, 62.260, 181.710
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.710, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Protein translocase subunit SecD / Protein-export membrane protein SecF


分子量: 80653.031 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 28-768 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans str. R1 (放射線耐性)
株: R1 / 遺伝子: secD, secF, DR_1822 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q9RTE3

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6 / 詳細: 38% PEG 200, NH4-citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→50 Å / Num. obs: 17534 / % possible obs: 36 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 149.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Rpim(I) all: 0.111 / Rrim(I) all: 0.186 / Χ2: 1.301 / Net I/σ(I): 2.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRrim(I) all
4-4.072.10.8210.3790.6250.49114.5
4.07-4.142.20.7250.5270.5030.62814.90.887
4.14-4.222.40.3620.8150.60115
4.22-4.312.40.9020.6920.6310.58617.2
4.31-4.42.40.5220.7050.3620.71117.90.639
4.4-4.52.50.4360.5260.3050.8819.30.535
4.5-4.622.50.6230.7740.4230.73718.40.757
4.62-4.742.50.5520.7380.3760.56320.10.671
4.74-4.882.50.3220.9120.2210.833200.393
4.88-5.042.50.2850.9330.1940.78222.60.347
5.04-5.222.50.2950.880.1950.8923.50.355
5.22-5.432.50.2720.950.1820.66626.60.329
5.43-5.672.30.420.8520.2860.59337.10.511
5.67-5.972.30.6150.7150.4380.53849.40.759
5.97-6.352.50.640.8030.4370.53162.80.779
6.35-6.842.70.4350.8970.2860.60467.50.523
6.84-7.522.70.2960.9650.20.64767.70.359
7.52-8.62.70.1550.9810.1040.75967.30.188
8.6-10.822.70.0970.9840.0671.28766.90.119
10.82-502.60.0750.990.0556.31164.40.094

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHASER位相決定
HKLデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3AQP

3aqp


解像度: 4→47.985 Å / SU ML: 1.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 51.95
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 1711 10 %
Rwork0.3326 --
obs0.3395 17102 96.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 449.7 Å2 / Biso mean: 242.314 Å2 / Biso min: 52.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4→47.985 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9852 0 0 0 9852
残基数----1411
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039997
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70813699
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421789
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061716
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2355864
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
4-4.11770.48851380.3741250138896
4.1177-4.25050.44111230.39471247137094
4.2505-4.40230.51541500.46981187133792
4.4023-4.57840.57511120.49771047115979
4.5784-4.78660.50161520.450513321484100
4.7866-5.03870.46911380.41241290142899
5.0387-5.35410.43361510.391313081459100
5.3541-5.76680.39761390.405713331472100
5.7668-6.3460.44031480.414113301478100
6.346-7.26150.43591530.397213271480100
7.2615-9.13840.39731540.300413431497100
9.1384-47.98880.29741530.20951397155099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.32961.1335-1.94383.33163.25837.90680.1157-0.93380.66-0.8355-0.0189-1.2986-0.96361.442-0.18720.45160.31370.41931.8819-0.05372.4495-11.63963.647738.6215
23.69031.24020.48693.3544-1.27076.7738-0.18751.27230.7421-1.0797-0.0457-0.62211.59621.62190.09871.54790.09550.44831.62170.21611.9013-5.4274-6.8130.7564
32.8852-2.7895-1.61721.8466-0.83199.1516-0.312-0.3039-1.3220.274-0.0745-0.4201-0.1438-0.60380.44430.60510.0757-0.07991.0826-0.40251.5462-20.2531-6.319951.6767
41.1577-1.93582.2623.6398-2.46182.572-0.84980.4442-1.01640.90230.0107-0.53211.02890.8749-0.33430.07640.1164-0.13221.5819-0.20812.0871-16.5653-13.490860.7545
53.514-0.4992-4.87553.4636-2.36819.71121.75421.0961-0.09760.29681.3205-0.05182.65831.52632.1821.3499-1.8275-1.54443.2236-2.08921.3629-28.3254-28.134225.6804
60.10430.8629-1.094.0617-0.81236.7176-0.99171.2997-1.63620.346-0.8191-0.51921.02651.44440.24490.70660.4343-0.33722.6762-0.65921.9503-12.1809-22.921542.2291
72.06120.45810.13844.96132.26867.6484-0.2930.33040.69841.2636-0.5451-0.69752.41760.7784-0.84190.7543-0.1158-0.13761.37470.06421.4439-16.1253-22.890365.424
87.6257-3.3274-2.28712.0227-0.18116.87181.58541.73540.763-4.5341-1.5349-1.3992-0.5244-0.2550.55572.0996-1.81231.0476-0.46970.2792.468623.4046-1.180949.9323
94.2246-0.9947-2.87443.9555-0.26732.48160.83520.22810.5796-2.9394-1.4098-4.4347-0.68620.5172-0.41063.12991.47632.94191.2994-0.72292.271636.5301-18.697324.7963
104.60860.89591.01132.1819-0.19310.402-1.16670.6198-0.7662-1.3416-0.2715-0.7225-0.70591.81940.10811.12470.22260.6512.05890.92323.093831.3433-23.32975.1684
112.4329-0.5195-0.83569.80396.10797.094-0.05612.27911.3776-0.57391.5743-1.1667-1.76493.00381.7672.6340.6187-0.70744.76391.58982.154237.8156-14.592-6.4467
121.14492.23291.11274.51032.15021.0323-2.55750.42970.9859-0.94710.30350.46561.76880.70140.1442.33241.64731.414.63030.95532.716132.7109-21.95717.9904
135.0488-2.17350.63355.1812-3.63814.5421-1.1424-0.42840.44721.68230.0319-0.8407-0.4303-0.91260.58131.5789-0.09970.26790.6969-0.73360.953622.9785-18.960261.7711
142.43-0.0441.97553.5433-3.44633.9610.59590.6761-0.15360.2243-1.43620.2150.604-1.54320.29951.1597-0.41610.03150.8055-0.27471.231925.1789-30.461857.0263
152.1468-1.0466-2.60982.37322.4723.8637-0.5003-0.9025-0.61081.9475-0.4168-0.12741.61110.9619-2.85142.5402-0.417-1.09951.75741.09051.245819.1972-40.108123.9586
168.11410.63865.78881.53560.98584.11360.11471.49370.3985-1.90750.21660.95220.11190.5260.3207-1.7083-0.83520.51623.72510.59781.032333.179-33.688538.8827
174.61570.72850.18025.9734-0.1253.69090.288-0.3323-0.59180.5984-0.0610.39330.76011.5502-0.45150.5330.4631-0.24460.83780.04971.00729.0209-36.610164.0466
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 29 through 110 )A29 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 111 through 270 )A111 - 270
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 271 through 380 )A271 - 380
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 381 through 513 )A381 - 513
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 514 through 548 )A514 - 548
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 549 through 644 )A549 - 644
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 645 through 758 )A645 - 758
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 31 through 69 )B31 - 69
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 70 through 128 )B70 - 128
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 129 through 164 )B129 - 164
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 165 through 230 )B165 - 230
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 231 through 288 )B231 - 288
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 289 through 408 )B289 - 408
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 409 through 520 )B409 - 520
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 521 through 569 )B521 - 569
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 570 through 617 )B570 - 617
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 618 through 754 )B618 - 754

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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