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- PDB-5x9u: Crystal structure of group III chaperonin in the open state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x9u
タイトルCrystal structure of group III chaperonin in the open state
要素Thermosome, alpha subunit
キーワードCHAPERONE / group III / Archaeal-like bacterial chaperonin / closed states / pivot joints / ancestral CPN60
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GROEL; domain 1 / GroEL-like equatorial domain / Chaperonin TCP-1, conserved site / Chaperonins TCP-1 signature 3. / Chaperone tailless complex polypeptide 1 (TCP-1) / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family ...GROEL; domain 1 / GroEL-like equatorial domain / Chaperonin TCP-1, conserved site / Chaperonins TCP-1 signature 3. / Chaperone tailless complex polypeptide 1 (TCP-1) / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Thermosome, alpha subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.001 Å
データ登録者An, Y.J. / Cha, S.S.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structural and mechanistic characterization of an archaeal-like chaperonin from a thermophilic bacterium
著者: An, Y.J. / Rowland, S.E. / Na, J.H. / Spigolon, D. / Hong, S.K. / Yoon, Y.J. / Lee, J.H. / Robb, F.T. / Cha, S.S.
履歴
登録2017年3月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Thermosome, alpha subunit
B: Thermosome, alpha subunit
C: Thermosome, alpha subunit
D: Thermosome, alpha subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,4698
ポリマ－226,7604
非ポリマー1,7094
水00
1
A: Thermosome, alpha subunit
B: Thermosome, alpha subunit
C: Thermosome, alpha subunit
D: Thermosome, alpha subunit
ヘテロ分子

A: Thermosome, alpha subunit
B: Thermosome, alpha subunit
C: Thermosome, alpha subunit
D: Thermosome, alpha subunit
ヘテロ分子

A: Thermosome, alpha subunit
B: Thermosome, alpha subunit
C: Thermosome, alpha subunit
D: Thermosome, alpha subunit
ヘテロ分子

A: Thermosome, alpha subunit
B: Thermosome, alpha subunit
C: Thermosome, alpha subunit
D: Thermosome, alpha subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)913,87532
ポリマ－907,04016
非ポリマー6,83516
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
Buried area54030 Å2
ΔGint-336 kcal/mol
Surface area345320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)209.780, 209.780, 169.813
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質
Thermosome, alpha subunit / chaperonin


分子量: 56689.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 (バクテリア)
株: Z-2901 / 遺伝子: CHY_0413 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3AF10
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.14 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 3 mM ADP, 200 mM NH4Cl, 10mM MgCl2, 50mM HEPES sodium (pH 7.0), 5% w/v Polyethylene glycol PEG 8000, 3% 1,8-Diaminooctane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→50 Å / Num. obs: 32570 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 20.3 % / Net I/σ(I): 8.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSdata processing
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5X9V,3KFE

5x9v

3kfe


解像度: 4.001→49.446 Å / SU ML: 0.72 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 1647 5.07 %
Rwork0.2529 --
obs0.2563 32468 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.001→49.446 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14665 0 108 0 14773
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00514953
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02920262
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1155448
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0382437
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042604
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.0008-4.11840.44691370.3672483X-RAY DIFFRACTION98
4.1184-4.25130.41411240.34242522X-RAY DIFFRACTION100
4.2513-4.40320.40541180.31022523X-RAY DIFFRACTION100
4.4032-4.57930.34051530.30682539X-RAY DIFFRACTION100
4.5793-4.78760.36511260.29442550X-RAY DIFFRACTION100
4.7876-5.03980.33571410.28342542X-RAY DIFFRACTION100
5.0398-5.35520.37981530.28852532X-RAY DIFFRACTION100
5.3552-5.76810.40261320.30812568X-RAY DIFFRACTION100
5.7681-6.34750.391470.29032567X-RAY DIFFRACTION100
6.3475-7.26350.31561340.24152599X-RAY DIFFRACTION100
7.2635-9.14180.23251400.18782612X-RAY DIFFRACTION100
9.1418-49.44940.23481420.1742784X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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