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- PDB-5x9h: Crystal structure of the Mg2+ channel MgtE in complex with ATP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x9h
タイトルCrystal structure of the Mg2+ channel MgtE in complex with ATP
要素Magnesium transporter MgtE
キーワードMETAL TRANSPORT / channels
機能・相同性
機能・相同性情報


magnesium ion transport / magnesium ion transmembrane transporter activity / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
SLC41 divalent cation transporters, integral membrane domain / MgtE N-terminal fold / MgtE N-terminal domain-like / MgtE, N-terminal domain superfamily / SLC41A/MgtE, integral membrane domain / Magnesium transporter, MgtE intracellular domain / Magnesium transporter MgtE / SLC41A/MgtE divalent cation transporters, integral membrane domain superfamily / Divalent cation transporter / MgtE intracellular N domain ...SLC41 divalent cation transporters, integral membrane domain / MgtE N-terminal fold / MgtE N-terminal domain-like / MgtE, N-terminal domain superfamily / SLC41A/MgtE, integral membrane domain / Magnesium transporter, MgtE intracellular domain / Magnesium transporter MgtE / SLC41A/MgtE divalent cation transporters, integral membrane domain superfamily / Divalent cation transporter / MgtE intracellular N domain / MgtE intracellular N domain / CBS-domain / CBS-domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / Tetracycline Repressor; domain 2 / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Alpha Horseshoe / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Magnesium transporter MgtE
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.598 Å
データ登録者Tomita, A. / Hattori, M. / Nureki, O.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology of China2016YFA0502800 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: ATP-dependent modulation of MgtE in Mg(2+) homeostasis
著者: Tomita, A. / Zhang, M. / Jin, F. / Zhuang, W. / Takeda, H. / Maruyama, T. / Osawa, M. / Hashimoto, K.I. / Kawasaki, H. / Ito, K. / Dohmae, N. / Ishitani, R. / Shimada, I. / Yan, Z. / Hattori, M. / Nureki, O.
履歴
登録2017年3月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Magnesium transporter MgtE
B: Magnesium transporter MgtE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,31317
ポリマ－104,9832
非ポリマー1,33015
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9510 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area36650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.330, 85.651, 156.558
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.02, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Magnesium transporter MgtE


分子量: 52491.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: TTHA1060 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SMG8
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 9% PEG 4000, 0.2 M MgCl2, and 0.05 M MES pH 6.5, 10 mM ATP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.598→50.329 Å / Num. obs: 20361 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 15.09

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.598→50.329 Å / SU ML: 0.57 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2832 1993 9.79 %
Rwork0.2501 --
obs0.2533 20361 98.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.598→50.329 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6447 0 75 0 6522
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016633
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5199116
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.2532334
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551143
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091140
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5985-3.68840.45651420.38641309X-RAY DIFFRACTION98
3.6884-3.78810.37621410.33561299X-RAY DIFFRACTION98
3.7881-3.89950.34181380.28821281X-RAY DIFFRACTION97
3.8995-4.02540.27551440.26681323X-RAY DIFFRACTION99
4.0254-4.16920.32111400.25051288X-RAY DIFFRACTION98
4.1692-4.3360.29651410.24221302X-RAY DIFFRACTION99
4.336-4.53320.2811440.21231323X-RAY DIFFRACTION99
4.5332-4.7720.23661400.20261313X-RAY DIFFRACTION99
4.772-5.07080.25261410.19111296X-RAY DIFFRACTION97
5.0708-5.46180.22551410.19731298X-RAY DIFFRACTION98
5.4618-6.01070.28151450.24071327X-RAY DIFFRACTION99
6.0107-6.87860.33651450.25851333X-RAY DIFFRACTION99
6.8786-8.65910.24821430.26321317X-RAY DIFFRACTION98
8.6591-50.33380.28441480.26511359X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.7213 Å / Origin y: -1.8839 Å / Origin z: 183.013 Å
111213212223313233
T1.1842 Å20.1402 Å20.0127 Å2-1.0152 Å20.0608 Å2--0.9482 Å2
L3.2197 °20.3449 °20.7327 °2-0.6909 °2-0.4347 °2--4.7956 °2
S0.1294 Å °-1.0625 Å °-0.4493 Å °0.0929 Å °0.0028 Å °0.1742 Å °0.7181 Å °-0.1538 Å °-0.164 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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