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- PDB-5x8f: Ternary complex structure of a double mutant I454RA456K of o-Succ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x8f
タイトルTernary complex structure of a double mutant I454RA456K of o-Succinylbenzoate CoA Synthetase (MenE) from Bacillus Subtilis bound with AMP and its product analogue OSB-NCoA at 1.76 angstrom
要素2-succinylbenzoate--CoA ligase
キーワードLIGASE / Adenylate-forming Enzyme / acyl-CoA synthetase / thioester conformation / CoA / pantetheine tunnel / ADP binding subsite / domain alternation / large conformational change / inter-domain linker
機能・相同性
機能・相同性情報


o-succinylbenzoate-CoA ligase / o-succinylbenzoate-CoA ligase activity / CoA-ligase activity / menaquinone biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
2-succinylbenzoate--CoA ligase / : / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 ...2-succinylbenzoate--CoA ligase / : / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / o-succinylbenzoyl-N-coenzyme A / 2-succinylbenzoate--CoA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.763 Å
データ登録者Chen, Y. / Guo, Z.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of the thioesterification conformation of Bacillus subtilis o-succinylbenzoyl-CoA synthetase reveals a distinct substrate-binding mode
著者: Chen, Y. / Li, T.L. / Lin, X. / Li, X. / Li, X.D. / Guo, Z.
履歴
登録2017年3月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-succinylbenzoate--CoA ligase
B: 2-succinylbenzoate--CoA ligase
C: 2-succinylbenzoate--CoA ligase
D: 2-succinylbenzoate--CoA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,68380
ポリマ－216,8924
非ポリマー6,79176
水36,6062032
1
A: 2-succinylbenzoate--CoA ligase
C: 2-succinylbenzoate--CoA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,14537
ポリマ－108,4462
非ポリマー3,69935
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area36710 Å2
手法PISA
2
B: 2-succinylbenzoate--CoA ligase
D: 2-succinylbenzoate--CoA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,53843
ポリマ－108,4462
非ポリマー3,09241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area36460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.870, 96.360, 98.070
Angle α, β, γ (deg.)80.440, 77.960, 81.110
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
2-succinylbenzoate--CoA ligase / o-succinylbenzoyl-CoA synthetase / OSB-CoA synthetase


分子量: 54222.945 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 2-486 / 変異: I454R, A456K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: menE, BSU30790 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: P23971, o-succinylbenzoate-CoA ligase

-
非ポリマー , 7種, 2108分子

#2: 化合物
ChemComp-S0N / o-succinylbenzoyl-N-coenzyme A


分子量: 954.663 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H45N8O20P3
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物...
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2032 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.95 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: Reservoir solution: 32% PEG300, 0.1M cacodylate pH6.7, 0.2M Ca(OAc)2, protein solution: 2.5mM OSBNCoA, 0.8mM AMP, 19mg/mL bsMenE I454RA456K, incubated for 4days
PH範囲: 6.2-6.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→36.99 Å / Num. obs: 230857 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 21.19 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.066 / Rsym value: 0.082 / Net I/av σ(I): 10.5 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.76-1.793.90.3721.9112180.8270.3720.5250.60690.8
9.66-36.991.80.0290.9920.0290.04152.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.26データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
Aimless0.5.26データ削減
PHENIX1.10.1_2155位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BUQ

5buq


解像度: 1.763→29.957 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 19.48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1935 1994 86 %
Rwork0.1632 --
obs0.1635 230804 92.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 112.96 Å2 / Biso mean: 29.562 Å2 / Biso min: 7.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.763→29.957 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14677 0 410 2032 17119
Biso mean--32.72 43.8 -
残基数----1938
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00615464
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88321027
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0542395
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052666
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6239217
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.763-1.80710.22971310.2158161041623592
1.8071-1.85590.22691550.2092166061676194
1.8559-1.91050.29981370.2532164971663494
1.9105-1.97220.25751540.2304165381669294
1.9722-2.04270.2021400.1715165801672094
2.0427-2.12440.1961500.1634165951674594
2.1244-2.22110.20651420.1669165681671094
2.2211-2.33820.22191500.1975165261667694
2.3382-2.48460.21761370.1651165851672294
2.4846-2.67630.19411480.1574164941664294
2.6763-2.94540.191460.1535164141656093
2.9454-3.37110.1821350.1483162991643493
3.3711-4.24530.14161380.1299158261596490
4.2453-29.96080.18941310.1549151781530986
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8110.0546-0.17780.7759-0.69231.2665-0.0085-0.0698-0.07080.01-0.1141-0.15940.12260.2368-0.04530.14060.0251-0.0020.1156-0.00660.0982120.37510.2179-88.8967
20.34620.1667-0.11780.4106-0.56250.81820.0531-0.10010.10410.1629-0.03990.0977-0.2764-0.05970.02260.22260.01310.02470.0929-0.06060.1213107.022517.0948-86.1804
30.49730.00290.15850.3197-0.46920.72220.0220.13510.1093-0.04490.07970.08310.0679-0.19940.00890.15-0.0091-0.00790.1483-0.00230.141897.3347.878-104.4701
40.3121-0.1251-0.05340.3120.13580.55040.0758-0.2534-0.0598-0.08180.01690.25440.1364-0.43980.00220.2016-0.0932-0.02460.33260.03320.212187.8903-6.7528-82.5902
51.0775-0.30470.45320.7806-0.4580.83990.0262-0.08-0.08280.11130.06940.07210.0116-0.11420.10840.1118-0.00720.01140.0711-0.01990.098597.7791-29.0159-113.8624
60.3549-0.15270.20140.522-0.36380.40230.21010.4756-0.0055-0.1596-0.1811-0.10520.19790.42080.04570.18310.0997-0.02040.1763-0.16530.0515108.9142-34.2739-132.4889
70.4998-0.08-0.05960.7073-0.58290.5603-0.06340.20430.36380.1278-0.1417-0.2955-0.07530.1545-0.06470.0951-0.036-0.00660.20280.05040.2133118.9834-14.5116-127.3952
80.4812-0.0897-0.06960.51850.22670.41110.09150.1317-0.09730.16660.0005-0.42680.02310.25610.02740.1745-0.0043-0.09850.2025-0.03560.3511131.3325-32.852-110.3192
90.9603-0.11610.04830.6916-0.2180.67720.03360.26970.0854-0.1458-0.02010.07560.0488-0.0449-0.00780.14670.0106-0.02250.1710.02270.1397116.962825.3027-126.6895
100.57320.0040.0110.7124-0.2340.4212-0.0363-0.0030.1110.1139-0.0225-0.0782-0.06040.0675-0.02460.1376-0.0105-0.02010.09080.01140.1735128.151632.2552-108.0342
110.4316-0.24750.11370.3417-0.4350.64270.00070.0398-0.11040.0119-0.063-0.07180.01340.153400.09910.01690.01480.15710.01550.1625140.375513.908-109.965
120.05850.09640.11850.50350.3970.42080.13110.32310.3432-0.0332-0.0451-0.2610.03320.07630.10310.13440.00780.0830.30440.12460.3257150.996630.5661-129.8995
130.6407-0.16670.28310.7452-0.16140.7471-0.05840.09220.2074-0.0263-0.0222-0.1016-0.14330.0997-0.07720.1384-0.0345-00.1640.05260.179797.10512.9508-144.3107
140.39260.06020.39270.32430.03780.76040.01340.12250.0261-0.063-0.00920.04280.0740.0287-0.00510.137-0.00850.01050.17350.00940.078786.486-15.6956-150.9143
150.4207-0.27110.31440.448-0.45970.461-0.0754-0.174-0.00850.09450.210.1725-0.0599-0.32150.0540.09050.02360.04160.28070.04670.158575.8654-11.6955-130.7386
160.36810.24380.1040.28130.26320.318-0.07980.13210.311-0.0854-0.10260.2907-0.2095-0.375-0.05750.21610.1219-0.06320.37020.01520.340663.62045.6048-149.1551
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:188)A2 - 188
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 189:303)A189 - 303
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 304:385)A304 - 385
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 386:485)A386 - 485
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 2:181)B2 - 181
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 182:302)B182 - 302
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 303:383)B303 - 383
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 384:486)B384 - 486
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 2:162)C2 - 162
10X-RAY DIFFRACTION10(chain C and resid 163:305)C163 - 305
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 306:381)C306 - 381
12X-RAY DIFFRACTION12(chain C and resid 382:486)C382 - 486
13X-RAY DIFFRACTION13(chain D and resid 2:181)D2 - 181
14X-RAY DIFFRACTION14(chain D and resid 182:302)D182 - 302
15X-RAY DIFFRACTION15(chain D and resid 303:382)D303 - 382
16X-RAY DIFFRACTION16(chain D and resid 383:485)D383 - 485

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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