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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5x6y | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Rice Dwarf Virus P5 in complex with S-adenosylmethionine | ||||||
![]() | mRNA capping enzyme P5 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / mRNA 5'-capping enzyme / guanylyltransferase / methyltransferase | ||||||
機能・相同性 | ![]() 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / mRNA guanylyltransferase activity / mRNA guanylyltransferase / host cell cytoplasm / GTP binding / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nakamichi, Y. / Higashiura, A. / Nakagawa, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the capping enzyme P5 from Rice Dwarf Virus 著者: Nakamichi, Y. / Higashiura, A. / Narita, H. / Hagiwara, K. / Uehara-Ichiki, T. / Omura, T. / Nakagawa, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 597.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 485.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 90802.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: isolate O 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P14583*PLUS, mRNA guanylyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-SAM / #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEB | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.26 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 16% PEG 3350, 0.03M sodium citrate, 0.07M bis-tris propane, 0.2M sodium chloride, 0.01M tris(2-carboxyethyl)phosphine, 5mM S-adenosylmethionine, 1mM GpppG, 5mM magnesium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 198192 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 24 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.389 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 9820 / % possible all: 95 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5X6X 解像度: 2.1→38.226 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 25.18
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.226 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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