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万見
- PDB-5x6o: Intact ATR/Mec1-ATRIP/Ddc2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x6o
タイトルIntact ATR/Mec1-ATRIP/Ddc2 complex
要素
  • DNA damage checkpoint protein LCD1
  • Serine/threonine-protein kinase MEC1
キーワードTRANSFERASE/DNA BINDING PROTEIN / ATR/Mec1 / Kinase / Dimeric / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ATR-ATRIP complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication / telomere maintenance via recombination / regulation of double-strand break repair / reciprocal meiotic recombination / nucleobase-containing compound metabolic process / nuclear chromosome / telomere maintenance via telomerase / signal transduction in response to DNA damage / telomere maintenance ...ATR-ATRIP complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication / telomere maintenance via recombination / regulation of double-strand break repair / reciprocal meiotic recombination / nucleobase-containing compound metabolic process / nuclear chromosome / telomere maintenance via telomerase / signal transduction in response to DNA damage / telomere maintenance / DNA damage checkpoint signaling / establishment of protein localization / chromatin organization / chromosome / DNA recombination / DNA replication / damaged DNA binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UME domain / UME (NUC010) domain / Domain in UVSB PI-3 kinase, MEI-41 and ESR-1 / DNA damage checkpoint protein, Lcd1 / DNA damage checkpoint protein / : / FATC domain / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC ...UME domain / UME (NUC010) domain / Domain in UVSB PI-3 kinase, MEI-41 and ESR-1 / DNA damage checkpoint protein, Lcd1 / DNA damage checkpoint protein / : / FATC domain / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase MEC1 / DNA damage checkpoint protein LCD1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Wang, X. / Ran, T. / Cai, G.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Basic Research Program2014CB910700 中国
National Basic Research Program2013CB910200 中国
National Natural Science Foundation of China31222017 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: 3.9 Å structure of the yeast Mec1-Ddc2 complex, a homolog of human ATR-ATRIP.
著者: Xuejuan Wang / Tingting Ran / Xuan Zhang / Jiyu Xin / Zhihui Zhang / Tengwei Wu / Weiwu Wang / Gang Cai /
要旨: The ataxia telangiectasia-mutated and Rad3-related (ATR) kinase is a master regulator of DNA damage response and replication stress in humans, but the mechanism of its activation remains unclear. ATR ...The ataxia telangiectasia-mutated and Rad3-related (ATR) kinase is a master regulator of DNA damage response and replication stress in humans, but the mechanism of its activation remains unclear. ATR acts together with its partner ATRIP. Using cryo-electron microscopy, we determined the structure of intact Mec1-Ddc2 (the yeast homolog of ATR-ATRIP), which is poised for catalysis, at a resolution of 3.9 angstroms. Mec1-Ddc2 forms a dimer of heterodimers through the PRD and FAT domains of Mec1 and the coiled-coil domain of Ddc2. The PRD and Bridge domains in Mec1 constitute critical regulatory sites. The activation loop of Mec1 is inhibited by the PRD, revealing an allosteric mechanism of kinase activation. Our study clarifies the architecture of ATR-ATRIP and provides a structural framework for the understanding of ATR regulation.
履歴
登録2017年2月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-6708
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6708
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Serine/threonine-protein kinase MEC1
G: DNA damage checkpoint protein LCD1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)360,2142
ポリマ－360,2142
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area8670 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area137250 Å2

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase MEC1 / ATR homolog / DNA-damage checkpoint kinase MEC1 / Mitosis entry checkpoint protein 1


分子量: 273680.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
参照: UniProt: P38111, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 DNA damage checkpoint protein LCD1 / DNA damage checkpoint protein 2 / Lethal / checkpoint-defective / DNA damage-sensitive protein 1


分子量: 86533.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q04377
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ATR/Mec1-ATRIP/Ddc2 / タイプ: COMPLEX / 詳細: ATR/Mec1 "butterfly" / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: YES
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: YES / 詳細: ATR/Mec1 "butterfly"
染色タイプ: NONE / 染色剤: Uranyl Formate
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_2247: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 63132 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.9 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 20282
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00719569
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.00526595
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.84411819
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0593218
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0053431
LS精密化 シェル解像度: 3.9→4.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.535 8779 -
Rfree-0 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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