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万見
- PDB-5x6n: Structure of P. Knowlesi DBL Domain Capable of binding Human Duff... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x6n
タイトルStructure of P. Knowlesi DBL Domain Capable of binding Human Duffy Antigen
要素Duffy binding protein
キーワードCELL INVASION / RECEPTOR / DUFFY ANTIGEN / DBL DOMAIN / P.KNOWLESI / P.VIVAX
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell surface receptor binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Duffy-antigen binding, C-terminal / Duffy-antigen binding, N-terminal / Duffy-antigen binding protein / Duffy binding protein N terminal / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #830 / Erythrocyte binding antigen 175, C-terminal / Erythrocyte binding antigen 175, C-terminal domain superfamily / Erythrocyte binding antigen 175 / Duffy-antigen binding domain / Duffy-binding-like domain ...Duffy-antigen binding, C-terminal / Duffy-antigen binding, N-terminal / Duffy-antigen binding protein / Duffy binding protein N terminal / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #830 / Erythrocyte binding antigen 175, C-terminal / Erythrocyte binding antigen 175, C-terminal domain superfamily / Erythrocyte binding antigen 175 / Duffy-antigen binding domain / Duffy-binding-like domain / PFEMP1 DBL domain / 5 helical Cullin repeat like / Duffy-antigen binding / Duffy-antigen binding superfamily / Duffy binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Duffy binding protein / Duffy receptor alpha form
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium knowlesi (カニクイザルマラリア原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Singh, S.K. / Hora, R. / Belrhali, H. / Chitnis, C. / Sharma, A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: Structural basis for Duffy recognition by the malaria parasite Duffy-binding-like domain
著者: Singh, S.K. / Hora, R. / Belrhali, H. / Chitnis, C.E. / Sharma, A.
履歴
登録2017年2月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2017年3月8日ID: 2C6J
改定 1.02017年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Duffy binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3904
ポリマ－39,9061
非ポリマー4843
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area210 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area15160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.570, 60.570, 241.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Duffy binding protein / Duffy receptor


分子量: 39905.699 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 200-536 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium knowlesi (カニクイザルマラリア原虫)
遺伝子: dbp alpha / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: L0SQ42, UniProt: P22545*PLUS
#2: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 12% PEG 10K, 0.1M AMMONIUM SULFATE, 0.5% BETA-OCTYL GLUCOSIDE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.8856 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→19.581 Å / Num. obs: 9599 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 35.14
反射 シェル解像度: 3→3.34 Å / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→19.581 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1 / 位相誤差: 31.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2912 446 4.99 %
Rwork0.2458 --
obs0.248 8934 92.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→19.581 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2170 0 30 12 2212
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062313
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0563089
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.514899
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036311
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004388
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0001-3.43220.37191310.31542491X-RAY DIFFRACTION84
3.4322-4.31660.28131500.24662866X-RAY DIFFRACTION95
4.3166-19.58170.2761650.22873131X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 59.0973 Å / Origin y: 26.6362 Å / Origin z: 98.4084 Å
111213212223313233
T0.5333 Å20.0365 Å2-0.1132 Å2-0.6483 Å2-0.115 Å2--0.6827 Å2
L0.5819 °20.6251 °21.2679 °2-1.9398 °22.6732 °2--5.2864 °2
S0.1627 Å °0.2456 Å °-0.2335 Å °0.4664 Å °0.3436 Å °-0.4546 Å °0.5495 Å °0.8136 Å °-0.3901 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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